Job Description P75750 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:13:48 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 752 % Identity 29% Template c3rfzB_ PDB info PDB header:cell adhesion/transport/chaperone Chain: B: PDB Molecule:outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis; PDBTitle: crystal structure of the fimd usher bound to its cognate fimc:fimh2 substrate Resolution 2.80 Å

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		46	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.		.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.			100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.		.	.	.	.	.	.	.	120	.
Predicted Secondary structure																																		.																							.	.														.
Query SS confidence																																		.																							.	.														.
Query Sequence		G	V	I	A	P	G	E	Y	F	V	S	V	A	V	N	N	N	K	I	S	N	G	Q	K	I	N	W	Q	K	K	G	D	.	K	T	I	P	C	I	N	D	S	L	V	D	K	F	G	L	K	P	D	I	R	Q	.	.	S	L	P	Q	I	D	R	C	I	D	F	S	S	.	R	P	E	M	L	F	N	F	D
Query Conservation																																		.																							.	.														.
Alig confidence																																		.																							.	.														.
Template Conservation
Template Sequence		Q	E	L	P	P	G	T	Y	R	V	D	I	Y	L	N	N	G	Y	M	A	T	R	D	V	T	F	N	T	G	D	S	E	Q	G	I	V	P	C	L	T	R	A	Q	L	A	S	M	G	L	N	T	A	S	V	A	G	M	N	L	L	A	D	D	A	C	V	P	L	T	T	M	V	Q	D	A	T	A	H	L	D
Template Known Secondary structure																T	T														S	S	T	T	S													T	T	B		G	G	G	S	T	T	T	T	T	S		S	S									S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
		122	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	A	N	Q	Q	L	N	I	S	I	P	Q	A	W	L	A	W	H	S	E	N	W	A	P	P	S	T	W	K	E	G	V	A	G	V	L	M	D	Y	N	L	F	A	S	S	Y	R	P	Q	D	G	S	S	S	T	N	L	N	A	Y	G	T	A	G	I	N	A	G	A	W	R	L	R	S	D	Y	Q	L	N	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	G	Q	Q	R	L	N	L	T	I	P	Q	A	F	M	S	N	R	A	R	G	Y	I	P	P	E	L	W	D	P	G	I	N	A	G	L	L	N	Y	N	F	S	G	N	S	V	Q	N	R	I	G	G	N	S	H	Y	A	Y	L	N	L	Q	S	G	L	N	I	G	A	W	R	L	R	D	N	T	T	W	S	Y
Template Known Secondary structure		T	T	T	T								G	G	G	B	S			S	T	T				G	G	G		B																				T	T	T																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		106	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.
		202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	D	S	E	D	N	H	D	Q	S	G	G	I	S	R	T	Y	L	F	R	P	L	P	Q	L	G	S	K	L	T	L	G	E	T	D	F	S	S	N	I	F	D	G	F	S	Y	T	G	A	A	L	A	S	D	D	R	M	L	P	W	E	L	R	G	Y	A	P	Q	I	S	G	I	A	Q	T	N	A	T	V	T
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	S	N	.	.	.	.	.	.	K	W	Q	H	I	N	T	W	L	E	R	D	I	I	P	L	R	S	R	L	T	L	G	D	G	Y	T	Q	G	D	I	F	D	G	I	N	F	R	G	A	Q	L	A	S	D	D	N	M	L	P	D	S	Q	R	G	F	A	P	V	I	H	G	I	A	R	G	T	A	Q	V	T
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.														T	T	T	T												S	S	S	S														G	G	G	S		G	G	G	S	S										S	S	S
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		186	.	.							.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.		.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360
Predicted Secondary structure																										.
Query SS confidence																										.
Query Sequence		I	S	Q	S	G	R	V	I	Y	Q	K	K	V	P	P	G	P	F	I	I	D	D	L	N	.	Q	S	V	Q	G	T	L	D	V	K	V	T	E	E	D	G	R	V	N	N	F	Q	V	S	A	A	S	T	P	F	L	T	R	Q	G	Q	V	R	Y	K	L	A	A	G	Q	P	R	P	S	M	S	H	Q	T	E
Query Conservation																										.
Alig confidence																										.																																																		.
Template Conservation																																																																												.
Template Sequence		I	K	Q	N	G	Y	D	I	Y	N	S	T	V	P	P	G	P	F	T	I	N	D	I	Y	A	A	G	N	S	G	D	L	Q	V	T	I	K	E	A	D	G	S	T	Q	I	F	T	V	P	Y	S	S	V	P	L	L	Q	R	E	G	H	T	R	Y	S	I	T	A	G	E	Y	R	S	G	.	N	A	Q	Q	E
Template Known Secondary structure					T	T										S												T	T	S										S	S	S													T	T				T	T														S	.		T	T	B
Template Predicted Secondary structure																																																																												.
Template SS confidence
		268	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.		.	.	.	.	.
		361	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	E	T	F	F	S	N	E	V	S	W	G	M	L	S	N	T	S	L	Y	G	G	L	L	I	S	D	D	D	Y	H	S	A	A	M	G	I	G	Q	N	M	L	W	L	G	A	L	S	F	D	V	T	W	A	S	S	H	F	D	T	Q	Q	D	E	R	G	L	S	Y	R	F	N	Y	S	K	Q	V	D	A	T
Query Conservation
Alig confidence																												.
Template Conservation																												.
Template Sequence		K	P	R	F	F	Q	S	T	L	L	H	G	L	P	A	G	W	T	I	Y	G	G	T	Q	L	A	.	D	R	Y	R	A	F	N	F	G	I	G	K	N	M	G	A	L	G	A	L	S	V	D	M	T	Q	A	N	S	T	L	P	D	D	S	Q	H	D	G	Q	S	V	R	F	L	Y	N	K	S	L	N	E	S
Template Known Secondary structure															G	G	G											.	T	T														T	T															T	T	S																		T	T
Template Predicted Secondary structure																												.
Template SS confidence
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.		.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.
		441	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	S	T	I	S	L	A	A	Y	R	F	S	D	R	H	F	H	S	Y	A	N	Y	L	D	H	K	Y	N	D	S	D	A	Q	D	E	K	Q	T	I	S	L	S	V	G	Q	P	I	T	P	L	N	L	N	L	Y	A	N	L	L	H	Q	T	W	W	N	A	D	A	S	T	T	A	N	I	T	A	G	F	N	V
Query Conservation
Alig confidence																																																					.																				.
Template Conservation																																																					.																				.
Template Sequence		G	T	N	I	Q	L	V	G	Y	R	Y	S	T	S	G	Y	F	N	F	A	D	T	T	Y	S	R	M	N	Y	N	L	A	Y	N	K	R	G	K	L	Q	L	T	V	T	Q	Q	L	G	R	T	S	.	T	L	Y	L	S	G	S	H	Q	T	Y	W	G	T	S	N	V	D	E	.	Q	F	Q	A	G	L	N	T
Template Known Secondary structure		S													T	T									B	S	S					T	T	S															S	S	S		.												S	S							.
Template Predicted Secondary structure																																																					.																				.
Template SS confidence
		426	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.		.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.		.	.	.	.	500	.	.	.
		521	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.												.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.		.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Query Sequence		D	I	G	D	W	R	D	I	S	I	S	T	S	F	N	T	T	H	Y	E	D	K	D	R	D	N	Q	I	Y	L	S	I	S	L	P	F	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	R	V	G	Y	D	M	Q	N	S	S	H	.	S	T	I	H	R	M	S	W	N	D	T	L	D	E	R	N	S
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Alig confidence							.																		.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation							.																		.
Template Sequence		A	F	E	D	I	.	N	W	T	L	S	Y	S	L	T	K	N	A	W	Q	K	G	R	.	D	Q	M	L	A	L	N	V	N	I	P	F	S	H	W	L	R	S	D	S	K	S	Q	W	R	H	A	S	A	S	Y	S	M	S	H	D	L	N	G	R	M	T	N	L	A	G	V	Y	G	T	L	L	E	D	N	N
Template Known Secondary structure				T	T		.												S	S	S		S		.												S	G	G	G	S		T	T			S	G	G	G	G											S	S	S													S	T	T
Template Predicted Secondary structure							.																		.
Template SS confidence
		524	.	.	.	.		.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.		.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.
		589	590	.	.	.	.	.	.	.				.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.
Query SS confidence											.	.	.
Query Sequence		W	G	M	S	A	G	L	Q	S	.	.	.	D	R	P	D	N	G	A	Q	V	S	G	N	Y	Q	H	L	S	S	A	G	E	W	D	I	S	G	T	Y	A	A	S	D	Y	S	S	V	S	S	S	W	S	G	S	F	T	A	T	Q	Y	G	A	A	F	H	R	R	S	S	T	N	E	P	R	L	M	V	S	T
Query Conservation											.	.	.
Alig confidence											.	.	.																														.																											.	.
Template Conservation																																											.																											.	.
Template Sequence		L	S	Y	S	V	Q	T	G	Y	A	G	G	G	D	G	N	S	G	S	T	G	Y	A	T	L	N	Y	R	G	G	Y	G	N	A	N	I	G	Y	S	H	S	.	D	D	I	K	Q	L	Y	Y	G	V	S	G	G	V	L	A	H	A	N	G	V	T	L	G	Q	P	.	.	L	N	D	T	V	V	L	V	K	A
Template Known Secondary structure													S	T	T	T															S	S											.	S	S																T	T						S		.	.			S	S
Template Predicted Secondary structure																																											.																											.	.
Template SS confidence
		602	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.		.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.			.	670	.	.	.	.	.	.	.	.
		666	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.		.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.
Query SS confidence															.
Query Sequence		D	G	V	A	D	I	P	V	Q	G	N	L	D	.	Y	T	N	H	F	G	I	A	V	V	P	L	I	S	S	Y	Q	P	S	T	V	A	V	N	M	N	D	L	P	D	G	V	T	V	A	E	N	V	I	K	E	T	W	I	E	G	A	I	G	Y	K	S	L	A	S	R	S	G	K	D	V	N	V	I	I	R
Query Conservation															.
Alig confidence															.
Template Conservation
Template Sequence		P	G	A	K	D	A	K	V	E	N	Q	T	G	V	R	T	D	W	R	G	Y	A	V	L	P	Y	A	T	E	Y	R	E	N	R	V	A	L	D	T	N	T	L	A	D	N	V	D	L	D	N	A	V	A	N	V	V	P	T	R	G	A	I	V	R	A	E	F	K	A	R	V	G	I	K	L	L	M	T	L	T
Template Known Secondary structure		T	T			S		B	B	T	T	S	T	T		B			T	T	S					S				T	T	S						B		G	G	G	S		T	T				S		S						B		T	T												S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		679	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.
		745	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.				.	810	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.
Query SS confidence																																																																		.	.	.
Query Sequence		N	A	S	G	Q	F	P	P	L	G	A	D	I	R	Q	D	D	S	G	I	S	V	G	M	V	G	E	E	G	H	A	W	L	S	G	V	A	E	N	Q	L	F	T	V	V	W	G	E	Q	S	C	I	I	H	L	P	E	R	L	E	D	T	T	K	.	.	.	R	L	I	L	P	C
Query Conservation																																																																		.	.	.
Alig confidence			.												.																																																			.	.	.
Template Conservation			.												.
Template Sequence		H	.	N	N	K	P	L	P	F	G	A	M	V	.	T	S	E	S	S	Q	S	S	G	I	V	A	D	N	G	Q	V	Y	L	S	G	M	P	L	A	G	K	V	Q	V	K	W	G	E	A	H	C	V	A	N	Y	Q	L	P	P	E	S	Q	Q	Q	L	L	T	Q	L	S	A	E	C
Template Known Secondary structure			.	T	T					T	T				.			S	S	S	S							G	G	G									S								S													G	G	G	S	S		S
Template Predicted Secondary structure			.												.
Template SS confidence
		759		760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770		.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.