Job Description P15067 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:34:29 GMT 2012 Rank 86 Aligned Residues 381 % Identity 17% Template c1mwoA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha amylase; PDBTitle: crystal structure analysis of the hyperthermostable2 pyrocoocus woesei alpha-amylase Resolution 2.20 Å

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		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.		.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.
Query SS confidence																																	.
Query Sequence		R	T	P	W	G	S	T	I	I	Y	E	A	H	V	K	G	L	T	Y	L	H	P	E	I	P	V	E	I	R	G	T	.	Y	K	A	L	G	H	P	V	M	I	N	Y	L	K	Q	L	G	I	T	A	L	E	L	L	P	V	A	Q	F	A	S	E	P	R	L	Q	R	M	G	L	S	N	Y	W	G	Y	N	P
Query Conservation																																	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.			.					.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	E	L	E	E	G	G	V	I	M	Q	A	F	Y	W	D	V	P	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	W	W	D	H	I	.	.	R	S	K	I	P	E	W	Y	E	A	G	I	S	A	I	W	L	P	P	P	S	K	G	M	S	G	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	S	M	G	Y	D	P
Template Known Secondary structure		S		G	G	G	T									T	T				S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S							.	.											T										S			T	T	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.										.	.	.	.	.	.	30			.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.									.	60	.	.	.	.
		224	.	.	.										.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.															.	.	280
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	A	M	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	H	P	A	Y	A	C	S	P	E	T	A	L	D	E	F	R	D	A	I	K	A	L	H	K	A	G	I	E	V	I	L	D	I	V	L	N	H	S	A	E	L	D	L	D	G	P	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	R
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	D	Y	F	D	L	G	E	Y	Y	Q	K	G	T	V	E	T	R	F	G	S	.	.	.	.	.	K	E	E	L	V	R	L	I	Q	T	A	H	A	Y	G	I	K	V	I	A	D	V	V	I	N	H	R	A	G	G	D	L	E	W	N	P	F	V	G	D	Y	T	W	T	D	F	S	K	V	A	S	G	K	Y
Template Known Secondary structure				T	T		S	S		S		B	T	T	B	S	S		S	S			.	.	.	.	.														T	T										S	B										T	T	T	T								T	T		T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.
Template SS confidence
		65	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.						.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		281	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.				.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.
Query Sequence		G	I	D	N	R	S	Y	Y	W	I	R	E	D	G	D	Y	H	N	W	T	G	C	G	N	T	L	N	L	S	H	P	A	V	V	D	Y	A	.	.	.	S	A	C	L	R	Y	W	V	E	T	C	H	V	D	G	F	R	F	D	L	A	A	V	M	G	R	T	P	E	F	R	Q	D	A	P	L	F	T	A	I
Query Conservation																																							.	.	.
Alig confidence																																							.	.	.																																					.	.	.	.
Template Conservation																																																																														.	.	.	.
Template Sequence		T	A	N	Y	L	D	F	H	P	N	E	L	H	C	C	D	E	G	T	F	G	G	F	P	D	I	C	H	H	K	E	W	D	Q	Y	W	L	W	K	S	N	E	S	Y	A	A	Y	L	R	S	I	G	F	D	G	W	R	F	D	Y	V	K	G	Y	G	A	W	V	V	R	D	W	L	N	W	W	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					G	G	G	B	S	S	S	S	S		S			S				T	T			B	B		T	T	S								T	S	S	T	T	S								T	T							T	T	G	G	G	S													.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.
		358	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	N	C	P	V	L	S	Q	V	K	L	I	A	E	P	W	D	I	A	P	G	G	Y	Q	V	G	N	F	P	P	L	F	A	E	W	N	D	H	F	R	D	A	A	R	R	F	W	L	H	Y	D	L	P	L	G	A	F	A	G	R	F	A	A	S	S	D	V	F	K	R	N	G	R	L	P	S	A	A	I	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	G	G	W	A	V	G	E	Y	W	D	T	N	V	D	A	L	L	S	W	A	Y	E	S	G	A	K	V	F	D	F	P	L	Y	Y	K	M	D	E	A	F	D	N	N	N	I	.	.	.	.	.	P	A	L	V	Y	A	L	Q	N	G	Q	T	V	V	S	R	D	P	F	K	A	V	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.											S													T																	T	T	T			.	.	.	.	.									T	T		S						T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.
Template SS confidence
									216	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260						.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	V	T	A	H	D	G	F	T	L	R	D	C	V	C	F	N	H	K	H	N	E	A	N	G	E	E	N	R	D	G	T	N	N	N	Y	S	N	N	H	G	K	E	G	L	G	G	S	L	D	L	V	E	R	R	R	D	S	I	H	A	L	L	T	T	L	L	L	S	Q	G	T	P	M	L	L	A	G	D	E
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	V	A	N	H	D	T	D	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	W	N	K	Y	P	A	Y	A	F	I	L	T	Y	E	G	Q	P	V	I	F	Y	R	D	F
Template Known Secondary structure			S			S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S												S	S	S
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		284	.	.	.	.	.	290	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
		518	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	G	H	S	Q	H	G	N	N	N	A	Y	C	Q	D	N	Q	L	T	W	L	D	W	S	Q	A	S	S	G	L	T	A	F	T	A	A	L	I	H	L	R	K	R	I	P	A	L	V	E	N	R	W	W	E	E	G	D	G	N	V	R	W	L	N	R	Y	A	Q	P	L	S	T	D	E	W	Q	N	G	P	K
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	E	W	L	N	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	K	L	I	N	L	I	W	I	H	D	H	L	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	S	T	T	I	V	Y	Y	D	N	D	E	L	I
Template Known Secondary structure			T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S									S	S
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		318	.	320	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
		598	.	600	.	.	.	.	.	.			.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.			.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.									.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.								.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.																						.	.												.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.																						.	.												.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	L	Q	I	L	L	S	D	R	.	.	F	L	I	A	I	N	A	T	L	E	V	T	E	I	V	L	P	A	G	E	W	.	.	H	A	I	P	P	F	A	G	E	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	I	T	A	V	W	Q	G	P	A	H	G	.	.	.	.	.	.	.	L	C	V	F	Q
Query Conservation											.	.																						.	.												.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.																						.	.												.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	V	R	N	G	D	S	R	R	P	G	L	I	T	Y	I	N	L	S	P	N	W	V	G	R	W	V	Y	V	P	K	F	A	G	A	C	I	H	E	Y	T	G	N	L	G	G	W	V	D	K	R	V	D	S	S	G	W	V	Y	L	E	A	P	P	H	D	P	A	N	G	Y	Y	G	Y	S	V	W	S
Template Known Secondary structure								S	S											S	S	S									G	G	G	T	T						S	S		T	T	S	S								T	T												G	G	G	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430