Job Description P16694 Confidence 99.65% Date Thu Jan 5 11:35:44 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 264 % Identity 24% Template c1xzqA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:probable trna modification gtpase trme; PDBTitle: structure of the gtp-binding protein trme from thermotoga2 maritima complexed with 5-formyl-thf Resolution 2.90 Å

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		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.						.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.
Query Sequence		E	R	L	L	Q	L	S	R	Q	Q	L	Q	L	L	E	K	M	P	L	S	V	P	G	D	D	A	P	Q	L	A	L	P	W	S	Q	P	N	I	A	E	R	H	A	M	L	N	N	E	L	R	K	I	S	.	.	.	.	.	R	L	E	M	V	L	A	I	V	G	T	M	K	A	G	K	S	T	T	I	N	A
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.
Alig confidence																																																							.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	F	V	D	S	L	R	R	E	L	I	E	V	L	A	E	I	R	V	E	L	D	Y	P	D	E	I	E	T	N	T	G	E	V	V	T	R	L	E	R	I	K	E	K	L	T	E	E	L	K	K	A	D	A	G	I	L	L	N	R	G	L	R	M	V	I	V	G	K	P	N	V	G	K	S	T	L	L	N	R
Template Known Secondary structure																									S	S	S																									S																			T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		151	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.		.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.
Query SS confidence															.
Query Sequence		I	V	G	T	E	V	L	P	N	R	N	R	P	.	M	T	A	L	P	T	L	I	R	H	T	P	G	Q	K	E	P	V	L	H	F	S	H	V	A	P	I	D	C	L	I	Q	Q	L	Q	Q	R	L	R	D	C	D	I	K	H	L	T	D	V	L	E	I	D	K	D	M	R	A	L	M	Q	R	I	E	N	G
Query Conservation															.
Alig confidence															.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	N	E	D	R	A	I	V	T	D	I	P	G	T	T	R	D	V	I	S	E	E	I	V	I	R	G	I	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						T	B										S			S								T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		231	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260
		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240						.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																											.	.	.	.	.
Query Sequence		V	A	F	E	K	Y	Y	L	G	A	Q	P	I	F	H	C	L	K	S	L	N	D	L	V	R	L	A	K	A	L	D	V	D	F	P	F	S	A	Y	A	A	I	E	H	I	P	V	I	E	V	E	F	V	H	L	A	G	L	E	S	Y	P	G	Q	L	T	L	L	D	T	P	G	P	.	.	.	.	.	N	E
Query Conservation																																																																											.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	R	I	V	D	T	A	G	V	R	S	E	T	N	D	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						S	S				S	S			S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																		261	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	G	Q	P	H	L	Q	K	M	L	N	Q	Q	L	A	R	A	S	A	V	L	A	V	L	D	Y	T	Q	L	K	S	I	S	D	E	E	V	R	E	A	I	L	A	V	G	Q	S	V	P	L	Y	V	L	V	N	K	F	D	Q	Q	D	R	N	S	D	D	A	D	Q	V	R	A	L	I	S	G	T	L	M	K
Query Conservation
Alig confidence											.																																		.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.																																		.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	E	R	L	G	I	E	R	T	.	L	Q	E	I	E	K	A	D	I	V	L	F	V	L	D	A	S	S	P	L	D	E	E	D	R	K	I	L	E	R	I	K	N	.	.	.	.	K	R	Y	L	V	V	I	N	K	V	D	V	V	E	K	I	N	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	I	K	N
Template Known Secondary structure											.								S								S	S	S													G	G	G	.	.	.	.	S	S									S	S				S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.																																		.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		277	.	.	280	.	.	.	.	.		.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.					.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.											.	.	.	340	.
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	C	I	T	P	Q	Q	I	F	P	V	S	S	M	W	G	Y	L	A	N	R	A	R	Y	E	L	A	N	N	G	K	L	P	P	P	E	Q	Q	R	W	V	E	D	F	A	H	A	A	L	G	R	R	W	R	H	A	D	L	A	D	L	E	H	I	R	H	A	A	D	Q	L	W	E	D	S	L	F	A	Q	P
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	L	G	T	D	R	H	M	V	K	I	S	A	L	K	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	E	K	L
Template Known Secondary structure			T	S		S	T	T						T	T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	360	.	.	.
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.						.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.			.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.																											.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.																											.	.
Query Sequence		I	Q	A	L	L	H	A	A	Y	A	N	A	S	L	Y	A	.	.	.	.	.	L	R	S	A	A	H	K	L	L	N	Y	A	Q	Q	A	R	E	Y	L	D	F	R	A	H	G	L	.	.	N	V	A	C	E	Q	L	R	Q	N	I	H	Q	I	E	E	S	L	Q	L
Query Conservation																		.	.	.	.	.																											.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.																											.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	E	S	I	Y	R	E	T	Q	E	I	F	E	R	G	S	D	S	L	I	T	N	L	R	Q	K	Q	L	L	E	N	V	K	G	H	L	E	D	A	I	K	S	L	K	E	G	M	P	V	D	M	A	S	I	D	L	E	R	A	L	N	L	L	D	E	V	T	G	R
Template Known Secondary structure									T								T	T		S			S																							T	T																						T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.