Job Description P08331 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:13 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 497 % Identity 20% Template c1oidA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:protein usha; PDBTitle: 5'-nucleotidase (e. coli) with an engineered disulfide2 bridge (s228c, p513c) Resolution 2.1 Å

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		17	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.					.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.	.	.
Query Sequence		V	N	A	A	T	V	D	L	R	I	M	E	T	T	D	L	H	S	N	M	M	D	F	D	Y	Y	K	D	T	A	T	E	K	F	G	L	V	R	T	A	S	L	I	N	D	A	R	N	.	.	.	.	E	V	K	N	S	V	L	V	D	N	G	D	L	I	Q	G	S	P	L	A	D	Y	M	S	A	K	G	L
Query Conservation																																																		.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.																												.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.																																																	.
Template Sequence		E	Q	D	K	T	Y	K	I	T	V	L	H	T	N	D	H	H	G	H	F	W	R	N	E	Y	.	.	.	.	.	.	G	E	Y	G	L	A	A	Q	K	T	L	V	D	G	I	R	K	E	V	A	A	E	G	G	S	V	L	L	L	S	G	G	D	I	N	T	G	V	P	E	S	D	L	Q	D	A	E	P	.
Template Known Secondary structure			T	T														T	T			S			T	T	.	.	.	.	.	.	S																					T	T									S			S	S	S						T	T	T	T			.
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.																																																	.
Template SS confidence
		27	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.							.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	A	G	D	I	H	P	V	Y	K	A	L	N	T	L	D	Y	T	V	G	T	L	G	N	H	E	F	N	Y	G	L	D	Y	L	K	N	A	L	A	G	A	K	F	P	Y	V	N	A	N	V	I	D	A	R	T	K	Q	P	M	F	T	P	Y	L	I	K	D	T	E	V	V	D	K	D	G	K	K	Q	T	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	D	F	R	G	M	N	L	V	G	Y	D	A	M	A	I	G	N	H	E	F	D	N	P	L	T	V	L	R	Q	Q	E	K	W	A	K	F	P	L	L	S	A	N	I	Y	Q	K	S	T	G	E	R	L	F	K	P	W	A	L	F	K	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.									T								G	G	G	G	S	S													S	S					S	S				T	T	T			B	S	S									.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160										.	.	.
		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.		.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.				.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.																									.	.	.
Query SS confidence																																												.																									.	.	.
Query Sequence		K	I	G	Y	I	G	V	V	P	P	Q	I	M	G	W	D	K	A	N	L	S	G	K	V	T	V	N	D	I	T	E	T	V	R	K	Y	V	P	E	M	R	E	.	K	G	A	D	V	V	V	V	L	A	H	S	G	L	S	A	D	P	Y	K	V	M	A	E	.	.	.	N	S	V	Y	Y	L	S	E	I	P
Query Conservation																																												.																									.	.	.
Alig confidence																																												.																									.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	I	A	V	I	G	L	T	T	D	D	T	A	K	I	G	N	P	E	Y	F	T	D	I	E	F	R	K	P	A	D	E	A	K	L	V	I	Q	E	L	Q	Q	T	E	K	P	D	I	I	I	A	A	T	H	M	G	H	Y	D	N	G	E	H	G	C	N	A	P	G	D	V	E	M	A	R	A	L	P	A	G
Template Known Secondary structure											T	T					S		G	G	G	G	T	T																				T	T			S								S				G	G	G			T	T	S											S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.						.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.
Query Sequence		G	V	N	A	I	M	F	G	H	A	H	A	V	F	.	.	.	.	.	P	G	K	D	F	A	D	I	E	G	A	D	I	A	K	G	T	L	N	G	V	P	A	V	M	P	G	M	W	G	D	H	L	G	V	V	D	L	Q	L	S	N	D	S	G	K	W	Q	V	T	Q	A	K	A	E	A	R	P	I	Y	D
Query Conservation																.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.																																										.	.
Template Conservation																																																														.	.
Template Sequence		S	L	A	M	I	V	G	G	H	S	Q	D	P	V	C	M	A	A	E	N	K	K	Q	V	D	Y	V	P	G	T	P	C	K	P	D	Q	Q	N	G	I	W	I	V	Q	A	H	E	W	G	K	Y	V	G	R	A	D	F	E	F	R	.	.	N	G	E	M	K	M	V	N	Y	Q	L	I	P	V	N	L	K	K
Template Known Secondary structure		S	S	S						S	S			B						T	T				S	S			T	T	S								T	T						B		S	T	T	S											.	.	T	T												S	S
Template Predicted Secondary structure																																																														.	.
Template SS confidence
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.			.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
		324	.	.	.	.											.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.			.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.
Query Sequence		I	A	N	K	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	A	A	E	D	S	K	L	V	E	T	L	K	A	D	H	D	A	T	R	Q	F	V	S	K	P	I	G	K	S	A	D	N	M	Y	S	Y	L	A	.	.	L	V	Q	D	D	P	T	V	Q	V	V	N	N	A	Q	K	A	Y	V	E	H	Y	I
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	V	T	W	E	D	G	K	S	E	R	V	L	Y	T	P	E	I	A	E	N	Q	Q	M	I	S	L	L	S	P	F	Q	N	K	G	K	A	Q	L	E	V	K	I	G	E	T	N	G	R	L	E	G	D	R	D	K	V	R	F	V	Q	T	N	M	G	R	L	I	L	A	A	Q	M	D	R	T	G	A	D	F
Template Known Secondary structure						S	S	S							S	S																								T	T	S						S	S		B								T	T	S																	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
		392	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	G	D	P	D	L	A	K	L	P	V	L	S	A	A	A	P	F	K	V	G	G	R	K	N	D	P	A	S	Y	V	E	V	E	K	G	Q	L	T	F	R	N	A	A	D	L	Y	L	Y	P	N	T	L	I	V	V	K	A	S	G	K	E	V	K	E	W	L	E	C	S	A	G	Q	F	N	Q	I	D	P	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																								.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																								.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	M	S	G	G	G	I	R	D	S	I	E	A	G	D	I	S	Y	K	N	V	L	K	V	Q	P	F	G	N	V	V	V	Y	A	D	M	T	G	K	E	V	I	D	Y	L	T	A	V	A	Q	M	K	P	D	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					G	G	G					B		S												S		S																						T	T	S		S	S	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																								.	.	.	.
Template SS confidence
																							402	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.		550
Predicted Secondary structure																																																																																.
Query SS confidence																																																																																.
Query Sequence		S	T	K	P	Q	S	L	I	N	W	D	G	F	R	T	Y	N	F	D	V	I	D	G	V	N	Y	Q	I	D	V	T	Q	P	A	R	Y	D	G	E	C	Q	M	I	N	A	N	A	E	R	I	K	N	L	T	F	N	G	K	P	I	D	P	N	A	M	F	L	V	A	T	N	N	Y	R	A	Y	G	G	.	K
Query Conservation																																																																																.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	A	Y	P	Q	F	A	N	V	S	F	V	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	K	L	N	D	L	K	I	K	G	E	P	V	D	P	A	K	T	Y	R	M	A	T	L	N	F	N	A	T	G	G	D	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T						S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S								T	T					T	T	S												T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.
		551	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.		.	.	.	590	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.
Query SS confidence																																						.
Query Sequence		F	A	G	T	G	D	S	H	I	A	F	A	S	P	D	E	N	R	S	V	L	A	A	W	I	A	D	E	S	K	R	A	G	E	I	H	.	P	A	A	D	N	N	W	R
Query Conservation																																						.
Alig confidence																																						.
Template Conservation
Template Sequence		Y	P	R	L	D	N	K	C	G	Y	V	N	T	G	F	I	D	A	E	V	L	K	A	Y	I	Q	K	S	S	P	L	D	V	S	V	Y	E	P	K	G	E	V	S	W	Q
Template Known Secondary structure						T	T	S	T	T																					S	B		G	G	G	G	S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		506	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550