Job Description P15067 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:34:29 GMT 2012 Rank 35 Aligned Residues 456 % Identity 19% Template c3ucqA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:amylosucrase; PDBTitle: crystal structure of amylosucrase from deinococcus geothermalis Resolution 1.97 Å

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		149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	S	T	I	I	Y	E	A	H	V	K	G	L	T	Y	L	H	P	E	I	P	V	E	I	R	G	T	Y	K	A	L	G	H	P	V	M	I	N	Y	L	K	Q	L	G	I	T	A	L	E	L	L	P	V	A	Q	F	A	S	E	P	R	L	Q	R	M	G	L	S	N	Y	W	G	Y	N	P	V	A	M	F	A
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	E	M	V	G	Y	V	A	Y	T	D	R	F	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	L	K	G	V	.	.	E	E	R	L	D	Y	L	E	G	L	G	V	K	Y	L	H	L	M	P	L	L	R	P	R	E	G	E	N	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	G	Y	A	V	Q	D	Y	R	A
Template Known Secondary structure		T	T													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S					.	.		T	T							T	T														S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	T	S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.												.	.	.	.	.	.			.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.									.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.
		229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	H	P	A	Y	A	C	S	P	E	T	A	L	D	E	F	R	D	A	I	K	A	L	H	K	A	G	I	E	V	I	L	D	I	V	L	N	H	S	A	E	L	D	L	D	G	P	L	F	S	L	R	G	I	D	N	R	S	Y	Y	W	I	R	E	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.
Template Sequence		V	R	P	D	L	G	T	.	.	.	.	.	M	D	D	L	S	A	L	A	R	A	L	R	G	R	G	I	S	L	V	L	D	L	V	L	N	H	V	A	R	E	H	A	W	A	Q	K	A	R	A	G	D	P	K	Y	R	A	Y	F	H	L	F	P	D	R	R	G	P	D	A	F	E	A	T	L	P	E	I	F
Template Known Secondary structure				G	G	G			.	.	.	.	.														T	T										S				T	T	S								T	T						T	T	B				S	S	S								T	T				S
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.
Template SS confidence
		148	.	150	.	.	.	.						.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
																						294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	Y	H	N	W	T	G	C	G	N	T	L	N	L	S	H	P	A	V	V	D	Y	A	S	A	C	L	R	Y	W	V	E	T	C	H	V	D	G	F	R	F	D	L	A	A	V	M	G	R	T	P	E	F	R	Q	D	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.																									.	.	.
Template Conservation																																																						.
Template Sequence		P	D	F	A	P	G	N	F	S	W	D	E	E	I	G	E	G	E	G	G	W	V	W	T	T	F	N	S	Y	Q	W	D	L	N	W	A	N	P	D	V	F	L	E	F	V	D	I	I	L	Y	L	A	.	N	R	G	V	E	V	F	R	L	D	A	I	A	F	I	W	K	R	L	G	T	D	C	Q	N	Q	P
Template Known Secondary structure		T	T	T	S		S	S					T	T	S	S	S	S	S							S	S	S	T	T				B		T	T	S																.	T	T	T							T	T	G	G	G	S				T	T	S		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																						.
Template SS confidence
		223	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.		.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
				351	.	.	.	.	.	.	.	.			360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.						.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
Predicted Secondary structure		.	.										.	.																												.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.										.	.																												.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	A	P	L	F	T	A	I	Q	N	.	.	C	P	V	L	S	Q	V	K	L	I	A	E	P	W	D	I	A	P	G	G	Y	Q	V	G	N	F	P	.	.	.	.	.	P	L	F	A	E	W	N	D	H	F	R	D	A	A	R	R	F	W	L	H	Y	D	L	P	L	G	A	F	A	G	R	F	A	A	S
Query Conservation		.	.										.	.																												.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.										.	.																												.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	V	H	H	L	T	R	A	L	R	A	A	A	R	I	V	A	P	A	V	A	F	K	A	E	A	I	V	A	P	A	D	L	I	H	Y	L	G	T	R	A	H	H	G	K	V	S	D	M	A	Y	H	N	S	L	M	V	Q	L	W	S	S	L	A	S	R	N	T	.	.	.	.	.	.	.	R	L	F	E	E
Template Known Secondary structure																			T	T															G	G	G	T			S	S	S	S			S		S																					.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.								370	.	.	.	.
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	D	V	F	K	R	N	G	R	L	P	S	A	A	I	N	L	V	T	A	H	D	G	F	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	D	C	V	C	F	N	H	K	H	N	E	A	N	G	E	E	N	R	D	G	T	N
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	R	A	F	P	P	K	P	T	S	T	T	W	G	L	Y	V	R	C	H	D	D	I	G	W	A	I	S	D	E	D	A	A	R	A	G	L	N	G	A	A	H	R	H	F	L	S	D	F	Y	S	G	Q	F	P	G	S	F	A	R	G	L	V	F	Q	Y	N	P	V	N	G	D	R	R	I	S	G	S	A
Template Known Secondary structure					T						T	T							S			S	S		B												T	T															T	T		S	T	T									S			T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.							.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	N	Y	S	N	N	H	G	K	E	G	L	G	G	S	L	D	L	V	E	R	R	R	D	S	I	H	A	L	L	T	T	L	L	L	S	Q	G	T	P	M	L	L	A	G	D	E	H	G	H	S	Q	.	.	.	.	.	.	H	G	N	N	N	A	Y	C	Q	D	N	Q	L	T	W	L	D	W	S	Q	A	S
Query Conservation																																																						.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.																																									.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.
Template Sequence		A	S	L	A	G	L	E	A	A	L	E	.	T	G	D	P	G	R	I	E	D	A	V	R	R	L	L	L	L	H	T	V	I	L	G	F	G	G	V	P	L	L	Y	M	G	D	E	L	A	L	L	N	D	Y	A	F	E	D	V	P	E	H	A	P	D	N	R	W	V	H	R	P	Q	M	D	W	A	L	A	E
Template Known Secondary structure					T	T							.																								S	S	S						T	T	G	G	G	T					G	G	G	G	G	S	T	T	T	T	T		G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure													.
Template SS confidence
		455	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.		.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.
		545											.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	T	A	F	T	A	A	L	I	H	L	R	K	R	I	P	A	L	V	E	N	R	W	W	E	E	G	D	G	N	V	R	W	L	N	R	Y	A	Q	P	L	S	T	D	E	W	Q	N	G	P	K	Q	L	Q	I	L	L	S	D	R	F	L	I	A	I	N	A	T
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	V	R	Q	E	P	S	S	P	A	G	R	V	N	T	G	L	R	H	L	L	R	V	R	R	D	T	P	Q	L	H	A	S	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	S	Q	V	L	P	S	P	D	S	R	A	L	L	L	R	R	D	H	P	L	G	G	M	V	Q	V	Y	N	F	S
Template Known Secondary structure							T	T	S																		T		G	G	G		T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	T	T									T	T										S
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		534	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.																.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.
		615	.	.	.	.	620	.	.	.							.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	E	V	T	E	I	V	L	P	.	.	.	.	.	.	A	G	E	W	H	A	I	P	P	F	A	G	E	D	N	P	V	I	T	A	V	W	Q	G	P	A	H	G	L	C	V	F	Q
Query Conservation											.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.								.	.
Template Conservation																								.	.
Template Sequence		E	E	T	V	M	L	P	S	H	V	L	R	D	V	L	G	D	H	V	Q	D	R	.	.	L	S	G	S	A	F	R	L	D	R	P	T	V	R	L	E	G	Y	R	A	L	W	L	T
Template Known Secondary structure		S	S						T									S					T	.	.	T	T						S	S	S	S						T	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.
Template SS confidence
		599	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620			.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.