Job Description P52126 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:57 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 565 % Identity 15% Template c2va8A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:ski2-type helicase; PDBTitle: dna repair helicase hel308 Resolution 2.30 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		76	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.		.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.				.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
Predicted Secondary structure																																						.																										.	.	.
Query SS confidence																																						.																										.	.	.
Query Sequence		E	F	T	S	L	T	P	D	D	L	R	V	L	E	L	Y	R	T	P	F	S	D	G	Y	V	F	H	S	M	Q	F	H	I	F	D	L	.	L	K	S	G	Q	N	V	V	L	S	A	P	T	S	M	G	K	S	A	I	V	D	S	L	L	.	.	.	G	M	G	T	L	K	R	L	V	L	V	V	P	T	V
Query Conservation																																						.																										.	.	.
Alig confidence																								.	.	.												.																										.	.	.
Template Conservation																								.	.	.
Template Sequence		P	I	E	D	L	K	L	P	S	N	V	I	E	I	I	K	K	R	G	I	K	K	.	.	.	L	N	P	P	Q	T	E	A	V	K	K	G	L	L	E	G	N	R	L	L	L	T	S	P	T	G	S	G	K	T	L	I	A	E	M	G	I	I	S	F	L	L	K	N	G	G	K	A	I	Y	V	T	P	L	R
Template Known Secondary structure		B	G	G	G	S	S	S										T	T	S			B	.	.	.											T	T	T	T	T	T									T	T	S																	S		S							S
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.				.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.						.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.						.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Query Sequence		A	L	A	D	E	T	R	R	R	L	Q	E	R	F	G	D	R	Y	Q	I	I	H	H	S	S	.	.	.	.	.	Q	V	C	H	S	D	Q	A	V	Y	V	L	T	Q	E	R	V	N	E	R	D	.	.	.	.	.	D	I	V	D	I	D	L	F	V	I	D	E	F	Y	K	L	A	F	R	Q	L	K	S	G
Query Conservation																											.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	L	T	N	E	K	Y	L	T	F	K	D	W	E	L	I	G	F	K	V	A	M	T	S	G	D	Y	D	T	D	D	A	W	L	K	N	Y	D	I	I	I	T	T	Y	E	K	L	D	S	L	W	R	H	R	P	E	W	L	N	E	V	N	Y	F	V	L	D	E	L	H	Y	L	N	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure												G	G	G	G	G	G	T								S		S	S	S			G	G	G	G	G		S																		G	G	G	G	G								S	G	G	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
		222	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	I	D	H	Q	D	E	R	V	I	E	L	N	I	A	L	S	K	L	L	K	V	S	R	Q	F	Y	L	T	G	P	F	V	N	S	I	R	G	L	E	K	L	G	Y	P	H	T	F	V	S	T	D	F	N	T	V	A	L	D	V	K	T	F	G	I	K	A	N	D	D	K	A	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																.	.																							.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																.	.																							.
Template Sequence		.	.	.	.	D	P	E	R	G	P	V	V	E	S	V	T	I	R	A	.	.	K	R	R	N	L	L	A	L	S	A	T	I	S	N	Y	K	Q	I	A	K	W	L	.	G	A	E	P	V	A	T	N	W	R	P	V	P	L	I	E	G	V	I	Y	P	E	R	K	K	K	E	Y	N	V	I	F	K	D	N	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.		T	T	T												.	.		T	S							S			T	T									.	T										S	S											S	S	T	T							T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																.	.																							.
Template SS confidence
						152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.			.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.		.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.
										294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.									350	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	K	L	K	A	L	G	E	I	A	H	A	C	V	D	A	T	I	I	Y	C	K	S	P	T	V	A	G	L	V	A	R	E	L	I	R	L	G	H	G	T	P	T	E	N	P	H	V	D	W	V	S	E	E	F	D	A	.	.	.	.	.	.	.	.	D	W	D	Y	T	V	A	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	K	K	V	H	G	D	D	A	I	I	A	Y	T	L	D	S	L	S	K	N	G	Q	V	L	V	F	R	N	S	R	K	M	A	E	S	T	A	L	K	I	A	N	Y	M	N	F	V	S	L	D	E	N	A	L	S	E	I	L	K	Q	L	D	D	I	E	E	G	G	S	D	E	K	E	L	L	K	S	L	I
Template Known Secondary structure							S	S	S											T	T	T								S	S														T	T	T	S	S																T			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		225	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.
		358	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	N	G	I	G	L	H	F	G	A	L	P	R	A	L	Q	Q	Y	T	A	D	Q	F	N	A	G	K	L	R	F	L	L	C	T	S	T	I	I	E	G	V	N	T	I	A	K	N	V	V	I	Y	D	N	R	D	G	T	R	S	I	D	K	F	T	H	G	N	I	K	G	R	A	G	R	M	G	V	H	F	V
Query Conservation
Alig confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	K	G	V	A	Y	H	H	A	G	L	S	K	A	L	R	D	L	I	E	E	G	F	R	Q	R	K	I	K	V	I	V	A	T	P	T	L	A	A	G	V	N	L	P	A	R	T	V	I	I	G	D	.	.	.	.	.	.	.	I	P	I	M	E	Y	K	Q	M	S	G	R	A	G	R	P	G	F	D	Q	I
Template Known Secondary structure		T	T	T						T	T	S														T	T		S							G	G	G	G	G	S	S				B	S							.	.	.	.	.	.	.											T	T	B			T	T	T		S
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		305	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.								.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.				.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.			.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.			480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510
Predicted Secondary structure												.	.	.																				.	.														.	.
Query SS confidence												.	.	.																				.	.														.	.
Query Sequence		G	K	I	F	C	L	E	E	I	P	.	.	.	E	D	N	L	N	Q	E	V	D	I	P	L	G	I	Q	G	I	D	T	.	.	P	I	N	L	L	A	S	V	Q	P	D	H	L	.	.	S	E	F	S	Q	D	R	F	D	E	V	F	I	N	D	R	V	S	I	D	L	V	K	K	H	S	Y	F	R	V	E
Query Conservation												.	.	.																				.	.														.	.
Alig confidence												.	.	.																				.	.														.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	E	S	I	V	V	V	R	D	K	E	D	V	D	R	V	F	K	K	Y	V	L	S	D	V	E	P	I	E	S	K	L	G	S	E	R	A	F	Y	T	F	L	L	G	I	L	S	A	E	G	N	L	S	E	K	Q	L	E	N	F	A	Y	E	S	L	L	A	K	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									S		G	G	G								T	T	S	S								S			S																	S											T	T	S	S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		392	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
		511	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580
Predicted Secondary structure																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	F	E	M	L	Q	S	M	F	E	M	M	D	D	N	E	F	S	S	L	V	F	H	W	T	P	A	T	N	F	L	K	T	F	A	K	I	I	A	R	L	V	P	H	T	F	S	R	N	G	V	P	V	K	P	T	D	V	M	I	A	K	L	A	G	Y	L	S	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	L	V	D	V	Y	F	D	R	A	I	R	W	L	L	E	H	S	F	I	K	E	E	G	N	T	F	A	L	T	N	F	.	.	.	.	G	K	R	V	A	D	L	Y	I	N	P	F	T	A	D	I	I	R	K	G	L	E	G	H	K	A	S	C	E	L	A	Y	L	H	L	L	A	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																T	T	S					S	S								.	.	.	.								T																S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.
Template SS confidence
									461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.					.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.
													581	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.																								.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Y	S	E	Y	L	K	N	Q	I	D	Y	A	R	Q	W	I	S	E	G	E	K	R	T	L	S	I	A	L	N	N	D	L	K	L	I	T	N	T	F	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	P	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	P	D	G	P	L	V	S	V	G	R	N	E	E	E	E	L	I	E	L	L	E	D	L	D	C	E	L	L	I	E	E	P	Y	E	E	D	E	Y	S	L	Y	I	N	A	L	K	V	A	L	I	M	K	D	W	M	D	E	V	D	E	D	T	I	L	S	K	Y	N	I	G	S	G	D	L	R	N	M	V	E
Template Known Secondary structure		S	T	T	S																		T	T		S	S			S	S				S	S																						T	T											T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		627	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.		.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.
Query SS confidence																																																.
Query Sequence		V	L	S	L	M	E	D	V	V	K	H	H	A	V	K	R	G	I	R	S	K	V	D	Y	T	H	V	K	L	A	F	E	S	F	H	L	P	P	G	V	N	A	L	E	E	I	.	G	I	P	I	Q	T	L	H	R	L	V	D	L	L
Query Conservation																																																.
Alig confidence																																																.
Template Conservation
Template Sequence		T	M	D	W	L	T	Y	S	A	Y	H	L	S	R	E	L	K	L	N	E	H	A	D	K	L	R	I	L	N	L	R	V	R	D	G	I	K	E	E	L	L	E	L	V	Q	I	S	G	V	G	R	K	R	A	R	L	L	Y	N	N	G
Template Known Secondary structure																	T	T																		T			G	G	G					T	S	T	T												T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670