Job Description P15877 Confidence 97.78% Date Thu Jan 5 11:34:57 GMT 2012 Rank 36 Aligned Residues 367 % Identity 13% Template d1nira2 SCOP info 8-bladed beta-propeller C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase Resolution 2.15

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		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	Y	L	C	T	A	H	Q	R	L	F	A	L	D	A	A	S	G	K	E	K	W	H	Y	D	P	E	L	K	T	N	E	S	F	Q	H	V	T	C	R	G	V	S	Y	H	E	A	K	A	E	T	A	S	P	E	V	M	A	D	C	P	R	R	I	I	L	P	V	N	D	G	R	L	I	A	I	N	A	E
Query Conservation
Alig confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	S	V	T	L	R	D	A	G	Q	I	A	L	V	D	G	D	S	K	K	I	V	K	V	I	D	T	G	Y	A	V	H	I	S	R	M	S	A	S	G	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	L	L	V	I	G	R	D	A	R	I	D	M	I	D	L	W
Template Known Secondary structure							G	G	G	T							T	T	T										S	T	T								T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	T	S							T	T
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		151	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.
		306	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.				.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.
Query Sequence		N	G	K	L	C	E	T	F	A	N	K	G	V	L	N	L	Q	S	N	M	P	D	T	K	P	G	L	Y	E	P	T	S	P	P	I	I	T	D	K	T	I	V	M	A	G	S	V	T	D	N	.	.	.	F	S	T	R	E	T	S	G	V	I	R	G	F	D	V	N	T	G	E	L	L	W	A	F	D	P	G
Query Conservation																																																				.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	K	E	P	T	K	V	A	E	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	I	G	I	E	A	R	S	V	E	S	S	K	F	K	G	Y	E	D	R	Y	T	I	A	G	A	Y	W	P	P	Q	F	A	I	M	D	G	E	T	L	E	P	K	Q	I	V	S	T	R
Template Known Secondary structure		S	S	S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S										S	T	T		T	T	T									S	S							T	T	T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.
		383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	K	D	P	N	A	I	P	S	D	E	H	T	F	T	F	N	S	P	N	S	W	A	P	A	A	Y	D	A	K	L	D	L	V	Y	L	P	M	G	V	T	T	P	D	I	W	G	G	N	R	T	P	E	Q	E	R	Y	A	S	S	I	L	A	L	N	A	T	T	G	K	L	A	W	S	Y	Q	T	V	H	H
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	M	T	V	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	T	Y	H	P	E	P	R	V	A	A	I	I	A	S	H	E	H	P	E	F	I	V	N	V	K	.	.	.	.	.	.	E	T	G	K	V	L	L	V	N	Y	K	D	I	D	N	L	T	V	T	S	I	G	A	A
Template Known Secondary structure					S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S											S	S	S	S							T	.	.	.	.	.	.	T	T	T								T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		268	.	270	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.							300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
		463	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	L	W	D	M	D	L	P	A	Q	P	T	L	A	D	I	T	V	N	G	Q	K	V	P	V	I	Y	A	P	A	K	T	G	N	I	F	V	L	D	R	R	N	G	E	L	V	V	P	A	P	E	K	P	V	P	Q	G	A	A	K	G	D	Y	V	T	P	T	Q	P	F	S	E	L	S	F	R	P	T	K	D
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	H	D	G	G	W	D	S	S	H	R	Y	F	M	T	A	A	N	N	S	N	K	V	A	V	I	D	S	K	D	R	R	L	S	A	L	V	D	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T	S								G	G	G	T							T	T	T	T									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		324	.											.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
		543	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	S	G	A	D	M	W	G	A	T	M	F	D	Q	L	V	C	R	V	M	F	H	Q	M	R	Y	E	G	I	F	T	P	P	S	E	Q	G	T	L	V	F	P	G	N	L	G	M	F	E	W	G	G	I	S	V	D	P	N	R	E	V	A	I	A	N	P	M	A	L	P	F	V	S	K	L	I	P	R	G	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	T	P	H	P	G	R	G	A	N	F	V	H	P	K	Y	G	P	V	W	S	T	S	H	L	G	D	G	S	I	S	L	I	G	T	D	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	B			T	T							T	T	T								B	S	S	S	S									T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																												365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
		623	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	P	M	E	Q	P	K	D	A	K	G	T	G	T	E	S	G	I	Q	P	Q	Y	G	V	P	Y	G	V	T	L	N	P	F	L	S	P	F	G	L	P	C	K	Q	P	A	W	G	Y	I	S	A	L	D	L	K	T	N	E	V	V	W	K	K	R	I	G	T	P	Q	D	S	M	P	F	P	M	P	V	P
Query Conservation
Alig confidence																							.																																																					.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.																																																					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	N	H	P	Q	Y	A	W	K	K	V	A	E	L	Q	G	Q	G	G	G	S	.	L	F	I	K	T	H	P	K	S	S	H	L	Y	V	D	T	T	F	N	P	D	A	R	I	S	Q	S	V	A	V	F	D	L	K	N	L	D	A	K	Y	Q	V	L	P	I	A	E	W	A	D	L	G	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T		T	T	T	B	T	S								S		S			.							T	T									T	T		S	S					T							T	T		T	T	S															.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																							.																																																					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.		.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.
		703	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.					.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.
Query Sequence		V	P	F	N	M	G	M	P	M	L	G	G	P	I	S	T	A	G	N	V	L	F	I	A	.	.	.	.	A	T	A	D	N	Y	L	R	A	Y	N	M	S	N	G	E	K	L	W	Q	G	R	L	P
Query Conservation																										.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																						.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	E	G	A	K	R	V	V	Q	P	E	Y	N	K	R	G	D	E	V	W	F	S	V	W	N	G	K	N	D	S	S	A	L	V	V	V	D	D	K	T	L	K	L	K	A	V	V	K	D	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	S	S											S	S	S	S										T	T	S									T	T	T	T									T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.
Template SS confidence
					476	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.