Job Description P15067 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:34:29 GMT 2012 Rank 52 Aligned Residues 406 % Identity 18% Template c3dhuC_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: C: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: crystal structure of an alpha-amylase from lactobacillus2 plantarum Resolution 2.00 Å

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		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	T	P	W	G	S	T	I	I	Y	E	A	H	V	K	G	L	T	Y	L	H	P	E	I	P	V	E	I	R	G	T	Y	K	A	L	G	H	P	V	M	I	N	Y	L	K	Q	L	G	I	T	A	L	E	L	L	P	V	A	Q	F	A	S	E	P	R	L	Q	R	M	G	L	S	N	Y	W	G	Y	N	P	V
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.																													.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.																													.	.	.	.
Template Sequence		Q	T	Q	L	R	N	E	M	I	Y	S	V	F	V	R	N	Y	S	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	F	A	G	V	.	.	T	A	D	L	Q	R	I	K	D	L	G	T	D	I	L	W	L	L	P	I	N	P	I	G	E	V	N	R	.	.	.	.	K	G	T	L	G	S	P	Y	A	I	K
Template Known Secondary structure			G	G	G	G	G												S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S					.	.		T	T								T		S								S		B			T	T		.	.	.	.		T	T	T			T	T	S	B	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.																													.	.	.	.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.										.	.	.	.	30	.			.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.					60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70
		225	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Query SS confidence																																																																																.	.
Query Sequence		A	M	F	A	L	H	P	A	Y	A	C	S	P	E	T	A	L	D	E	F	R	D	A	I	K	A	L	H	K	A	G	I	E	V	I	L	D	I	V	L	N	H	S	A	E	L	D	L	D	G	P	L	F	S	L	R	G	I	D	N	R	S	Y	Y	W	I	R	E	D	G	D	Y	H	N	W	T	G	C	.	.
Query Conservation																																																																																.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.																				.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	Y	R	G	I	N	P	E	Y	G	T	.	.	.	.	.	L	A	D	F	K	A	L	T	D	R	A	H	E	L	G	M	K	V	M	L	D	I	V	Y	N	H	T	S	P	D	S	V	L	A	T	E	.	.	.	.	.	.	.	H	P	E	W	F	Y	H	D	A	D	G	Q	L	T	N	K	V	G	D	W	S
Template Known Secondary structure			T	T	S			G	G	G			.	.	.	.	.														T	T										S				T	T	S						.	.	.	.	.	.	.		G	G	G	B		B		T	T	S		B			S		T	T		T
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.						.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.								.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.
			303	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																																																																											.	.	.	.	.
Query SS confidence		.																																																																											.	.	.	.	.
Query Sequence		.	G	N	T	L	N	L	S	H	P	A	V	V	D	Y	A	S	A	C	L	R	Y	W	V	E	T	C	H	V	D	G	F	R	F	D	L	A	A	V	M	G	R	T	P	E	F	R	Q	D	A	P	L	F	T	A	I	Q	N	C	P	V	L	S	Q	V	K	L	I	A	E	P	W	D	I	A	.	.	.	.	.
Query Conservation		.																																																																											.	.	.	.	.
Alig confidence		.																									.	.																													.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.																													.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	V	K	D	L	D	Y	G	H	H	E	L	W	Q	Y	Q	I	D	T	L	L	Y	W	S	Q	.	.	F	V	D	G	Y	R	C	D	V	A	P	L	V	P	L	D	F	W	L	E	A	R	K	Q	V	N	A	K	.	.	.	.	.	.	Y	P	E	T	L	W	L	A	E	S	A	G	S	G	F	I	E	E	L
Template Known Secondary structure		T				B		T	T		T														T	T	.	.	T		S					T	T	G	G	G	S																.	.	.	.	.	.		T	T
Template Predicted Secondary structure																											.	.																													.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.			.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.							.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210
							377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	P	G	G	Y	Q	V	G	N	F	P	P	L	F	A	E	W	N	D	H	F	R	D	A	A	R	R	F	W	L	H	Y	D	L	P	L	G	A	F	A	G	R	F	A	A	S	S	D	V	F	K	R	N	G	R	L	P	S	A	A	I	N	L	V	T	A	H	D	G	F	T	L	R	D	C	V
Query Conservation		.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.
Template Sequence		R	S	Q	G	Y	T	G	L	S	D	S	E	L	Y	Q	A	F	D	M	T	Y	D	Y	D	V	F	G	D	F	K	D	Y	W	Q	G	R	S	T	.	.	.	.	.	V	E	R	Y	V	D	L	L	Q	R	Q	D	A	T	F	P	G	N	Y	V	K	M	R	F	L	E	N	H	D	N	A	R	M	M	S	L	M
Template Known Secondary structure				T	T										T	T	T		S				G	G	G	T									T	T	S	S		.	.	.	.	.															S		T	T							S			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.
Template SS confidence
		211	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.						.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.
		452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	F	N	H	K	H	N	E	A	N	G	E	E	N	R	D	G	T	N	N	N	Y	S	N	N	H	G	K	E	G	L	G	G	S	L	D	L	V	E	R	R	R	D	S	I	H	A	L	L	T	T	L	L	L	S	Q	G	T	P	M	L	L	A	G	D	E	H	G	H	S	Q	H	G	N	N	N	A	Y	C	Q
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	A	E	A	V	N	N	L	T	W	I	F	M	Q	R	G	I	P	L	I	Y	N	G	Q	E	F	L	A	E	H	Q	P	S	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														S	S	S						T	T	G	G	G	T			S				.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		286	.																																								.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
		532	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	N	Q	L	T	W	L	D	W	S	Q	A	S	S	G	L	T	A	F	T	A	A	L	I	H	L	R	K	R	I	P	A	L	V	E	N	R	W	W	E	E	G	D	G	N	V	R	W	L	N	R	Y	A	Q	P	L	S	T	D	E	W	Q	N	G	P	K	Q	L	Q	I	L	L	S	D	R	F	L	I	A	I
Query Conservation
Alig confidence												.																		.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.																		.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	F	D	R	D	T	M	V	A	D	.	R	H	G	D	V	T	P	L	I	Q	K	L	V	T	I	K	Q	.	L	P	L	L	R	A	A	D	Y	Q	L	A	V	V	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	I	V	K	I	T	Y	R	A	A	G	E	A	L	T	A	W	I
Template Known Secondary structure		S	S	S					T	T		.																	T	.	S	G	G	G	G		S								G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G									T	T
Template Predicted Secondary structure												.																		.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330		.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.		.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
		612	.	.	.	.	.	.	.	620	.			.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.
Query SS confidence												.	.
Query Sequence		N	A	T	L	E	V	T	E	I	V	.	.	L	P	A	G	E	W	H	A	I	P	P	F	A	G	E	D	N	P	V	I	T	A	V	W	Q	G	P	A	H	G	L	C	V	F	Q
Query Conservation												.	.
Alig confidence												.	.										.	.
Template Conservation																							.	.
Template Sequence		P	L	K	G	Q	V	T	A	V	A	T	K	L	A	A	G	S	Y	Q	N	L	.	.	L	T	D	G	P	T	E	V	V	D	G	K	L	T	V	D	G	Q	P	V	L	I	K	Y
Template Known Secondary structure			T	T												S						T	.	.	T	T	T							T	T						S	S
Template Predicted Secondary structure																							.	.
Template SS confidence
		382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.			.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.