Job Description P15067 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:34:29 GMT 2012 Rank 72 Aligned Residues 402 % Identity 16% Template c1ud8A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:amylase; PDBTitle: crystal structure of amyk38 with lithium ion Resolution 2.88 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																													.	.	.	.	.
Query Sequence		I	Y	E	A	H	V	K	G	L	T	Y	L	H	P	E	I	P	V	E	I	R	G	T	Y	K	A	L	G	H	P	V	M	I	N	Y	L	K	Q	L	G	I	T	A	L	E	L	L	P	V	A	Q	F	A	S	E	P	R	L	Q	R	M	G	L	S	N	Y	W	G	Y	N	P	V	A	M	F	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.							.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.							.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	N	G	T	M	M	Q	Y	Y	E	W	H	L	E	N	D	G	.	.	.	.	Q	H	W	N	R	L	.	.	H	D	D	A	A	A	L	S	D	A	G	I	T	A	I	W	I	P	P	A	Y	K	G	N	S	Q	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	G	Y	G	A	Y	D	L	Y	D	L	G	E	F
Template Known Secondary structure												T	T			S	S	S	.	.	.	.							.	.											T										S			S	S	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S	S				T	T		S	S		S
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.							.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.					20	.	.	.	.	.			.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.										.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.
						228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	A	L	H	P	A	Y	A	C	S	P	E	T	A	L	D	E	F	R	D	A	I	K	A	L	H	K	A	G	I	E	V	I	L	D	I	V	L	N	H	S	A	E	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.									.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.
Template Sequence		N	Q	K	G	T	V	R	T	K	Y	G	T	.	.	.	.	.	K	A	Q	L	E	R	A	I	G	S	L	K	S	N	D	I	N	V	Y	G	D	V	V	M	N	H	K	M	G	A	D	F	T	E	A	V	Q	A	V	Q	V	N	P	T	N	R	W	Q	D	I	S	G	A	Y	T	I	D	A	W	T	G	F	D
Template Known Secondary structure			B	T	T	B	S	S		S	S			.	.	.	.	.														T	T										S						S												T	T							S											B
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.
Template SS confidence
		68	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.						80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
																									271	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	D	G	P	L	F	S	L	R	G	I	D	N	R	S	Y	Y	W	I	R	E	D	G	D	Y	H	N	W	T	G	C	G	N	T	L	N	L	S	H	P	A	V	V	D	Y	A	S	A	C	L	R	Y	W	V	E	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	S	G	R	N	N	A	Y	S	D	F	K	W	R	W	F	H	F	N	G	V	D	W	D	Q	R	Y	Q	E	N	H	I	F	R	F	A	N	T	N	W	N	W	R	V	D	E	E	N	G	N	Y	D	Y	L	L	G	S	N	I	D	F	S	H	P	E	V	Q	D	E	L	K	D	W	G	S	W	F	T	D	E
Template Known Secondary structure			G	G	G	T	T	S	S					B		G	G	G								T	T	T	T								T	T					S	S				T	T	S						S	S					T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
		328	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.			.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.
Query SS confidence																																																												.	.
Query Sequence		C	H	V	D	G	F	R	F	D	L	A	A	V	M	G	R	T	P	E	F	R	Q	D	A	P	L	F	T	A	I	Q	N	C	P	V	L	S	Q	V	K	L	I	A	E	P	W	D	I	A	P	G	G	Y	Q	V	G	N	F	.	.	P	P	L	F	A	E	W	N	D	H	F	R	D	A	A	R	R	F	W	L
Query Conservation																																																												.	.
Alig confidence																															.	.	.	.	.																									.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.
Template Sequence		L	D	L	D	G	Y	R	L	D	A	I	K	H	I	P	F	W	Y	T	S	D	W	V	R	H	Q	R	N	E	.	.	.	.	.	A	D	Q	D	L	F	V	V	G	E	Y	W	K	D	D	V	G	A	L	E	F	Y	L	D	E	M	N	W	E	M	S	L	F	D	V	P	L	N	Y	N	F	Y	R	A	S	Q
Template Known Secondary structure			T		S					T	T	T	T	S	S																.	.	.	.	.		S	S											S													T	S		S
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.
Template SS confidence
		223	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.						.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
		406	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	Y	D	L	P	L	G	A	F	A	G	R	F	A	A	S	S	D	V	F	K	R	N	G	R	L	P	S	A	A	I	N	L	V	T	A	H	D	G	F	T	L	R	D	C	V	C	F	N	H	K	H	N	E	A	N	G	E	E	N	R	D	G	T	N	N	N	Y	S	N	N	H	G	K	E	G	L	G	G	S
Query Conservation
Alig confidence								.	.													.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.													.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	G	G	S	Y	D	.	.	M	R	N	I	L	R	G	S	L	V	E	A	.	.	.	.	.	H	P	M	H	A	V	T	F	V	D	N	H	D	T	Q	P	G	E	S	L	E	S	W	V	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S	S	S		.	.	G	G	G	S	S	T	T						.	.	.	.	.		T	T	S				B	S			T	T	T	S	T	T	S	T	T						T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure								.	.													.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.			.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.						.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
		486	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	D	L	V	E	R	R	R	D	S	I	H	A	L	L	T	T	L	L	L	S	Q	G	T	P	M	L	L	A	G	D	E	H	G	H	S	Q	H	G	N	N	N	A	Y	C	Q	D	N	Q	L	T	W	L	D	W	S	Q	A	S	S	G	L	T	A	F	T	A	A	L	I	H	L	R	K	R	I	P	A	L	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	W	F	K	P	L	A	Y	A	T	I	L	T	R	E	G	G	Y	P	N	V	F	Y	G	D	Y	Y	G	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	D	N	I	S	A	K	K	D	M	I	D	E	L	L	D	A	R	Q	N	Y	A	Y	G	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	T	T											S	S	S	S										T		B	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	T	B																	T			S	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Template SS confidence
									342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
		566	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.		.	.	.	620	.	.	.					.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640
Predicted Secondary structure																																																					.								.	.	.	.
Query SS confidence																																																					.								.	.	.	.
Query Sequence		E	N	R	W	W	E	E	G	D	G	N	V	R	W	L	N	R	Y	A	Q	P	L	S	T	D	E	W	Q	N	G	P	K	Q	L	Q	I	L	L	S	D	R	F	L	I	A	I	N	A	T	L	E	.	V	T	E	I	V	L	P	.	.	.	.	A	G	E	W	H	A	I	P	P	F	A	G	E	D	N	P	V
Query Conservation																																																					.								.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.														.								.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	Q	H	D	Y	F	D	H	W	D	V	V	G	W	T	R	E	G	S	S	S	R	P	.	.	.	.	.	N	S	G	L	A	T	I	M	S	N	G	P	G	G	S	K	W	M	Y	V	G	R	Q	N	A	G	Q	T	W	T	D	L	T	G	N	N	G	A	S	V	T	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T	S	S	S										T	T	S	T	.	.	.	.	.	T									S	S	S										G	G	G	T	T						T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.
Template SS confidence
												395	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.						.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		641	.				.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.
Query SS confidence				.	.	.
Query Sequence		I	T	.	.	.	A	V	W	Q	G	P	A	H	G	L	C	V	F	Q	R
Query Conservation				.	.	.
Alig confidence				.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	G	D	G	W	G	E	F	F	T	N	G	G	S	V	S	V	Y	V	N
Template Known Secondary structure			T	T	S								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.