Job Description P52126 Confidence 99.91% Date Wed Jan 25 15:20:57 GMT 2012 Rank 65 Aligned Residues 290 % Identity 20% Template c2vl7A_ PDB info PDB header:unknown function Chain: A: PDB Molecule:xpd; PDBTitle: structure of s. tokodaii xpd4 Resolution 2.25 Å

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		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.					.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.
Query Sequence		H	S	M	Q	F	H	I	F	D	L	L	K	S	.	.	.	.	G	Q	N	V	V	L	S	A	P	T	S	M	G	K	S	A	I	V	D	S	L	L	G	M	G	T	L	K	R	L	V	L	V	V	P	T	V	A	L	A	D	E	T	R	R	R	L	Q	E	R	F	G	D	R	Y	Q	I	I	H	H	S	S	Q
Query Conservation															.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.																										.																									.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.																									.	.	.	.	.
Template Sequence		R	Q	W	Q	A	E	K	L	G	E	A	I	N	A	L	K	H	G	K	T	L	L	L	N	A	K	P	G	L	G	K	T	V	F	V	E	V	L	G	M	Q	L	.	K	K	K	V	L	I	F	T	R	T	H	S	Q	L	D	S	I	Y	K	N	A	K	L	L	.	.	.	.	.	G	L	K	T	G	F	L	R
Template Known Secondary structure																		T	T									T	T	S														.	T								S													G	G	G	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure																																												.																									.	.	.	.	.
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50		.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.						.	.	.	.	.	80	.	.
		178	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.													.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	C	H	S	D	Q	A	V	Y	V	L	T	Q	E	R	V	N	E	R	D	D	I	V	D	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	F	V	I	D	E	F	Y	K	L	A	F	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	N	L	K	D	K	D	V	I	A	M	T	Y	P	Y	L	F	Q	K	P	I	R	N	S	V	F	C	N	K	D	D	C	L	K	L	E	D	Y	L	I	V	I	D	E	A	H	N	L	L	E	A	D	K	W	F	T	R	K	I	S	R	K	M	L	E	R	A	L	K	E	I	E	I	V	E	R	L	N	R	I
Template Known Secondary structure		T	T	G	G	G		S						T					S								S		S	S	T	T	S			G	G	G						T	T	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G																						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																																										217	.	.	220	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	L	K	S	G	D	I	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	A	K	K	V	K	D	Y	I	N	L	L	I	D	Y	M	S	K	L	I	K	D	G	R	C	H	E	L	S	L	M	P	L	P	D	R	E	T	N	G	E	L	I	V	V	T	R	A	Y	L	N	I	D	E	G	P	V	K	K	S	S	L	K	S	L	L	K	F	V	E	M	K	G	D	L	Y	N	C	N	G
Template Known Secondary structure																			T	S			S	S	S					S																						T	T			S	S	S														S								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		225	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.								.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																						.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	Q	D	E	R	V	I	E	L	N	I	A	L	S	K	L	L	K	V	S	R	Q	F	Y	L	T	G	P	F	V	N	S	I	R	G	L	E	K	L	G	Y	P	H	T	F	V	S	T	D	F	N	T	V	A	L	D	V	K	T	F	G	I	K	A	N	D	D	K	.	.	.	.	.	.	.	A	K	L	K	A
Query Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.
Template Sequence		S	L	V	K	V	P	S	D	V	N	Q	L	I	E	D	A	L	N	V	K	T	F	K	V	L	M	S	G	T	L	P	E	.	.	.	.	.	S	L	T	L	T	N	S	Y	K	I	V	V	N	E	S	G	R	G	E	Y	Y	Y	C	P	N	V	T	S	E	L	R	K	R	N	S	N	I	P	I	Y	S	I	L
Template Known Secondary structure								S										T			S	S							S	S			T	.	.	.	.	.	T				T	T																		T	T					G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.
Template SS confidence
		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.						.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	E	I	A	H	A	C	V	D	A	T	I	I	Y	C	K	S	P	T	V	A	G	L	V	A	R	E	L	I	R	L	G	H	G	T	P	T	E	N	P	H	V	D	W	V	S	E	E	F	D	A	D	W	D	Y	T	V	A	L	R	N	G	I	G	L	H	F	G	A	L	P	R	A	L	Q	Q	Y	T	A
Query Conservation
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	K	R	I	Y	E	N	S	S	K	S	V	L	V	F	F	P	S	Y	E	M	L	E	S	V	R	I	H	L	S	G	I	P	V	I	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	K	K	T	R	H	E	E	V
Template Known Secondary structure								T		S	S							S										T	T		T	T	S					S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	420	.
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	Q	F	N	A	G	K	L	R	F	L	L	C	T	S	T	I	I	E	G	V	N	T	I	A	K	N	V	V	I	Y	D	N	R	D	G	T	R	S	I	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	T	H	G	N	I	K	G	R	A	G	R	M
Query Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.																																																								.
Template Sequence		L	E	L	M	K	T	G	K	Y	L	V	M	L	V	M	L	.	.	.	.	.	.	.	.	F	E	S	L	V	L	A	G	L	P	Y	P	N	V	S	D	D	M	V	R	K	R	I	E	R	L	S	K	L	T	G	K	D	E	D	S	I	I	H	D	L	T	A	I	V	I	K	Q	T	I	G	R	A	F	R	.
Template Known Secondary structure							T	S										.	.	.	.	.	.	.	.								S						T	T	S															T																									.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.																																																								.
Template SS confidence
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.									.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	V	H	F	V	G	K	I	F	C	L	E	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		D	P	N	D	Y	V	K	I	Y	L	C	D	S
Template Known Secondary structure		S	T	T									S	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		508	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520