Job Description P15067 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:34:29 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 586 % Identity 25% Template c2ya1A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:putative alkaline amylopullulanase; PDBTitle: product complex of a multi-modular glycogen-degrading2 pneumococcal virulence factor spua Resolution 2.25 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20			.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.				.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.								.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.																									.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.																									.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	L	G	A	H	Y	D	G	Q	G	.	.	V	N	F	T	L	F	S	A	H	A	E	R	V	E	L	C	V	F	D	A	N	G	Q	E	.	.	.	H	R	Y	D	L	P	G	H	S	G	D	I	W	H	G	Y	L	P	D	A	R	P	.	.	.	.	.	.	.	G	L	R	Y	G	Y	R	V	H	G	P	W
Query Conservation												.	.																									.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.																									.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Template Conservation																																																																															.	.	.
Template Sequence		K	L	G	A	D	L	K	E	E	G	K	Q	V	D	L	T	L	W	S	P	S	A	D	K	V	S	V	V	V	Y	D	K	N	D	P	D	K	V	V	G	T	V	A	L	E	K	G	E	R	G	T	W	K	Q	T	L	D	S	T	N	K	L	G	I	T	D	F	T	G	Y	Y	Y	Q	Y	Q	I	E	.	.	.
Template Known Secondary structure									G	G	G	T									T	T		S									S	S		T	T	S											G	G	G								T	T		S	S			S			T	T									.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Template SS confidence
		450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.					.	.	150	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.
Query SS confidence																																																																							.	.	.	.
Query Sequence		Q	P	A	E	G	H	R	F	N	P	A	K	L	L	I	D	P	C	A	R	Q	I	D	G	E	F	K	D	N	P	L	L	H	A	G	H	N	E	P	D	Y	R	D	N	A	A	I	A	P	K	C	V	V	V	V	D	H	Y	D	W	E	D	D	A	P	P	R	T	P	.	.	.	.	W	G	S	T	I	I	Y
Query Conservation																																																																							.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	R	Q	G	K	T	V	L	A	L	D	P	Y	A	K	S	L	A	A	W	N	S	D	D	S	K	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	A	H	K	V	A	K	A	A	F	V	D	P	A	K	L	G	P	Q	D	L	T	Y	G	K	I	H	N	F	K	T	R	E	D	A	V	I	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.		T	T								T	T		S	S	B				B	G	G	G	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.		G	G	G	S	S								G	G	G	S	S		T	T							T	T		S	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								527	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.										.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.			170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.										.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	A	H	V	K	G	L	T	Y	L	H	P	E	I	P	.	.	V	E	I	R	G	T	Y	K	A	L	G	H	P	V	M	I	N	Y	L	K	Q	L	G	I	T	A	L	E	L	L	P	V	A	Q	F	A	S	E	P	R	L	Q	R	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	S	N	Y	W	G	Y	N	P
Query Conservation																	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.											.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.
Template Sequence		E	A	H	V	R	D	F	T	S	D	P	A	I	A	K	D	L	T	K	P	F	G	T	F	E	A	F	.	.	I	E	K	L	D	Y	L	K	D	L	G	V	T	H	I	Q	L	L	P	V	L	S	Y	Y	F	V	N	E	L	K	N	H	E	R	L	S	D	Y	A	S	S	N	S	N	Y	N	W	G	Y	D	P
Template Known Secondary structure												G	G	G	T	T	T		S	S		T	T	S					.	.		T	T								T		S					S			B		B	S	S		B	G	G	G	T	T	S				S			S	S	S		S				S		S	B
Template Predicted Secondary structure																													.	.
Template SS confidence
		592	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.			.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.				240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
Predicted Secondary structure																		.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.
Query Sequence		V	A	M	F	A	L	H	P	A	Y	A	C	S	P	E	T	.	.	.	A	L	D	E	F	R	D	A	I	K	A	L	H	K	A	G	I	E	V	I	L	D	I	V	L	N	H	S	A	E	L	D	L	D	G	P	L	F	S	L	R	G	I	D	N	R	S	Y	Y	W	I	R	E	D	G	D	Y	H	N	W	T
Query Conservation																		.	.	.
Alig confidence																		.	.	.																																		.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																						.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	N	Y	F	S	L	T	G	M	Y	S	S	D	P	K	N	P	E	K	R	I	A	E	F	K	N	L	I	N	E	I	H	K	R	G	M	G	A	I	L	D	V	V	Y	N	H	T	A	K	V	D	L	.	.	.	.	.	.	F	E	D	L	E	P	N	Y	Y	H	F	M	D	A	D	G	T	P	R	T	S	F
Template Known Secondary structure		S		S	S	S	B		S	T	T		S		T	T		T	T															T	T	T									T	T			S					.	.	.	.	.	.			T	T	S	T	T	T	S	B		B		T	T			B				T
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.							.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																													.	.	.	.	.
Query Sequence		G	C	G	N	T	L	N	L	S	H	P	A	V	V	D	Y	A	S	A	C	L	R	Y	W	V	E	T	C	H	V	D	G	F	R	F	D	L	A	A	V	M	G	R	T	P	E	F	R	Q	D	A	P	L	F	T	A	I	Q	N	C	P	V	L	S	Q	V	K	L	I	A	E	P	W	D	I	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Alig confidence				.																																																					.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.
Template Conservation				.																																																					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	G	.	G	R	L	G	T	T	H	H	M	T	K	R	L	L	I	D	S	I	K	Y	L	V	D	T	Y	K	V	D	G	F	R	F	D	M	M	G	D	H	D	A	A	S	I	E	E	A	Y	K	A	A	R	A	.	.	.	.	.	.	L	N	P	N	L	I	M	L	G	E	G	W	R	T	Y	A	G	D	E
Template Known Secondary structure		T		.			B		T	T	S																										T	T	G	G	G	S	B														.	.	.	.	.	.			T	T									S					S	T
Template Predicted Secondary structure				.																																																					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		744	.		.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.							.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.
						376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.										.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	A	P	G	G	Y	Q	V	G	N	F	P	P	L	F	A	E	W	N	D	H	F	R	D	A	A	R	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	W	L	H	Y	D	L	P	L	G	A	F	A	G	R	F	A	A	S	S	D	V	F	K	R	N	G	R	L	P	S	A	A	I	N	L	V	T	A	H
Query Conservation		.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template Conservation																																																																					.	.
Template Sequence		N	M	P	T	K	A	A	D	Q	D	W	M	K	H	T	D	T	V	A	V	F	S	D	D	I	R	N	N	L	K	S	G	Y	P	N	E	G	Q	P	A	F	I	T	G	G	K	R	D	V	N	T	I	F	K	N	L	I	A	Q	P	T	N	F	E	A	D	S	.	.	P	G	D	V	I	Q	Y	I	A	A	H
Template Known Secondary structure		T					B	S	S	G	G	G	G	G	G		S	S	S												S			T	T	S	T	T				T	T	T	T													T	T			S	S	S			S	S	.	.	G	G	G					S			S
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.
Template SS confidence
		817	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.			.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	G	F	T	L	R	D	C	V	C	F	N	H	K	H	N	E	A	N	G	E	E	N	R	D	G	T	N	N	N	Y	S	N	N	H	G	K	E	G	L	G	G	S	L	D	L	V	E	R	R	R	D	S	I	H	A	L	L	T	T	L	L	L	S	Q	G	T	P	M	L	L	A	G	D	E	H	G	H	S	Q
Query Conservation
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	N	L	T	L	F	D	I	I	A	Q	S	I	K	K	D	P	S	K	A	E	N	Y	A	E	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	R	R	L	R	L	G	N	L	M	V	L	T	A	Q	G	T	P	F	I	H	S	G	Q	E	Y	G	R	T	K
Template Known Secondary structure		S	S	S											T			T	T	S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T	S	S	S						T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		895	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950
		523	.	.	.																																			.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.									.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	G	N	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	A	Y	C	Q	D	N	Q	L	T	W	L	D	W	S	Q	A	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	G	L	T	A	F	T	A	A	L	I	H	L	R	K	R
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	F	R	N	P	A	Y	R	T	P	V	A	E	D	K	V	P	N	K	S	H	L	L	R	D	K	D	G	N	P	F	D	Y	P	Y	F	I	H	D	S	Y	D	S	S	D	A	V	N	K	F	D	W	T	K	A	T	D	G	K	A	Y	P	E	N	V	K	S	R	D	Y	M	K	G	L	I	A	L	R	Q	S
Template Known Secondary structure		B				G	G	G	S	S				T	T	T			T	T							T	T	S										S			T	T																T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		951	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030
		561	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.						.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																		.	.	.	.	.
Query Sequence		I	P	A	L	V	E	N	R	W	W	E	E	G	D	G	N	V	R	W	L	N	R	Y	A	Q	P	L	S	T	D	E	W	Q	N	G	P	K	Q	L	Q	I	L	L	S	D	R	F	L	I	A	I	N	A	T	L	E	V	T	E	I	V	L	P	A	.	.	.	.	.	G	E	W	H	A	I	P	P	F	A	G
Query Conservation																																																																		.	.	.	.	.
Alig confidence										.																																																								.	.	.	.	.
Template Conservation										.
Template Sequence		T	D	A	F	R	L	K	S	.	L	Q	D	I	K	D	R	V	H	L	I	T	V	P	G	Q	N	G	V	E	K	E	D	V	V	I	G	Y	Q	I	T	A	P	N	G	D	I	Y	A	V	F	V	N	A	D	E	K	A	R	E	F	N	L	G	T	A	F	A	H	L	R	N	A	E	V	L	A	D	E	N	Q
Template Known Secondary structure			G	G	G	S		S		.											S	S		T	T	S	T	T			S			S									T	T	S										S	S	S							T	T	T	T	G	G	G	G	G							S	S
Template Predicted Secondary structure										.
Template SS confidence
		1031	.	.	.	.	.	.	.		.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		636	.	.	.	640	.										.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	D	N	P	V	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	V	W	Q	G	P	A	H	G	L	C	V	F	Q
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	P	V	G	I	A	N	P	K	G	L	E	W	T	E	K	G	L	K	L	N	A	L	T	A	T	V	L	R
Template Known Secondary structure		B		S	S			S	S		S	S					S	S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.