Job Description P15877 Confidence 93.41% Date Thu Jan 5 11:34:57 GMT 2012 Rank 49 Aligned Residues 450 % Identity 11% Template c2oajA_ PDB info PDB header:endocytosis/exocytosis Chain: A: PDB Molecule:protein sni1; PDBTitle: crystal structure of sro7 from s. cerevisiae Resolution 2.40 Å

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		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	D	T	L	Y	L	C	T	A	H	Q	R	L	F	A	L	D	A	A	S	G	K	E	K	W	H	Y	D	P	E	L	K	T	N	E	S	F	Q	H	V	T	C	R	G	V	S	Y	H	E	A	K	A	E	T	A	S	P	E	V	M	A	D	C	P	R	R	I	I	L	P	V	N	D	G	R	L	I	A	I	N
Query Conservation
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	N	L	L	A	I	A	T	V	T	G	E	V	H	I	Y	G	Q	Q	Q	V	E	V	V	I	K	L	E	D	R	S	A	I	K	E	M	R	F	V	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	Y	L	V	V	I	N	A	K	D	T	V	Y	V	L	S
Template Known Secondary structure		T	T							T	T	S							S	T	T								S	S											T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T							T	T
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	N	G	K	L	C	E	T	F	A	N	K	G	V	L	N	L	Q	S	N	M	P	D	T	K	P	G	L	Y	E	P	T	S	P	P	I	I	T	D	K	T	I	V	M	A	G	S	V	T	D	N	F	S	T	R	E	T	S	G	V	I	R	G	F	D	V	N	T	G	E	L	L	W	A	F	D	P	G	A
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Template Sequence		L	Y	S	Q	K	V	L	T	T	V	F	V	P	G	K	I	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	D	T	D	A	.	.	S	L	D	W	M	L	I	G	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	G	S	M	I	V	Y	D	I	D	R	D	Q	L	S	S	F	K	L	D	.	.
Template Known Secondary structure		T	T	T		S								S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	.	.	T		S							T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S							T	T	T	T									.	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Template SS confidence
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.														.	.	.	.	.	.			.	170	.	.	.	.	.	.	.	.											.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Query SS confidence																																																																															.	.	.
Query Sequence		K	D	P	N	A	I	P	S	D	E	H	T	F	T	F	N	S	P	N	S	W	A	P	A	A	Y	D	A	K	L	D	L	V	Y	L	P	M	G	V	T	T	P	D	I	W	G	G	N	R	T	P	E	Q	E	R	Y	A	S	S	I	L	A	L	N	A	T	T	G	K	L	A	W	S	Y	Q	T	V	.	.	.
Query Conservation																																																																															.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	N	L	Q	K	S	S	F	F	P	A	A	R	L	S	P	I	V	S	I	Q	W	N	P	R	D	I	G	T	V	L	I	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	E	Y	V	T	L	T	Y	S	L	V	E	N	E	I	K	Q	S	F	I	Y	E	L	P	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.							T		S	S	S												T	T									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S							T	T	T	T										B		T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
						461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.			480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																				.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																				.	.
Query Sequence		.	.	.	.	H	H	D	L	W	D	M	D	L	P	A	Q	P	T	L	A	D	I	T	.	.	V	N	G	Q	K	V	P	V	I	Y	A	P	A	K	T	G	N	I	F	V	L	D	R	R	N	G	E	L	V	V	P	A	P	E	K	P	V	P	Q	G	A	A	K	G	D	Y	V	T	P	T	Q	P	F	S	E
Query Conservation		.	.	.	.																				.	.
Alig confidence		.	.	.	.																				.	.						.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	A	P	G	G	D	F	S	E	K	T	N	E	K	R	T	P	K	V	I	Q	S	L	Y	H	P	N	S	L	H	.	.	.	I	I	T	I	H	E	D	N	S	L	V	F	W	D	A	N	S	G	H	M	I	M	A	R	.	.	.	.	.	.	.	.	T	V	F	E	T	E	I	N	V	P	Q	P	D	Y	I
Template Known Secondary structure		T				S	T	T				T	T	S		B											T	T	S	S		.	.	.						T	T								T	T	T								.	.	.	.	.	.	.	.		S	S		S		T	T	S			T	T
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.				.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.									310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
		535	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.		.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.
Query SS confidence																																													.
Query Sequence		L	S	F	R	P	T	K	D	L	S	G	A	D	M	W	G	A	T	M	F	D	Q	L	V	C	R	V	M	F	H	Q	M	R	Y	E	G	I	F	T	P	P	S	E	.	Q	G	T	L	V	F	P	G	N	L	G	M	F	E	W	G	G	I	S	V	D	P	N	R	E	V	A	I	A	N	P	M	A	L	P	F
Query Conservation																																													.
Alig confidence																																													.
Template Conservation
Template Sequence		R	D	S	S	T	N	A	A	K	I	S	K	V	Y	W	M	C	E	N	N	P	E	Y	T	S	L	L	I	S	H	K	S	I	S	R	G	D	N	Q	S	L	T	M	I	D	L	G	Y	T	P	R	Y	S	I	T	S	Y	E	G	M	K	N	Y	Y	A	N	P	K	Q	M	K	I	F	P	L	P	T	N	V	P
Template Known Secondary structure					S	S														S	S	T	T											S	T	T	S	S															G	G	G												S		S								S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
		614	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	S	K	L	I	P	R	G	P	G	N	P	M	E	Q	P	K	D	A	K	G	T	G	T	E	S	G	I	Q	P	Q	Y	G	V	P	Y	G	V	T	L	N	P	F	L	S	P	F	G	L	P	C	K	Q	P	A	W	G	Y	I	S	A	L	D	L	K	T	N	E	V	V	W	K	K	R	I	G	T	P	Q	D
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	V	N	I	L	P	I	P	R	Q	S	P	Y	F	A	G	C	H	N	P	G	L	I	L	L	I	L	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	I	E	T	M	L	Y	P	S	G	I	F	T	D	K	A	S	L	F	P	Q	N	L
Template Known Secondary structure										S	S		S					T	B	S		S							T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S							T	T	T							G	G	G	S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
		694	.	.	.	.	.																							700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.
Query Sequence		S	M	P	F	P	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	P	V	P	F	N	M	G	M	P	M	L	G	G	P	I	S	T	A	G	N	V	L	F	I	A	A	T	A	D	N	Y	L	R	A	Y	N	M	S	N	G	E	K	L	W	Q	G	R	L	.	.
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	W	L	R	P	L	A	T	T	S	M	A	A	S	V	P	N	K	L	W	L	G	A	L	S	A	A	Q	N	K	D	Y	L	L	K	G	G	V	R	T	K	R	Q	K	L	P	A	E	Y	G	T	A	F	I	T	G	H	S	N	G	S	V	R	I	Y	D	A	S	H	G	D	I	Q	D	N	A	S	F	E	V
Template Known Secondary structure		T	T	B	T	T	B																				T	T	B					S				S	B										S										T	T	S							S	S			T	T	T	T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.
												750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	G	G	Q	A	T	P	M	T	Y	E	V	N	G	K	Q	Y	V	V	I	S	A	G	G	H	G	S	F	G	T	K	M	G	D	Y	I	V	A	Y	A	L	P	D	D	V	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	L	S	R	T	L	N	K	A	K	E	L	A	V	D	K	.	.	I	S	F	A	A	E	T	L	E	L	A	V	S	I	E	T	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	V	L	F	K	Y	E	V	N	Q	F
Template Known Secondary structure							T	T		S	S	S						.	.					T	T	T	T							T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		538	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.			.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.											.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.