Job Description P15078 Confidence 87.22% Date Thu Jan 5 11:34:36 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 461 % Identity 13% Template c3dh4A_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:sodium/glucose cotransporter; PDBTitle: crystal structure of sodium/sugar symporter with bound galactose from2 vibrio parahaemolyticus Resolution 2.70 Å

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		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110		.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
Predicted Secondary structure																														.
Query SS confidence																														.
Query Sequence		T	D	K	K	V	L	F	G	H	H	F	A	A	I	A	G	A	G	P	L	V	G	P	V	L	A	A	Q	.	M	G	Y	L	P	G	M	I	W	L	L	A	G	V	V	L	A	G	A	V	Q	D	F	M	V	L	F	V	S	T	R	R	D	G	R	S	L	G	E	L	V	K	E	E	M	G	P	T	A	G	V
Query Conservation																														.
Alig confidence																														.				.	.
Template Conservation																																		.	.
Template Sequence		L	P	W	W	A	V	G	A	S	L	I	A	A	N	I	S	A	E	Q	F	I	G	M	S	G	S	G	Y	S	I	G	L	.	.	A	I	A	S	Y	E	W	M	S	A	I	T	L	I	I	V	G	K	Y	F	L	P	I	F	I	E	K	G	I	Y	T	I	P	E	F	V	E	K	R	F	N	K	K	L	K	T
Template Known Secondary structure																	S					T									T		G	.	.	G	G																		T							T	T			S									T
Template Predicted Secondary structure																																		.	.
Template SS confidence
		51	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.			.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	A	L	V	A	C	F	M	I	M	V	I	I	L	A	V	L	A	M	I	V	V	K	A	L	T	H	S	P	W	G	T	Y	T	V	A	F	T	I	P	L	A	L	F	M	G	I	Y	L	R	Y	L	R	P	G	R	I	G	E	V	S	V	I	G	L	V	F	L	I	F	A	I	I	S	G	G	W	V	A	E
Query Conservation
Alig confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	L	A	V	F	W	I	S	L	Y	I	F	V	N	L	T	S	V	L	Y	L	G	G	L	A	L	E	T	I	L	G	I	P	L	M	Y	S	I	L	G	L	A	L	F	A	L	V	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure														T																	T	T																	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		129	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	P	T	W	A	P	Y	F	D	F	T	G	V	Q	L	T	W	M	L	V	G	Y	G	F	V	A	A	V	L	P	V	W	L	L	L	A	P	R	D	Y	L	S	T	F	L	K	I	G	T	I	V	G	L	A	V	G	I	L	I	M	R	P	T	L	T	M	P	A	L	T	K	F	V	D	G	T	G	P	V	W
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	S	I	V	V	W	T	D	V	I	Q	V	F	F	L	V	L	G	G	F	M	T	T	Y	M	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	S	F	I	G	G	T	D	G	W	F	A	G	V	S	K	M	V	D	A	A	P	G	H	F	E	M	I	L	D	Q	S	N	P	Q	Y	M
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	T				S																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T	S														G	G	G	G		S	S			S	S	S	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						177	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.															.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	G	N	L	F	P	F	L	F	I	T	I	A	C	G	A	V	S	G	F	H	A	L	I	S	S	G	T	T	P	K	M	L	A	N	E	G	Q	A	C	F	I	G	Y	G	G	M	L	M	E	S	F	V	A	I	M	A	L	V	S	A	C	I	I	D	P	G	V	Y	F	A	M	N	S	P	M	A	V	L	A
Query Conservation
Alig confidence																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	L	P	G	I	A	V	L	I	G	G	L	W	V	A	N	L	Y	Y	W	G	F	N	Q	Y	I	I	Q	R	T	L	A	A	K	S	V	S	E	A	Q	K	G	I	V	F	A	A	F	L	K	L	I	V	P	F	L	V	V	L	P	G	I	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	S		T	T					S	T									T	T	T	T									S	S	S																			G	G	G	T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	A	G	T	A	D	V	V	A	S	A	A	Q	V	V	S	S	W	G	F	S	I	T	P	D	T	L	N	Q	I	A	S	E	V	G	E	Q	S	I	I	S	R	A	G	G	A	P	T	L	A	V	G	M	A	Y	I	L	H	G	A	L	G	G	M	M	D	V	A	F	W	Y	H	F	A	I	L	F	E	A	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	Y	V	I	T	S	D	P	Q	L	M	A	S	L	G	D	I	A	A	T	N	L	P	S	A	A	N	A	D	K	A	Y	P	W	L	T	Q	F	L	P	V	G	.	.	.	.	.	.	.	.	V	K	G	V	V	F	A	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																T	T			S					S	S	S	G	G	G							T	T			T	T	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																								308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.									350	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	I	L	T	A	V	D	A	G	T	R	A	A	R	F	M	L	Q	D	L	L	G	V	V	S	P	G	L	K	R	T	D	S	L	P	A	N	L	L	A	T	A	L	C	V	L	A	W	G	Y	F	L	H	Q	G	V	V	D	P	L	G	G	I	N	T	L	W	P	L	F	G	I	A	N	Q	M	L	A	G	M
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	A	A	A	I	V	S	S	L	A	S	M	L	N	S	T	A	T	I	F	T	M	D	I	Y	K	E	Y	I	S	P	D	S	G	D	H	K	L	V	N	V	G	R	T	A	A	V	V	A	L	I	I	A	C	L	I	A	P	M	L	G	G	I	G	Q	A	F	Q	Y	I	Q	E	Y	T	G	L	V	S	P	G
Template Known Secondary structure																									T							S		S		S	S																					G	G	G	G	G	G		S											T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		358	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	M	L	C	A	V	V	L	F	K	M	K	R	Q	R	Y	A	W	V	A	L	V	P	T	A	W	L	L	I	C	T	L	T	A	G	W	Q	K	A	F	S	P	D	A	K	V	G	F	L	A	I	A	N	K	F	Q	A	M	I	D	S	G	N	I	P	S	Q	Y	T	E	S	Q	L	A	Q	L	V	F	N
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	L	A	V	F	L	L	G	L	F	W	K	K	T	T	S	K	G	A	I	.	.	.	.	.	I	G	V	V	A	S	I	P	F	A	L	F	L	K	F	M	P	L	S	M	P	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure													T	T								.	.	.	.	.															T	S	S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.						.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		642	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	R	L	D	A	G	L	T	I	F	F	M	V	V	V	V	V	L	A	L	F	S	I	K	T	A	L	A	A	L	K	D	P	K	P	T	A	K	E	T	P	Y	E	P	M
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	M	D	Q	M	L	Y	T	L	L	F	T	M	V	V	I	A	F	T	S	L	S	T	S	I	N	D	D	D	P	K	G	I	S	V	T	S	S	M	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.																					T	T		S	S	S	S		T	T							S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.