Job Description P15067 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:34:29 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 564 % Identity 15% Template c3amkA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:os06g0726400 protein; PDBTitle: structure of the starch branching enzyme i (bei) from oryza sativa l Resolution 1.90 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.							.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	L	A	I	G	K	P	A	P	L	G	A	H	Y	D	G	Q	G	V	N	F	T	L	F	S	A	H	A	E	R	V	E	L	C	V	F	D	A	N	G	Q	E	H	R	Y	D	L	P	G	H	S	G	D	I	W	H	G	Y	L	P	.	.	.	.	.	.	D	A	R	P	G	L	R	Y	G	Y	R	V	H	G
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.																																																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.
Template Sequence		E	F	S	K	G	Y	L	K	.	F	G	I	N	T	V	D	G	A	T	I	Y	R	E	W	A	P	A	A	Q	E	A	Q	L	I	G	E	F	N	N	W	N	G	A	K	H	K	M	E	K	D	K	F	G	I	W	S	I	K	I	S	H	V	N	G	K	P	A	I	P	H	N	S	K	V	K	F	R	F	R	H
Template Known Secondary structure				T	T	G	G	G	T	.	S						T	T									T	T		S							G	G	G	T	T			T	T	S	B					T	T	S									B	T	T	B		S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure										.
Template SS confidence
		50	.	.	.	.	.	.	.		.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.
		77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	W	Q	P	A	E	G	H	R	F	N	P	A	K	L	L	I	D	P	C	A	R	Q	I	D	G	E	F	K	D	N	P	L	L	H	A	G	H	N	E	P	D	Y	R	D	N	A	A	I	A	P	K	C	V	V	V	V	D	H	Y	D	W	E	D	D	A	P	P	R	T	P	W	G	S	T	I	I	Y	E	A
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	W	V	D	R	I	P	A	W	I	R	Y	A	T	F	D	A	S	K	F	G	A	P	Y	D	G	V	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	D	P	P	A	C	E	R	Y	V	F	K	H	P	R	P	P	K	P	D	A	P	R	I	Y	E	A
Template Known Secondary structure		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.		S							T	T		S						S	S	S	S	S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					G	G	G	S					S							S	S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		129	130									.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.															160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.		.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.
Query SS confidence																														.
Query Sequence		H	V	K	G	L	T	Y	L	H	P	E	I	P	V	E	I	R	G	T	Y	K	A	L	G	H	P	V	M	.	I	N	Y	L	K	Q	L	G	I	T	A	L	E	L	L	P	V	A	Q	F	A	S	E	P	R	L	Q	R	M	G	L	S	N	Y	W	G	Y	N	P	V	A	M	F	A	L	H	P	A	Y	A	C
Query Conservation																														.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.							.	.				.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.							.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	V	G	M	S	G	E	E	P	E	V	.	.	.	.	.	.	S	T	Y	R	E	F	.	.	A	D	N	V	L	P	R	I	R	A	N	N	Y	N	T	V	Q	L	M	A	I	M	E	H	S	Y	Y	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	G	Y	H	V	T	N	F	F	A	V	S	S	R	S	G	T
Template Known Secondary structure			S	T	T		S	S	S	S	S		.	.	.	.	.	.							.	.				T							T	T								S					S		G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T		S		S							G	G	G
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.							.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		187	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.							.	.	200	.	.	.			.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.										.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	P	E	T	A	L	D	E	F	R	D	A	I	K	A	L	H	K	A	G	I	E	V	I	L	D	I	V	L	N	H	S	A	E	L	D	L	D	G	P	L	F	S	L	R	G	I	D	N	R	S	Y	Y	W	I	R	E	D	G	D	Y	H	N	W	T	G	C	G	N	T	L	N	L	S	H	P	A	V	V	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.																																						.
Template Conservation		.	.	.	.	.																																						.
Template Sequence		.	.	.	.	.	P	E	D	L	K	Y	L	V	D	K	A	H	S	L	G	L	R	V	L	M	D	V	V	H	S	H	A	S	N	N	V	T	D	G	L	N	G	.	Y	D	V	G	Q	N	T	H	E	S	Y	F	H	T	G	D	R	G	Y	H	K	L	W	D	S	R	L	F	N	Y	A	N	W	E	V	L	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.														T	T										S						T	T	T	S	G	G	G	.	G		S	S			G	G	G	S	S	B			G	G	G	G			T	T	T	T				B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																						.
Template SS confidence
							250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.		.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	A	S	A	C	L	R	Y	W	V	E	T	C	H	V	D	G	F	R	F	D	L	A	A	V	M	G	R	T	P	E	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	Q	D	A	P	L	F	T	A	I	Q	N	C	P	V	L	S	Q	V	K	L	I	A	E	P	W
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Template Conservation																																																																				.	.
Template Sequence		F	L	L	S	N	L	R	Y	W	M	D	E	F	M	F	D	G	F	R	F	D	G	V	T	S	M	L	Y	H	H	H	G	I	N	K	G	F	T	G	N	Y	K	E	Y	F	S	L	D	T	D	V	D	A	I	V	Y	M	M	L	A	N	H	L	M	H	K	.	.	L	L	P	E	A	T	I	V	A	E	D	V
Template Known Secondary structure																	S					T	T						B	T	T	T	T	T	T					S						S	S	T	T	B																		.	.			T	T								S
Template Predicted Secondary structure																																																																				.	.
Template SS confidence
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.			390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
		374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.			.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure																	.	.
Query SS confidence																	.	.
Query Sequence		D	I	A	P	G	G	Y	Q	V	G	N	F	P	P	L	.	.	F	A	E	W	N	D	H	F	R	D	A	A	R	R	F	W	L	H	Y	D	L	P	L	G	A	F	A	G	R	F	A	A	S	S	D	V	F	K	R	N	G	R	L	P	S	A	A	I	N	L	V	T	A	H	D	G	F	T	L	R	D	C	V
Query Conservation																	.	.
Alig confidence																	.	.																																			.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.	.	.	.	.
Template Sequence		S	G	M	P	V	L	C	R	P	V	D	E	G	G	V	G	F	D	F	R	L	A	M	A	I	P	D	R	W	I	D	Y	L	K	N	K	E	D	R	K	W	S	M	S	E	I	V	Q	T	L	T	.	.	.	.	.	N	R	R	Y	T	E	K	C	I	A	Y	A	E	S	H	D	D	K	T	I	A	F	L	L
Template Known Secondary structure		S			T	T	T	T	S		G	G	G	T	S				S					T	T														G	G	G												.	.	.	.	.		S		T	T	S				B		S
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.
Template SS confidence
		402	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.						.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.
		452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510		.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530
Predicted Secondary structure																																																													.
Query SS confidence																																																													.
Query Sequence		C	F	N	H	K	H	N	E	A	N	G	E	E	N	R	D	G	T	N	N	N	Y	S	N	N	H	G	K	E	G	L	G	G	S	L	D	L	V	E	R	R	R	D	S	I	H	A	L	L	T	T	L	L	L	S	Q	G	T	P	.	M	L	L	A	G	D	E	H	G	H	S	Q	H	G	N	N	N	A	Y	C
Query Conservation																																																													.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	D	K	E	M	Y	T	G	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	L	Q	P	A	S	P	T	I	N	R	G	I	A	L	Q	K	M	I	H	F	I	T	M	A	L	G	G	D	G	Y	L	N	F	M	G	N	E	F	G	H	P	E	W	I	D	F	P	R	E	G
Template Known Secondary structure			G	G	G					T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B	T	T	S																										S	S					T	T	G	G	G	T			S							G	G
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		482	.	.	.	.	.	.	.	490																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.
		531	.	.			.	.	.	.	.	.	540	.							.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.
Predicted Secondary structure					.	.									.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.									.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	D	N	.	.	Q	L	T	W	L	D	W	S	.	.	.	.	.	.	Q	A	S	S	G	L	T	A	F	T	A	A	L	I	H	L	R	K	R	I	P	A	L	V	E	N	R	W	W	E	E	G	D	G	N	V	R	W	L	N	R	Y	A	Q	P	L	S	T	D	E	W	Q	N	G	P	K	Q	L	Q	I	L
Query Conservation					.	.									.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.									.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	N	W	S	Y	D	K	C	R	R	Q	W	S	L	V	D	T	D	H	L	R	Y	K	Y	M	N	A	F	D	Q	A	M	N	A	L	E	E	E	F	S	F	L	S	S	S	K	Q	I	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	M	N	E	K	D	K	V	I	V	F	E
Template Known Secondary structure		G	T	S			T	T	S	S									T	T	B	S																				G	G	G							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		543	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.
		603	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.					.	620	.	.	.		.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.						.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.						.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	S	D	R	F	L	I	A	I	N	A	T	L	E	V	T	.	.	.	.	E	I	V	L	P	.	A	G	E	W	H	A	I	P	P	F	A	G	E	D	N	P	V	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	V	W	Q	G	P	A	H	G	L	C	V	F	Q	R
Query Conservation																		.	.	.	.						.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.															.	.	.	.						.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.
Template Sequence		R	.	G	D	L	V	F	V	F	N	F	H	P	N	K	T	Y	K	G	Y	K	V	G	C	D	L	P	G	K	Y	R	V	A	L	D	S	D	A	L	V	F	G	G	H	G	R	V	G	H	D	V	D	H	F	T	S	P	E	G	M	N	R	P	N	S	F	K	V	L	S	P	P	R	T	C	V	A	Y	Y	R
Template Known Secondary structure			.	T	T									S	S											S	S		S								T	T	S	G	G	G	T					S		S	S													S									T	T
Template Predicted Secondary structure			.
Template SS confidence
		605		.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.