Job Description P52126 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:57 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 576 % Identity 17% Template c2zj2A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:putative ski2-type helicase; PDBTitle: archaeal dna helicase hjm apo state in form 1 Resolution 2.40 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110		.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.				.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
Predicted Secondary structure																																						.																											.	.	.
Query SS confidence																																						.																											.	.	.
Query Sequence		K	E	F	T	S	L	T	P	D	D	L	R	V	L	E	L	Y	R	T	P	F	S	D	G	Y	V	F	H	S	M	Q	F	H	I	F	D	.	L	L	K	S	G	Q	N	V	V	L	S	A	P	T	S	M	G	K	S	A	I	V	D	S	L	L	.	.	.	G	M	G	T	L	K	R	L	V	L	V	V	P	T
Query Conservation																																						.																											.	.	.
Alig confidence																									.	.	.											.																											.	.	.
Template Conservation																									.	.	.
Template Sequence		M	R	V	D	E	L	R	V	D	E	R	I	K	S	T	L	K	E	R	G	I	E	S	.	.	.	F	Y	P	P	Q	A	E	A	L	K	S	G	I	L	E	G	K	N	A	L	I	S	I	P	T	A	S	G	K	T	L	I	A	E	I	A	M	V	H	R	I	L	T	Q	G	G	K	A	V	Y	I	V	P	L
Template Known Secondary structure			B	G	G	G	S		S											T	T			B	.	.	.										T	T	T	G	G	G	T							S		G	G	G	T																		S							S	S
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.				.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
		151	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.						.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200						.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.
Query Sequence		V	A	L	A	D	E	T	R	R	R	L	Q	E	R	F	G	D	R	Y	Q	I	I	H	H	S	S	Q	V	C	H	S	D	.	.	.	.	.	Q	A	V	Y	V	L	T	Q	E	R	V	N	E	R	D	D	I	V	.	.	.	.	.	D	I	D	L	F	V	I	D	E	F	Y	K	L	A	F	R	Q	L	K	S
Query Conservation																																		.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	A	L	A	E	E	K	F	Q	E	F	Q	D	W	E	K	I	G	L	R	V	A	M	A	T	G	D	Y	D	S	K	D	E	W	L	G	K	Y	D	I	I	I	A	T	A	E	K	F	D	S	L	L	R	H	G	S	S	W	I	K	D	V	K	I	L	V	A	D	E	I	H	L	I	G	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T	S								T	G	G	G	G	G	G	T								S			S				G	G	G	G	G		S																T		G	G	G	G	G								T	G	G	G	G	G	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.								.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																															.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	D	I	D	H	Q	D	E	R	V	I	E	L	N	I	A	L	S	K	L	L	K	V	S	R	Q	F	Y	L	T	G	P	F	V	N	S	I	R	G	L	E	K	L	G	Y	P	H	T	F	V	S	T	D	F	N	T	V	A	L	D	V	.	.	.	.	.	.	.	K	T	F	G	I	K	A	N	D	D	K	A
Query Conservation																																																															.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																			.																					.																	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.																			.																					.
Template Sequence		.	.	.	.	.	S	R	D	R	G	A	T	L	E	V	I	L	A	H	M	L	G	K	.	A	Q	I	I	G	L	S	A	T	I	G	N	P	E	E	L	A	E	W	L	.	N	A	E	L	I	V	S	D	W	R	P	V	K	L	R	R	G	V	F	Y	Q	G	F	V	T	W	E	D	G	S	I	D	R	F	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.		T	T	T												B	T	T	.	B										S									T	.	T										S	S									T	T					T	T	S						S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																			.																					.
Template SS confidence
							152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.
		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.						.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.	.	.	.
Query Sequence		K	L	K	A	L	G	E	I	A	H	A	C	V	D	A	T	I	I	Y	C	K	S	P	T	V	A	G	L	V	A	R	E	L	I	R	L	G	H	G	T	P	T	E	N	P	H	V	D	.	.	.	.	.	W	V	S	E	E	F	D	A	D	W	D	Y	T	V	A	L	R	N	G	I	G	L	H	F	G	A	L
Query Conservation																																																		.	.	.	.	.
Alig confidence																																																		.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	W	E	E	L	V	Y	D	A	I	R	K	K	K	G	A	L	I	F	V	N	M	R	R	K	A	E	R	V	A	L	E	L	S	K	K	V	K	S	L	L	T	K	P	E	I	R	A	L	N	E	L	A	D	S	L	E	E	N	P	T	N	E	K	L	A	K	A	I	R	G	G	V	A	F	H	H	A	G	L
Template Known Secondary structure		S	T										T	T								S	S																G	G	G																S			S												T	T						T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		225	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.
		369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	R	A	L	Q	Q	Y	T	A	D	Q	F	N	A	G	K	L	R	F	L	L	C	T	S	T	I	I	E	G	V	N	T	I	A	K	N	V	V	I	Y	D	N	R	D	G	T	R	S	I	D	K	F	T	H	G	N	I	K	G	R	A	G	R	M	G	V	H	F	V	G	K	I	F	C	L	E	E	I	P	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	R	D	E	R	V	L	V	E	E	N	F	R	K	G	I	I	K	A	V	V	A	T	P	T	L	S	T	P	A	F	R	V	I	I	R	D	I	W	R	Y	S	D	F	G	M	E	R	I	P	I	I	E	V	H	Q	M	L	G	R	A	G	R	P	K	Y	D	E	V	G	E	G	I	I	V	S	T	S	D	D
Template Known Secondary structure															T	T	S	S							S	T	T				B	S							S					T	T															T	T	B			T	T	T		S									S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		305	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.
		449	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.			.	.	.	.	.			.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.			480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.
Predicted Secondary structure															.	.						.	.														.	.
Query SS confidence															.	.						.	.														.	.
Query Sequence		D	N	L	N	Q	E	V	D	I	P	L	G	I	.	.	Q	G	I	D	T	.	.	P	I	N	L	L	A	S	V	Q	P	D	H	L	.	.	S	E	F	S	Q	D	R	F	D	E	V	F	I	N	D	R	V	S	I	D	L	V	K	K	H	S	Y	F	R	V	E	Q	F	E	M	L	Q	S	M	F	E	M	M
Query Conservation															.	.						.	.														.	.
Alig confidence															.	.						.	.														.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	R	E	V	M	N	H	Y	I	F	G	K	P	E	K	L	F	S	Q	L	S	N	E	S	N	L	R	S	Q	V	L	A	L	I	A	T	F	G	Y	S	T	V	E	E	I	L	K	F	I	S	N	T	F	Y	A	Y	Q	R	K	D	T	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	E	E	K
Template Known Secondary structure										T	S	S									T	T																S				S										T	S					T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450														.	.	.	.	.
		523	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	D	N	E	F	S	S	L	V	F	H	W	T	P	A	T	N	F	L	K	T	F	A	K	I	I	A	R	L	V	P	H	T	F	S	R	N	G	V	P	V	K	P	T	D	V	M	I	A	K	L	A	G	Y	L	S	A	E	S	Y	S	E	Y	L	K	N	Q	I	D	Y	A	R	Q	W	I	S	E	G	E	K
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.
Template Conservation																						.	.	.
Template Sequence		I	R	N	I	L	Y	F	L	L	E	N	E	F	I	E	I	S	L	E	D	.	.	.	K	I	R	P	L	S	L	G	I	R	T	A	K	L	Y	I	D	P	Y	T	A	K	M	F	K	D	K	M	E	E	V	V	K	D	P	N	P	I	G	I	F	H	L	I	S	L	T	P	D	I	T	P	F	N	Y	S	K
Template Known Secondary structure												T	T	S					T	T		.	.	.															T																			S											T	T	S	T	T	S							T
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.
Template SS confidence
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.				.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.
		603	.	.	.	.	.	.	610	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	620	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	T	L	S	I	A	L	N	N	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	L	I	T	N	T	F	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	T	L	P	K	V	L	S	L	M	E	D	V	V	K	H	H	A	V
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	E	F	E	R	L	E	E	E	Y	Y	E	F	K	D	R	L	Y	F	D	D	P	Y	I	E	R	K	F	F	R	A	F	K	T	A	L	V	L	L	A	W	I	N	E	V	P	E	G	E	I	V	E	K	Y	S	V	E	P	G	D	I	Y	R	I	V	E	T	A	E	W	L	V	Y	S	L	K	E	I	A	K
Template Known Secondary structure		T	T												T	T	T	S	S		S		S																					T	T											T			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		533	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.
		641	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.		.	.	.	.	.	.	.	680	.	.
Predicted Secondary structure																																		.
Query SS confidence																																		.
Query Sequence		K	R	G	I	R	S	K	V	D	Y	T	H	V	K	L	A	F	E	S	F	H	L	P	P	G	V	N	A	L	E	E	I	.	G	I	P	I	Q	T	L	H	R	L
Query Conservation																																		.
Alig confidence																																		.
Template Conservation
Template Sequence		V	L	G	A	Y	E	I	V	D	Y	L	E	T	L	R	V	R	V	K	Y	G	I	R	E	E	L	I	P	L	M	Q	L	P	L	V	G	R	R	R	A	R	A	L
Template Known Secondary structure			T	T		G	G	G														T			G	G	G	S	G	G	G		S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.