Job Description P15067 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:34:29 GMT 2012 Rank 69 Aligned Residues 407 % Identity 16% Template c1bagA_ PDB info PDB header:alpha-amylase Chain: A: PDB Molecule:alpha-1,4-glucan-4-glucanohydrolase; PDBTitle: alpha-amylase from bacillus subtilis complexed with2 maltopentaose Resolution 2.50 Å

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		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	P	W	G	S	T	I	I	Y	E	A	H	V	K	G	L	T	Y	L	H	P	E	I	P	V	E	I	R	G	T	Y	K	A	L	G	H	P	V	M	I	N	Y	L	K	Q	L	G	I	T	A	L	E	L	L	P	V	A	Q	F	A	S	E	P	R	L	Q	R	M	G	L	S	N	Y	W	G	Y	N	P	V	A
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.
Template Sequence		P	S	I	K	S	G	T	I	L	H	A	W	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	S	F	N	T	L	.	.	K	H	N	M	K	D	I	H	D	A	G	Y	T	A	I	Q	T	S	P	I	N	Q	V	K	E	G	N	Q	G	D	K	S	M	S	N	W	Y	W	L	Y	Q	P	T	S
Template Known Secondary structure		S	S	G	G	G	S						T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B						.	.			T							T	T		S					S								T	G	G	G				G	G	G	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.																.	.	.	20	.	.			.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.
		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	F	A	L	H	P	A	Y	A	C	S	P	E	T	A	L	D	E	F	R	D	A	I	K	A	L	H	K	A	G	I	E	V	I	L	D	I	V	L	N	H	S	A	E	L	D	L	D	G	P	L	F	S	L	R	G	I	D	N	R	S	Y	Y	W	I	R	E	D	G	D	Y	H	N	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.																																					.	.																					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.																																					.	.
Template Sequence		Y	Q	I	G	N	R	Y	L	G	T	.	.	.	.	.	E	Q	E	F	K	E	M	C	A	A	A	E	E	Y	G	I	K	V	I	V	D	A	V	I	N	H	T	T	F	D	Y	A	A	I	S	N	.	.	E	V	K	S	I	P	N	W	T	H	G	N	T	Q	I	K	N	W	S	D	R	W	D	V	T	Q	N
Template Known Secondary structure							T	T	T			.	.	.	.	.													T	T	T										S	B			S		G	G	G	S			.	.				T	S	T	T							B				T	T								S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.																																					.	.
Template SS confidence
		67	.	.	70	.	.	.	.	.	.						.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.			.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	T	G	C	G	N	T	L	N	L	S	H	P	A	V	V	D	Y	A	S	A	C	L	R	Y	W	V	E	T	C	H	V	D	G	F	R	F	D	L	A	A	V	M	G	R	T	P	E	F	R	Q	D	A	P	L	F	T	A	I	Q	N	C	P	V	L	S	Q	V	K	L	I	A	E	P	W	D	I	A	P	G
Query Conservation
Alig confidence																													.																																		.	.	.
Template Conservation																													.																																		.	.	.
Template Sequence		S	L	L	G	L	Y	D	W	N	T	Q	N	T	Q	V	Q	S	Y	L	K	R	F	L	E	R	A	L	.	N	D	G	A	D	G	F	R	F	D	A	A	K	H	I	E	L	P	D	D	G	S	Y	G	S	Q	F	W	P	N	I	T	N	.	.	.	T	S	A	E	F	Q	Y	G	Q	I	L	Q	D	S	A	S
Template Known Secondary structure		B	S	T	T						T	T																	.			T							T	T	G	G	G	S			T	T	S	G	G	G			S						T		.	.	.	S	S		S									S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																													.																																		.	.	.
Template SS confidence
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.		.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.				200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	Y	Q	V	G	N	F	P	P	L	F	A	E	W	N	D	H	F	R	D	A	A	R	R	F	W	L	H	Y	D	L	P	L	G	A	F	A	G	R	F	A	A	S	S	D	V	F	K	R	N	G	R	L	P	S	A	A	I	N	L	V	T	A	H	D	G	F	T	L	R	D	C	V	C	F	N	H	K	H	N
Query Conservation
Alig confidence											.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Template Conservation											.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Template Sequence		R	D	A	A	Y	A	N	Y	M	.	.	D	V	T	A	S	N	Y	G	H	S	I	R	S	A	L	K	N	R	N	L	G	V	S	N	I	S	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	A	S	D	V	S	A	D	K	L	V	T	W	V	E	S	H	D	T	Y	A	N	D	D	E	E	S	T	W	M	S	.	.
Template Known Secondary structure							T	T	T	S	.	.																		T				T	T	T	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S	S	S		G	G	G					S								S	T	T		T	T	T	T			.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Template SS confidence
		216	.	.	.	220	.	.	.	.			.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.										.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.
		459	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.		.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.
Query SS confidence																																																			.
Query Sequence		E	A	N	G	E	E	N	R	D	G	T	N	N	N	Y	S	N	N	H	G	K	E	G	L	G	G	S	L	D	L	V	E	R	R	R	D	S	I	H	A	L	L	T	T	L	L	L	S	Q	.	G	T	P	M	L	L	A	G	D	E	H	G	H	S	Q	H	G	N	N	N	A	Y	C	Q	D	N	Q	L	T	W
Query Conservation																																																			.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.																			.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	D	I	R	L	G	W	A	V	I	A	S	R	S	G	S	T	P	L	F	F	S	R	P	E	G	G	G	N	G	V	R	F	.	.	.	.	.	.	P	G	K	S	Q	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T	S	S	S										T	T		B	T	T	B	S		.	.	.	.	.	.		S	S	S		T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																				283	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.							.	.	.	320	.	.
		538	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	D	W	S	Q	A	S	S	G	L	T	A	F	T	A	A	L	I	H	L	R	K	R	I	P	A	L	V	E	N	R	W	W	E	E	G	D	G	N	V	R	W	L	N	R	Y	A	Q	P	L	S	T	D	E	W	Q	N	G	P	K	Q	L	Q	I	L	L	S	D	R	F	L	I	A	I	N	A	T	L	E	V
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	D	R	G	S	A	L	F	.	.	.	.	E	D	Q	A	I	T	A	V	N	R	F	H	N	V	M	A	G	Q	P	E	E	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	N	P	N	G	N	N	Q	I	F	M	N	Q	R	G	S	H	G	V	V	L	A	N	A	G	S	S	S
Template Known Secondary structure		B	S				G	G	G	.	.	.	.	G														T	T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			G	G	G		T	T							T	T	T								S	S	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		323	.	.	.	.	.	.	330					.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
		618	.	620	.					.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.
Query Sequence		T	E	I	V	.	.	.	.	L	P	A	G	E	W	H	A	I	P	P	F	A	G	E	D	N	P	V	I	T	A	V	W	Q	G	P	A	H	G	L	C	V	F
Query Conservation						.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	S	I	N	T	A	T	K	L	P	D	G	R	Y	D	N	K	A	G	A	G	S	F	Q	V	N	D	G	K	L	T	G	T	I	N	A	R	S	V	A	V	L
Template Known Secondary structure									S	S		S						S	S	S	S							S	S								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.