Job Description P32138 Confidence 99.96% Date Thu Jan 5 11:49:24 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 592 % Identity 12% Template c2xn1B_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:alpha-galactosidase; PDBTitle: structure of alpha-galactosidase from lactobacillus acidophilus ncfm2 with tris Resolution 2.30 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		36	.	.	.	40	.	.	.			.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.				.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.																																											.	.	.																						.	.	.	.
Query SS confidence										.	.																																											.	.	.																						.	.	.	.
Query Sequence		N	P	C	L	W	I	G	S	.	.	G	I	A	D	I	D	M	F	R	G	N	F	S	I	K	D	K	L	Q	E	K	I	A	L	T	D	A	I	V	S	Q	S	P	D	G	W	L	I	H	F	S	R	.	.	.	G	S	D	I	S	A	T	L	N	I	S	A	D	D	Q	G	R	L	L	L	E	.	.	.	.
Query Conservation										.	.																																											.	.	.																						.	.	.	.
Alig confidence										.	.																																											.	.	.																						.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	P	A	T	I	V	R	N	P	D	G	S	N	A	L	F	L	A	Y	K	S	Y	K	I	E	D	G	K	P	D	L	K	G	L	P	H	S	W	T	K	E	D	D	E	A	Q	T	L	I	V	T	L	E	D	K	V	S	K	L	E	Y	D	L	L	Y	T	I	Y	R	D	R	P	V	I	V	R	S	V	Q	V
Template Known Secondary structure				S						T	T	S																S					T	T	S						S	S	G	G	G											T	T	T	T											T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
				107	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.		.	120	.	.	.	.	.	.	.					.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.													.										.	.	.	.
Query SS confidence		.	.													.										.	.	.	.
Query Sequence		.	.	L	Q	N	D	N	L	N	H	N	R	I	W	.	L	R	L	A	A	Q	P	E	D	.	.	.	.	H	I	Y	G	C	G	E	Q	F	S	Y	F	D	L	R	G	K	P	F	P	L	W	T	S	E	Q	G	V	G	R	N	K	Q	T	Y	V	T	W	Q	A	D	C	K	E	N	A	G	G	D	Y	Y	W
Query Conservation		.	.													.										.	.	.	.
Alig confidence		.	.													.										.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	N	H	G	E	E	A	V	Y	L	E	K	V	A	S	M	Q	M	D	Y	V	D	K	D	F	E	V	I	T	L	P	G	A	H	A	N	E	R	R	V	Q	R	E	N	I	G	Q	G	I	K	V	F	S	S	Y	R	G	T	S	S	H	Q	M	N	P	F	M	A	L	V	D	H	D	T	N	E	F	M	G	E
Template Known Secondary structure					S	S	S															S	S											B	T	T	B											S									S	S	S	S		S	S										T	T			S	S	S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.			.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.					.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.															.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.															.	.	.	.
Query Sequence		T	F	F	P	Q	P	T	F	V	S	T	Q	K	Y	Y	C	H	V	D	N	S	C	Y	M	N	F	D	F	S	.	.	A	P	E	Y	H	E	L	A	L	W	E	D	K	A	.	.	.	.	T	L	R	F	E	C	A	D	T	Y	I	S	L	L	E	K	L	T	A	L	L	G	R	Q	P	E	L	P	D	W	I
Query Conservation																															.	.															.	.	.	.
Alig confidence																															.	.															.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	Y	G	F	A	L	A	Y	S	G	N	H	K	F	E	V	E	R	D	Q	F	G	Q	I	H	V	N	T	G	I	N	D	Y	N	F	K	W	K	L	N	P	N	E	E	F	Q	T	P	E	V	L	M	V	Y	S	D	Q	G	L	N	K	M	S	Q	A	F	H	S	L	I	H	E	R	I	M	R	S	K	F	K
Template Known Secondary structure										S	S										T	T	S											T	T							T	T														S	B																	T				T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.									.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.		.	.	.	.	320	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.
Query Sequence		Y	D	G	V	T	L	G	I	Q	G	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	E	V	C	Q	K	K	L	D	T	M	R	N	A	G	V	K	V	N	G	I	W	A	Q	D	W	S	G	I	R	M	T	S	F	G	K	R	V	M	W	N	W	K	W	N	S	E	N	Y	P	Q	.	L	D	S	R	I	K	Q	W	N
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.									.																							.
Template Conservation																																							.	.									.
Template Sequence		D	Q	I	R	P	V	L	V	N	N	W	E	A	T	Y	F	D	F	N	E	D	K	L	K	T	I	V	D	K	A	K	K	L	G	L	E	M	.	.	F	V	L	D	D	G	W	F	.	G	H	R	D	D	D	N	S	S	L	G	D	W	K	V	Y	K	K	K	F	P	N	G	L	G	H	F	A	D	Y	V	H
Template Known Secondary structure		T	S													T	T																		T				.	.					T	T	S	B	.	T	T		S	S	T	T	S		T	T			S	B		T	T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure																																							.	.									.
Template SS confidence
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.			.	.	.	370	.	.	.	.		.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.		.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure														.
Query SS confidence														.
Query Sequence		Q	E	G	V	Q	F	L	A	Y	I	N	P	.	Y	V	A	S	D	K	D	L	C	E	E	A	A	Q	H	G	Y	L	A	K	D	A	S	G	G	D	Y	L	V	E	F	G	E	F	Y	G	G	V	V	D	L	T	N	P	E	A	Y	A	W	F	K	E	V	I	K	K	N	M	I	E	L	G	C	G	G	W	M
Query Conservation														.
Alig confidence														.														.	.												.	.	.	.
Template Conservation																												.	.												.	.	.	.
Template Sequence		E	Q	G	L	K	F	G	L	W	F	E	P	E	M	I	S	Y	E	S	N	L	Y	K	E	H	P	.	.	D	Y	L	M	H	V	P	G	R	K	P	.	.	.	.	C	P	S	R	N	Q	Y	V	L	E	L	G	R	K	E	V	R	D	N	I	F	E	Q	M	V	K	I	L	D	S	K	K	I	D	Y	I	K
Template Known Secondary structure			T	T									T	T				S	S	S							G	.	.	G	G	B				T	T	S			.	.	.	.			B	T	T	B			B		T	T	S																T	T	S
Template Predicted Secondary structure																												.	.												.	.	.	.
Template SS confidence
		407	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.			.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.					.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480
		404	.	.	.	.	.	410			.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.						.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.																																																					.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.																																																					.	.	.	.	.
Query Sequence		A	D	F	G	E	Y	L	.	.	P	T	D	T	Y	L	H	N	G	V	S	A	E	I	M	H	N	A	W	P	A	L	W	A	K	C	N	Y	E	A	L	E	E	T	G	K	L	G	E	I	L	F	F	M	R	A	G	S	T	G	S	Q	.	.	.	.	.	K	Y	S	T	M	M	W	A	G	D	Q	N	V	D
Query Conservation									.	.																																																					.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.																									.	.													.	.													.	.	.	.	.														.
Template Conservation																																			.	.													.	.																															.
Template Sequence		W	D	M	N	R	S	L	S	D	I	Y	E	S	D	L	P	A	D	Q	Q	G	E	A	Y	H	R	Y	V	L	G	Y	Y	D	.	.	L	L	N	K	L	V	T	R	Y	P	D	I	.	.	L	F	E	G	C	S	G	G	G	G	R	F	D	V	G	Q	A	Y	Y	T	P	Q	I	W	A	S	D	N	T	D	.
Template Known Secondary structure						S				S				T	T	S		G	G	G	G	G	G												.	.										T	T	S	.	.						B	T	B	B	T	T		S					T	T		S					B	S				.
Template Predicted Secondary structure																																			.	.													.	.																															.
Template SS confidence
		481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.			.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.			.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.
		477	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	S	L	D	D	G	L	A	S	V	V	P	A	A	L	S	L	A	M	T	G	H	G	L	H	H	S	D	I	G	G	Y	T	T	L	F	E	M	K	R	S	K	E	L	L	L	R	W	C	D	F	S	A	F	T	P	M	M	R	T	H	E	G	N	R	P	G	D	N	W	Q	F	D	G	D	A	E	T	I	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																											.	.												.	.	.	.	.							.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																																											.	.												.	.	.	.	.							.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	A	I	E	R	L	K	I	Q	Y	G	T	S	L	V	Y	P	Q	S	M	M	T	S	H	V	S	V	S	P	N	E	Q	N	G	R	I	T	P	F	N	T	R	G	.	.	A	V	A	M	W	G	D	L	G	Y	E	.	.	.	.	.	L	D	L	T	K	M	.	.	S	D	E	E	S	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.												T	T	T	S		G	G	G								S	S		T	T	T											.	.				T	T	S						.	.	.	.	.	S		G	G	G		.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																											.	.												.	.	.	.	.							.	.
Template SS confidence
								556	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.			.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.						.	610	.	.	.	.			.	.	.	.	.	620
		557	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630		.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																												.
Query SS confidence																																																																												.
Query Sequence		H	F	A	R	M	T	T	V	F	T	T	L	K	P	Y	L	K	E	A	V	A	L	N	A	K	S	G	L	P	V	M	R	P	L	F	L	H	Y	E	D	D	A	H	T	Y	T	L	K	Y	Q	Y	L	L	G	R	D	I	L	V	A	P	V	H	E	E	G	R	S	D	W	T	L	Y	L	.	P	E	D	N	W
Query Conservation																																																																												.
Alig confidence																					.	.																						.	.	.	.	.																												.
Template Conservation																					.	.																						.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	V	V	K	Q	V	T	E	Y	K	K	I	R	E	V	T	Q	F	G	.	.	T	L	Y	R	L	K	A	S	A	S	N	Q	C	A	W	M	M	V	D	S	N	.	.	.	.	.	K	N	E	A	V	V	T	V	V	N	V	M	A	H	A	Q	P	Y	C	T	K	T	K	L	A	G	L	D	P	D	K	R	Y
Template Known Secondary structure																				S	.	.								G	G	G	T									T	T	.	.	.	.	.	S											S			S	S										S			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																					.	.																						.	.	.	.	.
Template SS confidence
		621	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.			640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660						.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.
		636	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.				.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.
Query SS confidence															.	.	.
Query Sequence		V	H	A	W	T	G	E	A	F	R	G	G	E	.	.	.	V	T	V	N	A	P	I	G	K	P	P	V	F	Y	R
Query Conservation															.	.	.
Alig confidence															.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	N	L	E	T	D	E	V	F	G	G	D	E	L	M	H	L	G	F	Y	D	P	I	E	R	G	D	F	K	A	K
Template Known Secondary structure				T	T	T												T									S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		694	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.