Job Description P15067 Confidence 97.63% Date Thu Jan 5 11:34:29 GMT 2012 Rank 146 Aligned Residues 319 % Identity 13% Template c1ktbA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-n-acetylgalactosaminidase; PDBTitle: the structure of alpha-n-acetylgalactosaminidase Resolution 1.90 Å

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		188	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	K	Q	L	G	I	T	A	L	E	L	L	P	V	A	Q	F	A	S	E	P	R	L	Q	R	M	G	L	S	N	Y	W	G	Y	N	P	V	A	M	F	A	L	H	P	A	Y	A	C	S	P	E	T	A	L	D	E	F	R	D	A	I	K	A	L	H	K	A	G	I	E	V	I	L	D	I	V	L	N	H	S
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	R	E	L	G	Y	K	Y	I	N	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	C	W	A	A	K	Q	R	D	A	E	G	R	L	V	P	D	P	E	R	F	P	.	.	.	.	.	.	.	R	G	I	K	A	L	A	D	Y	V	H	A	R	G	L	K	L	G	I	Y	G	D	L	G	R	L
Template Known Secondary structure						T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S		B		S	S			T	T	S				B		T	T	T		T	.	.	.	.	.	.	.	T											T	T	T									B	S	S	B
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60														.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.								.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		268	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	L	D	L	D	G	P	L	F	S	L	R	G	I	D	N	R	S	Y	Y	W	I	R	E	D	G	D	Y	H	N	W	T	G	C	G	N	T	L	N	L	S	H	P	A	V	V	D	Y	A	S	A	C	L	R	Y	W	V	E	T	C	H	V	D	G	F	R	F	D	L	A	A	V	M	G	R	T	P	E	F
Query Conservation
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.											.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.											.
Template Sequence		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	G	G	Y	P	G	T	T	L	D	R	V	E	Q	D	A	Q	T	F	A	E	W	.	G	V	D	M	L	K	L	D	G	C	.	Y	S	S	G	K	E	Q	A
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	S	B		B		G	G	G												.	T									T	.	T
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.											.
Template SS confidence
		110																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.		.	.	.	.	.	.	.	140	.	.		.	.	.	.	.	.	.	150
		348	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	Q	D	A	P	L	F	T	A	I	Q	N	C	P	V	L	S	Q	V	K	L	I	A	E	P	W	D	I	A	P	G	G	Y	Q	V	G	N	F	P	P	L	F	A	E	W	N	D	H	F	R	D	A	A	R	R	F	W	L	H	Y	D	L	P	L	G	A	F	A	G	R	F	A	A	S	S	D	V	F	K	R
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.																																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.																																				.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	G	Y	P	Q	M	A	R	A	L	N	A	.	.	.	T	G	R	P	I	V	Y	S	C	S	W	P	A	Y	Q	G	G	L	P	P	K	V	N	Y	T	L	L	G	E	I	C	N	L	W	R	.	.	.	.	.	.	N	Y	D	D	I	Q	D	S	W	D	S	V	L	S	I	V	D	W	F	F	T	N	Q	D
Template Known Secondary structure														.	.	.	T	T	S												T	T	S	S	T	T	T											S				.	.	.	.	.	.		S					S	S														T	G	G
Template Predicted Secondary structure														.	.	.																																				.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		151	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.				.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.							.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.
		428	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	G	R	L	P	S	A	A	I	N	L	V	T	A	H	D	G	F	T	L	R	D	C	V	C	F	N	H	K	H	N	E	A	N	G	E	E	N	R	D	G	T	N	N	N	Y	S	N	N	H	G	K	E	G	L	G	G	S	L	D	L	V	E	R	R	R	D	S	I	H	A	L	L	T	T	L	L	L	S	Q
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	L	Q	P	F	A	G	P	G	H	W	N	D	P	D	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	I	I	G	N	F	G	L	S	Y	E	Q	S	R	S	Q	M	A	L	W	T	I	M	A	A	P
Template Known Secondary structure		G	T	G	G	G		B	T	T	B							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B		T	T	S	S	S																T	T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		222	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
		508	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.			.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.
Query SS confidence																																														.	.
Query Sequence		G	T	P	M	L	L	A	G	D	E	H	G	H	S	Q	H	G	N	N	N	A	Y	C	Q	D	N	Q	L	T	W	L	D	W	S	Q	A	S	S	G	L	T	A	F	T	.	.	A	A	L	I	H	L	R	K	R	I	P	A	L	V	E	N	R	W	W	E	E	G	D	G	N	V	R	W	L	N	R	Y	A	Q
Query Conservation																																														.	.
Alig confidence		.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.																													.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	L	L	M	S	T	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	T	I	S	P	S	A	K	K	I	L	Q	N	R	L	M	I	Q	I	N	Q	D	P	L	G	I	Q	G	R	R	I	I	K	E	G	S	H	I	E	V	F	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.					S		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T										T									T		T	T											T	T	S					.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						264	.	.	.	.	.	270																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
		586	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.		.	.	.	.	.	.	620	.								.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.						.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.
Predicted Secondary structure																														.									.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.									.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Query Sequence		P	L	S	T	D	E	W	Q	N	G	P	K	Q	L	Q	I	L	L	S	D	R	F	L	I	A	I	N	A	.	T	L	E	V	T	E	I	V	.	.	.	.	.	.	.	L	P	A	G	E	W	H	A	I	P	P	F	A	G	E	D	N	.	.	.	.	.	P	V	I	T	A	V	W	Q	G	P	A	H	G	L
Query Conservation																														.									.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.									.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	R	P	L	S	Q	A	A	S	A	L	V	F	F	S	R	R	T	D	M	P	F	R	Y	T	T	S	L	A	K	L	G	F	P	M	G	A	A	Y	E	V	Q	D	V	Y	S	G	K	I	I	S	G	L	K	T	G	D	N	F	T	V	I	I	N	P	S	G	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S	T	T											S	S	S												T			T	T								T	T	T									T	T	S								T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
														312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		653	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	V	F	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	M	W	Y
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		380	.	.	.