Job Description P52126 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:57 GMT 2012 Rank 37 Aligned Residues 302 % Identity 19% Template c1wp9D_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: D: PDB Molecule:atp-dependent rna helicase, putative; PDBTitle: crystal structure of pyrococcus furiosus hef helicase domain Resolution 2.90 Å

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		99	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.				.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.
Query Sequence		Y	V	F	H	S	M	Q	F	H	I	F	D	L	L	K	S	G	Q	N	V	V	L	S	A	P	T	S	M	G	K	S	A	I	V	D	S	L	L	.	.	.	G	M	G	T	L	K	R	L	V	L	V	V	P	T	V	A	L	A	D	E	T	R	R	R	L	Q	E	R	F	G	D	R	Y	Q	I	I	H	H	S
Query Conservation																																								.	.	.
Alig confidence																	.																							.	.	.
Template Conservation																	.
Template Sequence		I	Q	P	R	I	Y	Q	E	V	I	Y	A	K	C	K	.	E	T	N	C	L	I	V	L	P	T	G	L	G	K	T	L	I	A	M	M	I	A	E	Y	R	L	T	K	Y	G	G	K	V	L	M	L	A	P	T	K	P	L	V	L	Q	H	A	E	S	F	R	R	L	F	N	L	P	P	E	K	I	V	A	L
Template Known Secondary structure															G	G	.	G	S								T	T	S																	S		S							S	S															B		S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure																	.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.		.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
		176	.	.	.	180									.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.						.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Query Sequence		S	Q	V	C	H	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	Q	A	V	Y	V	L	T	Q	E	R	V	N	E	R	D	.	.	.	.	.	D	I	V	D	I	D	L	F	V	I	D	E	F	Y	K	L	A	F	R	Q	L	K	S	G	D	I	D	H	Q	D	E	R	V	I	E	L	N	I	A	L	S	K	L	L	K
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	G	E	K	S	P	E	E	R	S	K	A	W	A	R	A	K	V	I	V	A	T	P	Q	T	I	E	N	D	L	L	A	G	R	I	S	L	E	D	V	S	L	I	V	F	D	E	A	H	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	G	N	Y	A	Y	V	F	I	A	R	E	Y	K	R	Q	A
Template Known Secondary structure			S		S													S															T	T	S			T	T	S		S						T	G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.													.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.						.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	S	R	Q	F	Y	L	T	G	P	F	V	N	S	.	.	.	.	.	I	R	G	L	E	K	L	G	Y	P	H	T	F	V	S	T	D	F	N	T	V	A	L	D	V	K	T	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	N	P	L	V	I	G	L	T	A	S	P	G	S	T	P	E	K	I	M	E	V	I	N	N	L	G	I	E	H	I	E	Y	R	S	E	N	S	P	D	V	R	P	Y	V	K	G	I	R	F	E	W	V	R	V	D	L	P	E	I	Y	K	E	V	R	K	L	L	R	E	M	L	R	D	A	L	K	P	L	A
Template Known Secondary structure		S	S								S		S		S	S												T									T	T	S	T	T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	T	G	L	L	E	S	S	S	P	D	I	P	K	K	E	V	L	R	A	G	Q	I	I	N	E	E	M	A	K	G	N	H	D	L	R	G	L	L	L	Y	H	A	M	A	L	K	L	H	H	A	I	E	L	L	E	T	Q	G	L	S	A	L	R	A	Y	I	K	K	L	Y	E	E	A	K	A	K	A	S	K
Template Known Secondary structure				T	S	S	S				T	T	S																	T	T	T			S	T	T	T																					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
																								285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	K	A	N	D	D	K	A	K	L	K	A	L	G	E	I	A	H	A	C	V	D	A	T	I	I	Y	C	K	S	P	T	V	A	G	L	V	A	R	E	L	I	R	L	G	H	G	T	P	T	E	N	P	H	V	D	W
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	I	F	S	D	K	R	M	K	K	A	I	S	L	L	V	Q	A	K	E	I	G	L	D	H	P	K	M	D	K	L	K	E	I	I	R	E	Q	L	Q	R	K	Q	N	S	K	I	I	V	F	T	N	Y	R	E	T	A	K	K	I	V	N	E	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					T	S																T	T		S																			T	T								S													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	S	E	E	F	D	A	D	W	D	Y	T	V	A	L	R	N	G	I	G	L	H	F	G	A	L	P	R	A	L	Q	Q	Y	T	A	D	Q	F	N	A	G	K	L	R	F	L	L	C	T	S	T	I	I	E	G	V	N	T	I	A	K	N	V	V	I	Y	D	N	R	D	G	T	R	S	I	D	K	F	T	H
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	K	D	G	I	K	A	K	R	F	R	E	Q	K	L	I	L	D	E	F	A	R	G	E	F	N	V	L	V	A	T	S	V	G	E	E	G	L	D	V	P	E	V	D	L	V	V	F	.	.	.	.	Y	E	P	V	P	S	A	I	R	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T																			T	S		S						G	G	G	G	G	G	G	G	S	T	T							.	.	.	.	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.
Template SS confidence
																				382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.					430	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	I	K	G	R	A	G	R	M	G	V	H	F	V	G	K	I	F	C	L	E	E	I	P	E	D	N	L	N	Q	E
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.
Template Conservation														.	.	.
Template Sequence		I	Q	R	R	G	R	T	G	R	H	M	P	.	.	.	G	R	V	I	I	L	M	A	K	G	T	R	D	E	A	Y	Y
Template Known Secondary structure						T	T	S		S				.	.	.	S								T	T	S
Template Predicted Secondary structure														.	.	.
Template SS confidence
		454	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.				.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.