Job Description P15067 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:34:29 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 521 % Identity 27% Template c3m07A_ PDB info PDB header:unknown function Chain: A: PDB Molecule:putative alpha amylase; PDBTitle: 1.4 angstrom resolution crystal structure of putative alpha2 amylase from salmonella typhimurium. Resolution 1.40 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		8	.	10	.	.	.	.	.	.		.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.
Query SS confidence											.
Query Sequence		K	P	A	P	L	G	A	H	Y	.	D	G	Q	G	V	N	F	T	L	F	S	A	H	A	E	R	V	E	L	C	V	F	D	A	N	G	Q	E	H	R	Y	D	L	P	G	H	S	G	D	I	W	H	G	Y	L	P	D	A	R	P	G	L	R	Y	G	Y	R	V	H	G	P	W	Q	P	A	E	G	H	R	F
Query Conservation											.
Alig confidence											.																						.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	C	K	S	W	G	A	E	Y	I	A	A	D	V	V	R	F	R	L	W	A	T	G	Q	Q	K	V	M	L	R	L	.	.	.	.	.	A	G	K	D	Q	E	M	Q	A	N	G	D	G	W	F	T	L	D	V	A	G	V	T	P	G	T	E	Y	N	F	V	L	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					S	S							T	T									T	T		S							.	.	.	.	.	T	T									S	T	T								T			T	T								T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.						.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70
		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	P	A	K	L	L	I	D	P	C	A	R	Q	I	D	G	E	F	K	D	N	P	L	L	H	A	G	H	N	E	P	D	Y	R	D	N	A	A	I	A	P	K	C	V	V	V	V	D	H	Y	D	W	E	D	D	A	P	P	R	T	P	W	G	S	T	I	I	Y	E	A	H	V	K	G	L	T	Y	L	H	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.
Template Conservation		.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.
Template Sequence		.	.	G	M	V	V	P	D	P	A	S	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	Q	K	T	D	V	N	G	P	S	Y	V	V	D	P	G	S	Y	T	W	R	N	T	G	W	K	G	S	R	W	E	Q	A	V	V	Y	E	M	H	T	G	T	F	T	P	E	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	S						T	T		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		B	S	S	S	T	T	S							T	T	S	S			S		T	T						G	G	G												S	S	S	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.
Template SS confidence
				71	.	.	.	.	.	.	.	.	80																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	I	P	V	E	I	R	G	T	Y	K	A	L	G	H	P	V	M	I	N	Y	L	K	Q	L	G	I	T	A	L	E	L	L	P	V	A	Q	F	A	S	E	P	R	L	Q	R	M	G	L	S	N	Y	W	G	Y	N	P	V	A	M	F	A	L	H	P	A	Y	A	C	S	P	E	T	A	L	D	E	F	R	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.							.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.							.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	G	T	F	R	A	A	.	.	I	A	K	L	P	Y	L	A	E	L	G	V	T	V	I	E	V	M	P	V	A	Q	F	G	G	E	R	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	G	Y	D	G	V	L	L	Y	A	P	H	S	A	Y	G	T	.	.	.	.	.	P	D	D	F	K	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.		S					.	.		T	T								T													S	S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	T	T									T	T	T			.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.							.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Template SS confidence
									127	.	.	130	.	.			.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160										.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.						.	.	180	.	.	.
		247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	I	K	A	L	H	K	A	G	I	E	V	I	L	D	I	V	L	N	H	S	A	E	L	D	L	D	G	P	L	F	S	L	R	G	I	D	N	R	S	Y	Y	W	I	R	E	D	G	D	Y	H	N	W	T	G	C	G	N	T	L	N	L	S	H	P	A	V	V	D	Y	A	S	A	C	L	R	Y	W	V	E
Query Conservation
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	I	D	A	A	H	G	Y	G	L	S	V	V	L	D	I	V	L	N	H	F	G	P	E	G	N	Y	L	P	L	L	.	.	.	.	.	.	A	P	A	F	F	H	K	E	R	M	.	.	.	.	.	.	T	P	W	G	N	G	I	A	Y	D	V	D	A	V	R	R	Y	I	I	E	A	P	L	Y	W	L	T
Template Known Secondary structure									T	T										S				S	S	S							.	.	.	.	.	.		G	G	G							.	.	.	.	.	.		T	T						T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		184	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.							.	.	.	.	.	220	.	.	.	.							.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
		327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.				.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.
Query Sequence		T	C	H	V	D	G	F	R	F	D	L	A	A	V	M	G	R	T	P	E	F	R	Q	D	A	P	L	F	T	A	I	Q	N	C	P	V	L	S	Q	V	K	L	I	A	E	P	W	D	I	A	P	G	.	.	.	G	Y	Q	V	G	N	F	P	P	L	F	A	E	W	N	D	H	F	R	D	A	A	R	R	F
Query Conservation																																																						.	.	.
Alig confidence																																																						.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	Y	H	L	D	G	L	R	F	D	A	I	D	Q	I	E	D	S	S	A	R	H	V	L	V	E	I	A	Q	R	I	R	E	D	I	T	D	R	P	I	H	L	T	T	E	D	S	R	N	I	I	S	L	H	P	R	D	Q	D	G	N	A	P	L	F	T	A	E	W	N	D	D	F	H	N	A	V	H	V	F
Template Known Secondary structure			T	T		S					T	T	G	G	G					S	S	S																S	S									S	S				T	T	S				T	T	S			S	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
		404	.	.	.		.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.
Predicted Secondary structure						.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	L	H	Y	.	D	L	P	L	G	A	F	A	G	R	F	A	A	S	S	D	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	K	R	N	G	R	L	P	S	A	A	I	N	L	V	T	A	H	D	G	F	T	L	R	D	C	V	C	F	N	H	K	H	N	E	A	N
Query Conservation						.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	T	G	E	T	Q	A	Y	Y	N	D	F	A	D	A	P	E	K	H	L	A	R	A	L	A	E	G	F	A	Y	Q	G	E	I	S	P	Q	T	G	E	P	R	G	V	K	S	T	G	Q	P	P	V	A	F	V	D	F	I	Q	N	H	D	Q	V	G	N	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							S	G	G	G	G	G	G		S													S		S		S	S		B		T	T	T	S	S	B						T	T	S		G	G	G					S								T	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		462	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	E	E	N	R	D	G	T	N	N	N	Y	S	N	N	H	G	K	E	G	L	G	G	S	L	D	L	V	E	R	R	R	D	S	I	H	A	L	L	T	T	L	L	L	S	Q	G	T	P	M	L	L	A	G	D	E	H	G	H	S	Q	H	G	N	N	N	A	Y	C	Q	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	G	D	R	L	I	T	L	A	G	A	E	R	T	K	V	L	L	A	T	L	L	L	S	P	H	I	P	L	L	F	M	G	E	E	Y	G	E	S	R	P	F	L	F	F	T	D	F	H	G	D	L	A	R	A	V	R	E	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T																							S	S	S						T	T	G	G	G	T			S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																							400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
																								534	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.					.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	L	T	W	L	D	W	S	Q	A	S	.	.	.	.	S	G	L	T	A	F	T	A	A	L	I	H	L	R	K	R	I	P	A	L	V	E	N	R	W	W	E	E	G	D	G	N	V	R	W	L	N	R	Y	A	Q	P	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	A	K	E	F	A	D	H	A	G	E	N	V	P	D	P	N	A	P	E	T	F	Q	R	S	K	L	N	W	K	Q	Q	H	S	E	E	G	K	A	W	L	A	F	T	R	E	L	L	L	L	R	Q	K	H	I	V	P	L	L	S	A	A	R	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	G	T
Template Known Secondary structure					T	T	G	G	G	T	T						T	T	S						T	T	S								S																					T					T	T			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		459	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.													.	.	.	.
		588	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	T	D	E	W	Q	N	G	P	K	Q	L	Q	I	L	L	S	D	R	F	L	I	A	I	N	A	T	L	E	V	T	E	I	V	L	P	A	G	E	W	H	A	I	P	P	F	A	G	E	D	N	P	V	I	T	A	V	W	Q	G	P	A	H	G	L	C	V	F
Query Conservation
Alig confidence																																									.								.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.								.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	L	Q	T	A	P	G	F	I	A	V	S	W	R	F	P	G	G	T	L	S	L	A	L	N	I	S	A	T	T	V	L	L	P	D	L	P	G	K	.	T	L	F	A	W	P	N	.	.	.	.	.	.	.	E	S	T	G	S	L	S	Q	H	S	L	I	V	R
Template Known Secondary structure							T	T									T	T										S	S	S									S		.						S		.	.	.	.	.	.	.			S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure																																									.								.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		527	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.		.	.	.	.	570	.	.								.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.