Job Description P29744 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:40 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 317 % Identity 21% Template d1ucua_ SCOP info Phase 1 flagellin Phase 1 flagellin Phase 1 flagellin Resolution 4.00

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	R	F	S	T	Q	M	M	Y	Q	Q	N	M	R	G	I	T	N	S	Q	A	E	W	M	K	Y	G	E	Q	M	S	T	G	K	R	V	V	N	P	S	D	D	P	I	A	A	S	Q	A	V	V	L	S	Q	A	Q	A	Q	N	S	Q	Y	T	L	A	R	T	F	A	T	Q	K	V	S	L	E	E	S	V	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Q	V	I	N	T	N	S	L	S	L	L	T	Q	N	N	L	N	K	S	Q	S	A	L	G	T	A	I	E	R	L	S	S	G	L	R	I	N	S	A	K	D	D	A	A	G	Q	A	I	A	N	R	F	T	A	N	I	K	G	L	T	Q	A	S	R	N	A	N	D	G	I	S	I	A	Q	T	T	E	G	A	L
Template Known Secondary structure		T																															T	S			T	T	T	S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	Q	V	T	T	A	I	Q	N	A	Q	E	K	I	V	Y	A	S	N	G	T	L	S	D	D	D	R	A	S	L	A	T	D	I	Q	G	L	R	D	Q	L	L	N	L	A	N	T	T	D	G	N	G	R	Y	I	F	A	G	Y	K	T	E	T	A	P	F	S	E	E	K	G	K	Y	V	G	G	A	E	S	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		N	E	I	N	N	N	L	Q	R	V	R	E	L	A	V	Q	S	A	N	S	T	N	S	Q	S	D	L	D	S	I	Q	A	E	I	T	Q	R	L	N	E	I	D	R	V	S	G	Q	T	Q	F	N	G	V	K	V	L	A	Q	D	N	T	L	T	I	Q	V	G	A	N	D	G	E	T	I	D	I	D	L	K	Q
Template Known Secondary structure																			T		T	T																													B	T	T	B		T	T	T	S									S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	Q	Q	V	D	A	S	R	S	M	V	I	G	H	T	G	D	K	I	F	D	S	I	T	S	N	A	V	A	E	P	D	G	S	A	S	E	T	N	L	F	A	M	L	D	S	A	I	A	A	L	K	T	P	V	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	N	S	Q	T	L	G	L	D	T	L	N	V	Q	Q	K	Y	K	V	S	D	T	A	A	T	V	T	G	Y	A	D	T	T	I	A	L	D	N	S	T	F	K	A	S	A	T	G	L	G	G	T	D	Q	K	I	D	G	D	L	K	F	D	D	T	T	G	K	Y	Y	A	K	V	T	V	T	G	G	T	G	K
Template Known Secondary structure			S	T	T	T	T	T		T	T																		S									B		T	T	S	T	T	T		G	G	G		S	S						S	S					T	T	T	T										T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	G	Y	Y	E	V	S	V	D	K	T	N	G	E	V	T	L	A	G	G	A	T	S	P	L	T	G	G	L	P	A	T	A	T	E	D	V	K	N	V	Q	V	A	N	A	D	L	T	E	A	K	A	A	L	T	A	A	G	V	T	G	T	A	S	V	V	K	M	S	Y	T	D	N	N	G	K	T	I	D	G
Template Known Secondary structure											T	T	T		B				S	T	T		S	S			T	T	S	S		T	T						S						G	G	G	T										T	T			S												T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
																																																																									218	.	220	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	A	D	K	E	T	A	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	L	A	V	K	V	G	D	D	Y	Y	S	A	T	Q	N	K	D	G	S	I	S	I	N	T	T	K	Y	T	A	D	D	G	T	S	K	T	A	L	N	K	L	G	G	A	D	G	K	T	E	V	V	S	I	G	G	K	T	Y	A	A	S	K	A	E	G	H	N	F	K	A	Q	P	D	L	A	E	A	A	A
Template Known Secondary structure								T	T									T	T	S						B						S	S	S	S					B					S	T	T	S								T	T									T	T		B	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	A	L	D	K	T	N	R	G	L	K	N	S	L	N	N	V	L	T	V	R	A	E	L	G	T	Q	L	N	E	L	E	S	L	D	S	L	G	S	D	R	A	L	G	Q	T	Q	Q	M	S	D	L	V	D	V	D	W	N	A	T	I	S	S	Y	I	M	Q	Q	T	A	L	Q	A	S	Y	K	A	F	T	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	T	T	E	N	P	L	Q	K	I	D	A	A	L	A	Q	V	D	T	L	R	S	D	L	G	A	V	Q	N	R	F	N	S	A	I	T	N	L	G	N	T	V	N	N	L	T	S	V	R	S	R	I	E	D	S	D	Y	A	T	E	V	S	N	M	S	R	A	Q	I	L	Q	Q	A	G	T	S	V	L	A	Q
Template Known Secondary structure		S			S	S																																																S				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		402	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
		307	.	.	310			.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.
Query SS confidence						.	.
Query Sequence		M	Q	G	L	.	.	S	L	F	Q	L	S	K
Query Conservation						.	.
Alig confidence						.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	N	Q	V	P	Q	N	V	L	S	L	L	R
Template Known Secondary structure											T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.