Job Description P52126 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:57 GMT 2012 Rank 29 Aligned Residues 348 % Identity 15% Template c1c4oA_ PDB info PDB header:replication Chain: A: PDB Molecule:dna nucleotide excision repair enzyme uvrb; PDBTitle: crystal structure of the dna nucleotide excision repair enzyme uvrb2 from thermus thermophilus Resolution 1.50 Å

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		97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.						.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.
Query Sequence		D	G	Y	V	F	H	S	M	Q	F	H	I	F	D	L	L	K	S	G	.	.	.	.	.	Q	N	V	V	L	S	A	P	T	S	M	G	K	S	A	I	V	D	S	L	L	G	M	G	T	L	K	R	L	V	L	V	V	P	T	V	A	L	A	D	E	T	R	R	R	L	Q	E	R	F	G	D	R	Y	Q	I
Query Conservation																					.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.																									.
Template Conservation																																																		.
Template Sequence		R	G	P	S	P	K	G	D	Q	P	K	A	I	A	G	L	V	E	A	L	R	D	G	E	R	F	V	T	L	L	G	A	T	G	T	G	K	T	V	T	M	A	K	V	I	E	A	L	.	G	R	P	A	L	V	L	A	P	N	K	I	L	A	A	Q	L	A	A	E	F	R	E	L	F	P	E	N	A	V	E
Template Known Secondary structure			S					T	T														T	T		S								T	T	S														.	T								S	S																T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																		.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.		.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		172	.	.	.	.	.	.	.	180	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.							.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	H	H	S	S	Q	V	C	H	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Q	A	V	Y	V	L	T	Q	E	R	V	.	.	.	.	.	.	N	E	R	D	D	I	V	D	I	D	L	F	V	I	D	E
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	F	I	S	Y	Y	D	Y	Y	Q	P	E	A	Y	V	P	G	K	D	L	Y	I	E	K	D	A	S	I	N	P	E	I	E	R	L	R	H	S	T	T	R	S	L	L	T	R	R	D	V	I	V	V	A	S	V	S	A	I	Y	G	L	G	D	P	R	E	Y	R	A	R	N	L	V	G	F	V	L	F	P	A
Template Known Secondary structure						G	G	G	T	S							G	G	G	T								S																				S								G	G	G		S													B					B			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	Y	K	L	A	F	R	Q	L	K	S	G	D	I	D	H	Q	D	E	R	V	I	E	L	N	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	H	Y	L	S	P	E	G	L	E	E	I	L	K	E	I	E	K	E	L	W	E	R	V	R	Y	F	E	E	R	G	E	V	L	Y	A	Q	R	L	K	E	R	T	L	Y	D	L	E	M	L	R	V	M	G	T	C	P	G	V	E	N	Y	A	R	Y	F	T	G	K	A	P	G	E	P	P	Y	T	L	L	D
Template Known Secondary structure			S					S	S																						T	T																							S			T	T	G	G	G	G						T			T	T	S					G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
																																																				236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	S	K	L	L	K	V	S	R	Q	F	Y	L	T	G	P	F	V	N	S	I	R	G	L	E	K	L	G	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.
Template Conservation																																																																														.	.	.
Template Sequence		Y	F	P	E	D	F	L	V	F	L	D	E	S	H	V	T	V	P	Q	L	Q	G	M	Y	R	G	D	Y	A	R	K	K	T	L	V	D	Y	G	F	R	L	P	S	A	L	D	N	R	P	L	R	F	E	E	F	L	E	R	V	S	Q	V	V	F	V	S	A	T	P	G	P	F	E	L	A	H	.	.	.	S
Template Known Secondary structure		G	S		T	T							T																									T	T	S	S		G	G	G	G	G	S	S										T		S							S	S									.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.
Template SS confidence
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.				.
		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	H	T	F	V	S	T	D	F	N	T	V	A	L	D	V	K	T	F	G	I	K	A	N	D	D	K	A	K	L	K	A	L	G	E	I	A	H	A	C	V	D	A	T	I	I	Y	C	K	S	P	T	V	A	G	L	V	A	R	E	L	I	R	L	G	H	G	T	P	T	E	N	P	H	V	D	W	V	S	E
Query Conservation
Alig confidence																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	R	V	V	E	Q	I	I	R	P	T	G	L	L	D	P	L	V	R	V	K	P	T	E	N	Q	I	L	D	L	M	E	G	I	R	E	R	A	A	R	G	E	R	T	L	V	T	V	L	T	V	R	M	A	E	E	L	T	S	F	L	V	E	H	G	I	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S							S		T	T												S	T	T															T	T								S	S														T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
		346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.		.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.
Query SS confidence																																																										.
Query Sequence		E	F	D	A	D	W	D	Y	T	V	A	L	R	N	G	I	G	L	H	F	G	A	L	P	R	A	L	Q	Q	Y	T	A	D	Q	F	N	A	G	K	L	R	F	L	L	C	T	S	T	I	I	E	G	V	N	T	I	.	A	K	N	V	V	I	Y	D	N	R	D	G	T	R	S	I	D	K	F	T	H	G	N
Query Conservation																																																										.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	R	Y	L	H	H	E	L	D	A	F	K	R	Q	A	L	I	R	D	L	R	L	G	H	Y	D	C	L	V	G	I	N	L	L	R	E	G	L	D	I	P	E	V	S	L	V	A	I	L	D	A	D	K	E	G	F	L	R	S	E	R	S	L	I	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T															T	T	S		S					S					T	T				T	T							T	T	T	T	S		S	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																	467	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.
		425	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	K	G	R	A	G	R	M	G	V	H	F	V	G	K	I	F	C	L	E	E	I	P	E	D	N	L	N	Q	E	V	D	I	P	L	G	I	Q	G	I	D	T	P	I	N	L	L	A	S	V	Q	P	D	H	L
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.
Template Conservation												.	.	.
Template Sequence		T	I	G	R	A	A	R	N	A	R	.	.	.	G	E	V	W	L	Y	A	D	R	V	S	E	A	M	Q	R	A	I	E	E	T	N	R	R	R	A	L	Q	E	A	Y	N	L	E	H	G	I	T	P	E	T	V
Template Known Secondary structure				G	G	G	T	T	S	T	T	.	.	.								S	S																											T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.
Template SS confidence
		532	.	.	.	.	.	.	.	540	.				.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.