Job Description P32705 Confidence 96.79% Date Thu Jan 5 11:50:26 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 408 % Identity 12% Template c3hfxA_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:l-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter; PDBTitle: crystal structure of carnitine transporter Resolution 3.15 Å

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		32	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.													.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90			.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Query SS confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Query Sequence		N	W	Q	A	I	I	M	F	L	I	F	V	V	F	T	L	G	I	T	Y	W	A	S	K	R	V	R	S	R	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	Y	T	A	G	G	N	I	T	G	F	Q	N	G	L	A	I	A	G	D	Y	M	S	A	A	S	F	L	.	.	G	I	S	A	L	V	F
Query Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	W	A	F	E	W	Y	M	V	V	M	L	F	G	W	F	W	L	V	F	G	P	Y	A	K	K	R	L	G	N	E	P	P	E	F	S	T	A	S	W	I	F	M	M	F	A	S	C	T	S	A	A	V	L	F	W	G	S	I	E	I	Y	Y	Y	I	S	T	P	P	F	G	L	E	P	N	S	T	G	A	K
Template Known Secondary structure																						S	S	S	T	T	S		S	S	S	S			S	S											T					S																S		S	T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		52	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.
		98	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.			110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.			.	.	.	.	.	.	.					.	140			.	.			.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.																							.	.								.	.	.	.			.	.			.	.
Query SS confidence														.	.																							.	.								.	.	.	.			.	.			.	.
Query Sequence		T	S	G	Y	D	G	L	I	Y	S	L	G	.	.	F	L	V	G	W	P	I	I	L	F	L	I	A	E	R	L	R	N	L	G	R	Y	.	.	T	F	A	D	V	A	S	.	.	.	.	Y	R	.	.	L	K	.	.	Q	G	P	I	R	I	L	S	A	C	G	S	L	V	V	V	A	L	Y	L	I	A	Q
Query Conservation														.	.																							.	.								.	.	.	.			.	.			.	.
Alig confidence														.	.																							.	.								.	.	.	.			.	.			.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	L	G	L	A	Y	S	L	F	H	W	G	P	L	P	W	A	T	Y	S	F	L	S	V	A	F	A	Y	F	F	F	V	R	K	M	E	V	I	R	P	S	S	T	L	V	P	L	V	G	E	K	H	A	K	G	L	F	G	T	I	V	D	N	F	Y	L	V	A	L	I	F	A	M	G	T	S	L	G	L	A
Template Known Secondary structure												T	S																				T	S						S	S	G	G	G	G		T	T	T		S	S		T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		132	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180			.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.							.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.			.	.	.	230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.																		.	.	.	.	.	.																														.	.
Query SS confidence																	.	.																		.	.	.	.	.	.																														.	.
Query Sequence		M	V	G	A	G	K	L	I	E	L	L	F	G	L	N	.	.	Y	H	I	A	V	V	L	V	G	V	L	M	M	M	Y	V	L	.	.	.	.	.	.	F	G	G	M	L	A	T	T	W	V	Q	I	I	K	A	V	L	L	L	F	G	A	S	F	M	A	F	M	V	.	.	M	K	H	V	G	F	S	F	N
Query Conservation																	.	.																		.	.	.	.	.	.																														.	.
Alig confidence																	.	.																		.	.	.	.	.	.																														.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	P	L	V	T	E	C	M	Q	W	L	F	G	I	P	H	T	L	Q	L	D	A	I	I	I	T	C	W	I	I	L	N	A	I	C	V	A	C	G	L	Q	K	G	V	R	I	A	S	D	V	R	S	Y	L	S	F	L	M	L	G	W	V	F	I	V	S	G	A	S	F	I	M	N	Y	F	T	D	S	V	G
Template Known Secondary structure										T	T	S	T	T				T																				S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		212	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	L	F	S	E	A	M	A	V	H	P	K	G	V	D	I	M	K	P	G	G	L	V	K	D	P	I	S	A	L	S	L	G	L	G	L	M	F	G	T	A	G	L	P	H	I	L	M	R	F	F	T	V	S	D	A	R	E	A	R	K	S	V	F	Y	A	T	G	F	M	G	Y	F	Y	I	L	T	F	I	I
Query Conservation
Alig confidence																																										.	.	.																											.	.
Template Conservation																																										.	.	.																											.	.
Template Sequence		M	L	L	M	Y	L	P	R	M	L	F	Y	T	D	P	I	A	K	G	G	F	P	Q	G	W	T	V	F	Y	W	A	W	W	V	I	Y	A	I	Q	M	.	.	.	S	I	F	L	A	R	I	S	R	G	R	T	V	R	E	L	C	F	G	M	V	L	G	L	T	A	.	.	S	T	W	I	L	W	T	V	L
Template Known Secondary structure												T					S	S								T											T					.	.	.							T		S	S																	.	.
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.																											.	.
Template SS confidence
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.				.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.			.	.	360	.	.	.	.	.	.
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	F	G	A	I	M	L	V	G	A	N	P	E	Y	K	D	A	A	G	H	L	I	G	G	N	N	M	A	A	V	H	L	A	N	A	V	G	G	N	L	F	L	G	F	I	S	A	V	A	F	A	T	I	L	A	V	V	A	G	L	T	L	A	G	A	S	A	V	S	H	D	L	Y	A	N	V	F	K	K	G
Query Conservation
Alig confidence																																																																									.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																									.	.	.	.	.
Template Sequence		G	S	N	T	L	L	L	I	D	K	N	I	I	N	I	P	N	L	I	E	Q	Y	G	V	A	R	A	I	I	E	T	W	A	A	L	P	L	S	T	A	T	M	W	G	F	F	I	L	C	F	I	A	T	V	T	L	V	N	A	C	S	Y	T	L	A	M	S	T	C	R	E	.	.	.	.	.	V	R	D	G
Template Known Secondary structure											T	T	S								G	G	G												T	S	S	S	T	T																												T	T	S		S	.	.	.	.	.	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.	.	.
Template SS confidence
		367	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.						.	.	440	.
		396	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	T	E	R	E	E	L	R	V	S	K	I	T	V	L	I	L	G	V	I	A	I	I	L	G	V	L	F	E	N	Q	N	I	A	F	M	V	G	L	A	F	A	I	A	A	S	C	N	F	P	I	I	L	L	S	M	Y
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.
Template Conservation																											.	.	.
Template Sequence		E	E	P	P	L	L	V	R	I	G	W	S	I	L	V	G	I	I	G	I	V	L	L	A	L	.	.	.	G	G	L	K	P	I	Q	T	A	I	I	A	G	G	C	P	L	F	F	V	N	I	M	V	T	L	S	F	I
Template Known Secondary structure			S	S		S	T	T																			.	.	.		S	S
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.
Template SS confidence
		442	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.				.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.