Job Description P15067 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:34:29 GMT 2012 Rank 85 Aligned Residues 496 % Identity 16% Template c3bc9A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha amylase, catalytic region; PDBTitle: alpha-amylase b in complex with acarbose Resolution 1.35 Å

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		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.		20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.
Query SS confidence														.
Query Sequence		K	P	A	P	L	G	A	H	Y	D	G	Q	.	G	V	N	F	T	L	F	S	A	H	A	E	R	V	E	L	C	V	F	D	A	N	G	Q	E	H	R	Y	D	L	P	G	H	S	G	D	I	W	H	G	Y	L	P	D	A	R	P	G	L	R	Y	G	Y	R	V	H	G	P	W	Q	P	A	E	G	H	R	F
Query Conservation														.
Alig confidence					.									.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	P	S	.	T	G	A	S	V	S	K	N	L	T	E	I	I	L	I	F	S	N	D	I	N	K	V	S	Q	L	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	T	D	L	I	T	D	S	D	I	Q	G	I	D	Y	N	I	E	G	N	K	V	.	.	.	.	.	.	I	I	N
Template Known Secondary structure			S		.	T	T					T	T									S	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T	T	T				T	T							T	T			.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure					.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		22	.	.		.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.							.	.	.
		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.						.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.
Query Sequence		N	P	A	K	L	L	I	D	P	C	A	R	Q	I	D	G	.	.	.	.	.	E	F	K	D	N	P	L	L	H	A	G	H	N	E	P	D	Y	R	D	N	A	A	I	A	P	K	C	V	V	V	V	D	H	Y	D	W	E	D	D	A	P	P	R	T	P	W	G	S	T	I	I	Y	E	A	H	V	K	G	L
Query Conservation																		.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	F	S	L	E	P	T	C	N	Y	R	L	S	Y	E	V	I	D	I	Y	D	N	H	L	Q	G	Y	I	E	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	V	N	Q	S	N	Y	P	Q	I	P	D	Q	E	V	N	H	T	I	L	Q	A	F	Y	W	E	M	N	T	G	E	Y
Template Known Secondary structure							T	T												T	T											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S	S						G	G	G											T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.										.	.	230	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	Y	L	H	P	E	I	P	V	E	I	R	G	T	Y	K	A	L	G	H	P	V	M	I	N	Y	L	K	Q	L	G	I	T	A	L	E	L	L	P	V	A	Q	F	A	S	E	P	R	L	Q	R	M	G	L	S	N	Y	W	G	Y	N	P	V	A	M	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	H	P	A
Query Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.							.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.							.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	T	E	H	P	E	E	A	.	.	.	.	N	L	W	N	L	L	.	.	A	E	R	A	P	E	L	A	E	A	G	F	T	A	V	W	L	P	P	A	N	K	G	M	A	G	I	H	.	.	.	.	.	.	.	.	D	V	G	Y	G	T	Y	D	L	W	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	T	V	R	T	K
Template Known Secondary structure						G	G	G	G	.	.	.	.	G						.	.											T										S			T	T	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.			S		S				T	T		S	S		S		B	T	T	B	S	S	B	T
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.							.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.					.	.	.	150	.	.			.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180									.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.			.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	A	C	S	P	E	T	A	L	D	E	F	R	D	A	I	K	A	L	H	K	A	G	I	E	V	I	L	D	I	V	L	N	H	S	A	.	.	E	L	D	L	D	G	P	L	F	S	L	R	G	I	D	N	R	S	Y	Y	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																						.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.																													.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	G	T	.	.	.	.	.	K	G	E	L	E	N	A	I	D	A	L	H	N	N	D	I	K	V	Y	F	D	A	V	L	N	H	R	M	G	A	D	Y	A	E	T	V	L	L	D	E	N	S	R	D	K	P	G	Q	Y	I	K	A	W	T	G	F	N	F	P	G	R	N	G	E	Y	S	N	F	T	W	N	G
Template Known Secondary structure		T	B		.	.	.	.	.														T	T										S				S		S							B		T	T		S	S	S	T	T									B			T	T	T	T	T	S	S					B		G
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.
Template SS confidence
		205	.	.						.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																										290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	R	E	D	G	D	Y	H	N	W	T	G	C	G	N	T	L	N	L	S	H	P	A	V	V	D	Y	A	S	A	C	L	R	Y	W	V	E	T	C	H	V	D	G	F	R	F	D	L	A	A	V	M	G	R	T	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	C	F	D	G	T	D	W	D	D	Y	S	K	E	S	G	K	Y	L	F	D	E	K	S	W	D	W	T	Y	N	W	D	E	D	Y	L	M	G	A	D	V	D	Y	E	N	E	A	V	Q	N	D	V	I	D	W	G	Q	W	I	I	N	N	I	D	F	D	G	F	R	L	D	A	V	K	H	I	D	Y	R	F
Template Known Secondary structure		G	G								T	T	T	T							B	T	T							S	S	T	T		S			S	S					T	T																		T	T								T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.				.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.
Query Sequence		E	F	R	Q	D	A	P	L	F	T	A	I	Q	N	C	P	V	L	S	Q	V	K	L	I	A	E	P	W	D	I	A	P	G	G	Y	Q	V	G	N	F	.	.	.	P	P	L	F	A	E	W	N	D	H	F	R	D	A	A	R	R	F	W	L	H	Y	D	L	P	L	G	A	F	A	G	R	F	A	A	S	S
Query Conservation																																										.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.																									.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	D	K	W	M	S	A	V	Q	N	S	.	.	.	.	.	S	N	R	D	V	F	F	V	G	E	A	W	V	E	D	V	D	D	L	K	G	F	L	D	T	V	G	N	P	D	L	R	V	F	D	F	P	L	R	S	F	F	V	D	M	L	N	G	A	Y	M	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	L	R	N
Template Known Secondary structure												T	.	.	.	.	.		S	S												S														T	T																T	T				G	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370						.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.									.	.	.	.	.
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	V	F	K	R	N	G	R	L	P	S	A	A	I	N	L	V	T	A	H	D	G	F	T	L	R	D	C	V	C	F	N	H	K	H	N	E	A	N	G	E	E	N	R	D	G	T	N	N	N	Y	S	N	N	H	G	K	E	G	L	G	G	S	L	D	L	V	E	R	R	R	D	S	I	H	A	L	L	T	T
Query Conservation
Alig confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	G	L	V	N	S	P	G	Y	E	N	R	A	V	T	F	V	D	N	H	D	T	D	R	D	E	G	S	Y	T	V	S	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	S	R	K	Y	Q	A	Y	A	Y
Template Known Secondary structure			S	G	G	G	S	T	T	T	G	G	G					S			T	T	T	S		S	S	S		S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		427	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		503	.	.	.	.		.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.
Predicted Secondary structure							.
Query SS confidence							.
Query Sequence		L	L	L	S	Q	.	G	T	P	M	L	L	A	G	D	E	H	G	H	S	Q	H	G	N	N	N	A	Y	C	Q	D	N	Q	L	T	W	L	D	W	S	Q	A	S	S	G	L	T	A	F	T	A	A	L	I	H	L	R	K	R	I	P	A	L	V	E	N	R	W	W	E	E	G	D	G	N	V	R	W	L	N
Query Conservation							.
Alig confidence							.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	L	T	R	A	E	G	V	P	T	V	Y	W	K	D	Y	Y	I	W	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	K	E	G	L	D	K	L	L	T	A	R	R	Y	Y	A	Y	G	P	G	Y	E	V	D	N	N	D	A	D	I	Y	S	Y	V	R
Template Known Secondary structure						S	S	S											T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															T			S						S				S	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.
		582	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.							.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.				.	.	.	.	.				.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.																						.	.	.						.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.																						.	.	.						.	.	.
Query Sequence		R	Y	A	Q	P	L	S	T	D	E	W	Q	N	G	P	K	Q	L	Q	I	L	L	S	D	R	F	L	I	A	I	N	A	T	L	E	V	T	E	I	V	.	.	.	.	.	.	L	P	A	G	E	W	H	A	I	P	P	F	A	G	E	D	N	P	V	I	T	.	.	.	A	V	W	Q	G	.	.	.	P	A
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.																						.	.	.						.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.																						.	.	.						.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	G	F	P	D	V	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	G	L	V	L	M	I	S	D	G	T	S	G	N	V	A	G	K	W	I	N	S	R	Q	P	D	T	E	F	Y	D	L	T	G	H	I	K	E	H	V	T	T	D	S	E	G	Y	G	N	F	K	V	I	K	S	E	D
Template Known Secondary structure					T	T	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T												S											S		T	T						T	T	S		S		S						T	T	S									S	T	T
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		525	.	.	.	.	530	.																.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		650	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	G	L	C	V	F
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	G	W	S	I	W
Template Known Secondary structure		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		590	.	.	.	.	.