Job Description P00582 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:56:46 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 553 % Identity 26% Template c1tk0A_ PDB info PDB header:transferase/electron transport/dna Chain: A: PDB Molecule:dna polymerase; PDBTitle: t7 dna polymerase ternary complex with 8 oxo guanosine and2 ddctp at the insertion site Resolution 2.30 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.		.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.																																																					.
Query SS confidence																			.																																																					.
Query Sequence		F	A	F	D	T	E	T	D	S	L	D	N	I	S	A	N	L	.	V	G	L	S	F	A	I	E	P	G	V	A	A	Y	I	P	V	A	H	D	Y	L	D	A	P	D	Q	I	S	R	E	R	A	L	E	L	L	K	P	L	L	E	D	E	K	A	L	K	V	G	Q	N	.	L	K	Y	D	R	G	I	L	A
Query Conservation																			.																																																					.
Alig confidence																			.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.					.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template Sequence		I	V	S	D	I	E	A	N	A	L	L	E	S	V	T	K	F	H	C	G	V	I	Y	D	Y	S	T	A	E	Y	V	S	Y	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	D	F	G	A	Y	L	D	A	L	E	A	E	V	A	R	G	G	L	I	.	V	F	H	N	G	H	K	Y	D	V	P	A	L	T
Template Known Secondary structure									S	S		G	G	G												T	T	T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G														T	T				.			S	S	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.											.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.		.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70
		430	.									.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	480	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	E	L	R	G	I	A	F	D	T	M	L	E	S	Y	I	L	N	S	V	A	G	R	H	D	M	D	S	L	A	E	R	W	L	K	H	K	T	I	T	F	E	E	I	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	K	N	Q
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	L	A	K	L	Q	L	N	R	E	F	H	L	P	R	E	N	C	I	D	T	L	V	L	S	R	L	I	H	S	N	L	K	D	T	D	M	G	L	L	R	S	G	K	L	P	G	A	L	E	A	W	G	Y	R	L	G	E	M	K	G	E	Y	K	D	D	F	K	R	M	L	E	E	Q	G	E	E	Y	V	D
Template Known Secondary structure																G	G	G												T	T	T	S				T	T	T	T	S		G	G	G	S		S																										T	S	S					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
		484	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.																.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	T	F	N	Q	I	A	L	E	E	A	G	R	Y	A	A	E	D	A	D	V	T	L	Q	L	H	L	K	M	W	P	D	L	Q	K	H	K	G	P	L	N	V	F	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	I	E	M	P	L	V	P	V	L	S	R	I	E	R	N	G	V	K	I	D
Query Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																			.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.
Template Sequence		G	M	E	W	W	N	F	N	E	E	M	M	D	Y	N	V	Q	D	V	V	V	T	K	A	L	L	E	K	L	L	S	D	K	.	H	Y	F	P	P	E	I	D	F	T	D	V	G	Y	T	T	F	W	S	E	S	L	E	A	V	D	I	E	H	R	A	A	W	L	L	A	K	Q	E	R	N	G	F	P	F	D
Template Known Secondary structure		T	G	G	G	T	S																									T		T	.	T	T	S		T	T	S		T	T	S	S									S																								B
Template Predicted Secondary structure																																			.
Template SS confidence
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
		549	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	K	V	L	H	N	H	S	E	E	L	T	L	R	L	A	E	L	E	K	K	A	H	E	I	A	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	K	A	I	E	E	L	Y	V	E	L	A	A	R	R	S	E	L	L	R	K	L	T	E	T	F	G	S	W	Y	Q	P	K	G	G	T	E	M	F	C	H	P	R	T	G	K	P	L	P	K	Y	P	R	I	K	T	P	K	V	G	G	I	F	K	K	P	E	G	R	E	P	C	E	L	D	T	R	E	Y	V
Template Known Secondary structure																											S								S			B			B		T	T	T			B		T	T	S			B	B			S	S			S	B						S	S				B				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
													577	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.					.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	F	N	L	S	S	T	K	Q	L	Q	T	I	L	F	E	K	Q	G	I	K	P	L	K	K	T	P	G	G	A	P	S	T	S	E	E	V	L	E	E	L	A	L	D	Y	P	.	.	.	.	L	P	K	V	I	L	E	Y	R	G	L	A	K	L	K	S	T	Y	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.																															.	.	.	.
Template Conservation																												.
Template Sequence		A	G	A	P	Y	T	P	V	E	H	V	V	F	N	P	S	S	R	D	H	I	Q	K	K	L	Q	.	E	A	G	W	V	P	T	K	Y	T	D	K	G	A	P	V	V	D	D	E	V	L	E	G	V	R	V	D	D	P	E	K	Q	A	A	I	D	L	I	K	E	Y	L	M	I	Q	K	R	I	G	Q	S	A
Template Known Secondary structure		T	T			B										T	T											.	T	T	T						B		T	T	S		B			S										S	S																								T
Template Predicted Secondary structure																												.
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.		.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
		642	.				.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.		.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.									.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.																																							.															.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.																																							.															.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	K	.	.	.	L	P	L	M	I	N	P	K	T	G	R	V	H	T	S	Y	H	Q	A	V	T	A	T	G	R	L	S	S	T	D	P	N	L	Q	N	I	P	V	.	R	N	E	E	G	R	R	I	R	Q	A	F	I	A	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	D	Y	V	I	V	S	A	D	Y	S	Q	I
Query Conservation				.	.	.																																							.															.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.								.																															.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.
Template Sequence		E	G	D	K	A	W	L	R	Y	V	A	E	.	D	G	K	I	H	G	S	V	N	P	N	G	A	V	T	G	R	A	T	H	A	F	P	N	L	A	Q	I	P	G	V	R	S	P	Y	G	E	Q	C	R	A	A	F	G	A	E	H	H	L	D	G	I	T	G	K	P	W	V	Q	A	G	I	D	A	S	G	L
Template Known Secondary structure		T	S	T	T						B		T	.	T	S								T	T		S	T	T	S						S	S		T	T					T	T	S	T	T							T	B	S	G	G	G		B		T	T	T			B									T	T
Template Predicted Secondary structure														.
Template SS confidence
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.		.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	L	R	I	M	A	H	L	S	R	D	K	G	L	L	T	A	F	A	E	G	K	D	I	H	R	A	T	A	A	E	V	F	G	L	P	L	E	T	V	T	S	E	Q	R	R	S	A	K	A	I	N	F	G	L	I	Y	G	M	S	A	F	G	L	A	R	Q	L	N	I	P	R	K	E	A	Q	K	Y	M	D
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	L	R	C	L	A	H	F	M	A	R	.	.	.	.	.	.	F	D	N	G	E	Y	A	H	E	I	L	N	G	D	I	H	T	K	N	Q	I	A	A	E	L	P	T	R	D	N	A	K	T	F	I	Y	G	F	L	Y	G	A	G	D	E	K	I	G	Q	I	V	G	A	G	K	E	R	G	K	E	L	K	K
Template Known Secondary structure													.	.	.	.	.	.			T	T						T	T	S	S										T	T		S														T	T											T	S
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490							.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.
		790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	Y	F	E	R	Y	P	G	V	L	E	Y	M	E	R	T	R	A	Q	A	K	E	Q	G	Y	V	E	T	L	D	G	R	R	L	Y	L	P	D	I	K	S	S	N	G	A	R	R	A	A	A	E	R	A	A	I	N	A	P	M	Q	G	T	A	A	D	I	I	K	R	A	M	I	A	V	D	A	W	L	Q	A
Query Conservation
Alig confidence																									.	.																							.	.
Template Conservation																									.	.																							.	.
Template Sequence		K	F	L	E	N	T	P	A	I	A	A	L	R	E	S	I	Q	Q	T	L	V	E	S	.	.	S	Q	Q	V	K	W	K	R	R	W	I	K	G	L	D	G	R	K	V	H	V	R	.	.	S	P	H	A	A	L	N	T	L	L	Q	S	A	G	A	L	I	C	K	L	W	I	I	K	T	E	E	M	L	V	E
Template Known Secondary structure								T																	.	.							S							T	T	S							.	.		G	G	G
Template Predicted Secondary structure																									.	.																							.	.
Template SS confidence
		554	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.			.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.			.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		870	.	.							.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.		.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.				.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.																						.															.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.																						.															.	.	.
Query Sequence		E	Q	P	.	.	.	.	.	.	R	V	R	M	I	M	Q	V	H	D	E	L	V	F	E	V	H	K	D	D	V	.	D	A	V	A	K	Q	I	H	Q	L	M	E	N	C	.	.	.	T	R	L	D	V	P	L	L	V	E	V	G	S	G	E	N	W	D	Q	A	H
Query Conservation					.	.	.	.	.	.																						.															.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.																						.															.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	G	L	K	H	G	W	D	G	D	F	A	Y	M	A	W	V	H	D	E	I	Q	V	G	C	R	T	E	E	I	A	Q	V	V	I	E	T	A	Q	E	A	M	R	W	V	G	D	H	W	N	F	R	C	L	L	D	T	E	G	K	M	G	P	N	W	A	I	C	H
Template Known Secondary structure		T	T			B	S	T	T	S	S								S	S							S	S																						T	T		S	S										S	S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		636	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.