Job Description P15067 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:34:29 GMT 2012 Rank 81 Aligned Residues 374 % Identity 18% Template c2dh3A_ PDB info PDB header:transport protein, signaling protein Chain: A: PDB Molecule:4f2 cell-surface antigen heavy chain; PDBTitle: crystal structure of human ed-4f2hc Resolution 2.80 Å

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		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	G	S	T	I	I	Y	E	A	H	V	K	G	L	T	Y	L	H	P	E	I	P	V	E	I	R	G	T	Y	K	A	L	G	H	P	V	M	I	N	Y	L	K	Q	L	G	I	T	A	L	E	L	L	P	V	A	Q	F	A	S	E	P	R	L	Q	R	M	G	L	S	N	Y	W	G	Y	N	P	V	A	M	F
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.							.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.							.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	H	T	G	A	L	Y	R	I	G	D	L	Q	A	F	Q	G	H	G	A	.	.	.	.	.	.	G	N	L	A	G	L	.	.	K	G	R	L	D	Y	L	S	S	L	K	V	K	G	L	V	L	G	P	I	H	K	N	Q	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	V	A	Q	T	D	L	L
Template Known Secondary structure		G	G	S	S														S	S		.	.	.	.	.	.		S					.	.	G	G	G						T	T	T														T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T		S	T	T
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.							.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		118	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.							.	.	140	.	.	.			.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.													.	170	.	.	.	.	.	.	.
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	H	P	A	Y	A	C	S	P	E	T	A	L	D	E	F	R	D	A	I	K	A	L	H	K	A	G	I	E	V	I	L	D	I	V	L	N	H	S	A	E	L	D	L	D	G	P	L	F	S	L	R	G	I	D	N	R	S	Y	Y	W	I	R	E	D	G	D	Y	H	N	W	T	G	C	G	N	T	L	N
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	I	D	P	N	F	G	S	.	.	.	.	.	K	E	D	F	D	S	L	L	Q	S	A	K	K	K	S	I	R	V	I	L	D	L	T	P	N	Y	R	G	E	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	W	F	S
Template Known Secondary structure					T	T	T			.	.	.	.	.														T	T									T	T	T	T	S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		178	.	180	.	.	.	.	.						.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.			.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.
Query SS confidence																																				.	.
Query Sequence		L	S	H	P	A	V	V	D	Y	A	S	A	C	L	R	Y	W	V	E	T	C	H	V	D	G	F	R	F	D	L	A	A	V	M	.	.	G	R	T	P	E	F	R	Q	D	A	P	L	F	T	A	I	Q	N	C	P	V	L	S	Q	V	K	L	I	A	E	P	W	D	I	A	P	G	G	Y	Q	V	G	N	F
Query Conservation																																				.	.
Alig confidence																				.																.	.															.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.																																.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	Q	V	D	T	V	A	T	K	V	K	D	A	L	E	F	W	L	.	Q	A	G	V	D	G	F	Q	V	R	D	I	E	N	L	K	D	A	S	S	F	L	A	E	W	Q	N	I	T	K	G	.	.	.	.	.	.	F	S	E	D	R	L	L	I	A	G	T	N	S	S	D	L	Q	Q	I	L	S	L	L	E
Template Known Secondary structure		S			T															.		T	T									G	G	G	S	T	T															.	.	.	.	.	.			S	S								S												T
Template Predicted Secondary structure																				.																																.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.		.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.							.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
		386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	P	L	F	A	E	W	N	D	H	F	R	D	A	A	R	R	F	W	L	H	Y	D	L	P	L	G	A	F	A	G	R	F	A	A	S	S	D	V	F	K	R	N	G	R	L	P	S	A	A	I	N	L	V	T	A	H	D	G	F	T	L	R	D	C	V	C	F	N	H	K	H	N	E	A	N	G	E	E	N
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	N	K	D	L	L	L	T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	L	S	D	S	G	S	T	G	E	H	T	K	S	L	V	T	Q	Y	L	N	A	T	G	N	R	.	.	.	.	.	.	.	W	C	S	W	S	L	S	Q	A	R	L	L	T	S	F	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S		T	T						S	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T				S	S		T	T													T	T	S		.	.	.	.	.	.	.						S		S	S	S		G	G	G	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.									.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.								.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
		466	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.
Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Query SS confidence																																																																														.	.	.	.
Query Sequence		R	D	G	T	N	N	N	Y	S	N	N	H	G	K	E	G	L	G	G	S	L	D	L	V	E	R	R	R	D	S	I	H	A	L	L	T	T	L	L	L	S	Q	G	T	P	M	L	L	A	G	D	E	H	G	H	S	Q	H	G	N	N	N	A	Y	C	Q	D	N	Q	L	T	W	L	D	W	S	.	.	.	.
Query Conservation																																																																														.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	Q	L	L	R	L	Y	Q	L	M	L	F	T	L	P	G	T	P	V	F	S	Y	G	D	E	I	G	L	D	A	A	A	L	P	G	Q	P	M	E	A	P	V	M	L	W	D	E	S	S	F	P	D	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G											S	S	S						T	T	T	T	T	T			S	T	T	S	S	S			S	S	S					S	S	G	G	G			S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																													346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
																542	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	A	S	S	G	L	T	A	F	T	A	A	L	I	H	L	R	K	R	I	P	A	L	V	E	N	R	W	W	E	E	G	D	G	N	V	R	W	L	N	R	Y	A	Q	P	L	S	T	D	E	W	Q	N	G	P	K	Q	L	Q	I	L	L	S	D	R	F
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	G	A	V	S	A	N	M	T	V	K	G	Q	S	E	D	P	G	S	L	L	S	L	F	R	R	L	S	D	Q	R	S	K	E	R	S	L	L	H	G	.	.	.	.	.	.	.	.	D	F	H	A	F	S	A	G	P	G	L	F	S	Y	I	R	H	W	D	Q	N	.	.	.	.	.	.	.	.	E	R	F
Template Known Secondary structure		G	G	G			G	G	G	S								T	T	S																S	T	T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.									T	T									T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.									.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.									460	.	.
		608	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.											.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.				.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Query Sequence		L	I	A	I	N	A	T	L	E	V	T	E	I	V	L	P	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	W	H	A	I	P	P	F	A	G	E	D	N	P	V	I	T	A	.	.	.	V	W	Q	G	P	A	H	G	L	C	V	F	Q
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	V	V	L	N	F	G	D	V	G	L	S	A	G	L	Q	A	S	D	L	P	A	S	A	S	L	P	A	K	A	D	L	L	L	S	T	Q	P	G	R	E	E	G	S	P	L	E	L	E	R	L	K	L	E	P	H	E	G	L	L	L	R
Template Known Secondary structure								S	S	S								S		S			G	G	G				S								S	S	T	T	S		T	T	S				S	S	S					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		463	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.