Job Description P32138 Confidence 98.19% Date Thu Jan 5 11:49:24 GMT 2012 Rank 42 Aligned Residues 358 % Identity 10% Template c1bagA_ PDB info PDB header:alpha-amylase Chain: A: PDB Molecule:alpha-1,4-glucan-4-glucanohydrolase; PDBTitle: alpha-amylase from bacillus subtilis complexed with2 maltopentaose Resolution 2.50 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.										300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.				.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.
Query Sequence		P	D	W	I	Y	D	G	V	T	L	G	I	Q	G	G	T	E	V	C	Q	K	K	L	D	T	M	R	N	A	G	V	K	V	N	G	I	W	A	Q	D	W	S	G	I	R	M	T	S	F	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	R	V	M	W	N	W	K	W	N	S	E	N	Y	P	.	.	.	Q	L	D
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.
Alig confidence																																		.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.
Template Conservation																																		.	.
Template Sequence		P	S	I	K	S	G	T	I	L	H	A	W	N	W	S	F	N	T	L	K	H	N	M	K	D	I	H	D	A	G	Y	T	.	.	A	I	Q	T	S	P	I	N	Q	V	K	E	G	N	Q	G	D	K	S	M	S	N	W	Y	W	L	Y	Q	P	T	S	Y	Q	I	G	N	R	Y	L	G	T	E	Q	E	F	K
Template Known Secondary structure		S	S	G	G	G	S						T	T	B								T							T	T		S	.	.					S								T	G	G	G				G	G	G	G	G	G	G	G										T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																		.	.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.			.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.		.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.								.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.																												.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.																												.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	R	I	K	Q	W	N	Q	E	G	V	Q	F	L	A	Y	I	N	P	.	Y	V	A	S	D	K	D	L	C	E	E	A	A	Q	H	G	Y	L	A	K	D	A	S	G	G	D	Y	.	.	.	.	.	.	.	L	V	E	F	G	E	F	Y	G	G	V	V	D	L	T	N	P	E	A	Y	A	W	F	K	E	V
Query Conservation																					.																												.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.																												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	M	C	A	A	A	E	E	Y	G	I	K	V	I	V	D	A	V	I	N	H	T	T	F	D	Y	A	A	I	S	N	E	V	K	S	I	P	N	W	T	H	G	N	T	Q	I	K	N	W	S	D	R	W	D	V	T	Q	N	S	L	L	G	L	Y	D	W	N	T	Q	N	T	Q	V	Q	S	Y	L	K	R	F
Template Known Secondary structure									T	T	T										S	B			S		G	G	G	S						T	S	T	T							B				T	T								S	B	S	T	T						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	K	K	N	M	I	E	L	G	C	G	G	W	M	A	D	F	G	E	Y	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	T	Y	L	H	N	G	V	S	A	E	I	M	H	N	A	W	P	A	L	W	A	K	C	N	Y	E	A	L	E
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.
Template Sequence		L	E	R	A	L	.	N	D	G	A	D	G	F	R	F	D	A	A	K	H	I	E	L	P	D	D	G	S	Y	G	S	Q	F	W	P	N	I	T	N	T	S	A	E	F	Q	Y	G	Q	I	L	Q	D	S	A	S	R	D	A	A	Y	A	N	Y	M	D	V	T	A	S	N	Y	G	H	S	I	R	S	A	L	K
Template Known Secondary structure							.			T							T	T	G	G	G	S			T	T	S	G	G	G			S						T		S	S		S									S	T	T	S						T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure							.
Template SS confidence
		162	.	.	.	.		.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470									.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.		.	.	.		500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.																											.				.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.																											.				.
Query Sequence		E	T	G	K	L	G	E	I	L	F	F	M	R	A	G	S	T	G	S	Q	K	Y	S	T	M	M	W	A	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	Q	N	V	D	W	S	L	D	D	G	L	A	S	V	V	P	A	A	L	S	L	A	M	T	.	G	H	G	.	L	H	H	S	D	I	G	G	Y	T	T	L	F
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.																											.				.
Alig confidence										.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.									.	.																	.				.									.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.																																		.	.																														.	.	.	.	.
Template Sequence		N	R	N	L	G	V	S	N	.	.	.	I	S	H	Y	A	S	D	V	S	A	D	K	L	V	T	W	V	E	S	H	D	T	Y	A	N	D	D	E	E	S	T	W	M	.	.	S	D	D	D	I	R	L	G	W	A	V	I	A	S	R	S	G	S	T	P	L	F	F	S	R	P	E	G	G	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T				T	T	T	.	.	.	T	T	S		S	S	S	S		G	G	G					S								S	T	T		T	T	T	T		.	.													T	T	S	S	S										T	T		.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.																																		.	.																														.	.	.	.	.
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.				.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.			.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310
		513	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	M	K	R	S	K	E	L	L	L	R	W	C	D	F	S	A	F	T	P	M	M	R	T	H	E	G	N	R	P	G	D	N	W	Q	F	D	G	D	A	E	T	I	A	H	F	A	R	M	T	T	V	F	T	T	L	K	P	Y	L	K	E	A	V	A	L	N	A	K	S	G	L	P	V	M	R	P	L	F	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	G	V	R	F	P	G	K	S	Q	I	G	D	R	G	S	A	L	F	E	D	Q	A	I	T	A	V	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	F	H	N	V	M	A	G	Q	P	E	E	L	S	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B	T	T	B	S			S	S	S		T	B	S				G	G	G	G									.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T	T							.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.
Template SS confidence
																										311	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.										340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
		593	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.			.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.			.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.
Predicted Secondary structure																																				.	.																			.	.
Query SS confidence																																				.	.																			.	.
Query Sequence		H	Y	E	D	D	A	H	T	Y	T	L	K	Y	Q	Y	L	L	G	R	D	I	L	V	A	P	V	H	E	E	G	R	S	D	W	.	.	T	L	Y	L	P	E	D	N	W	V	H	A	W	T	G	E	A	F	.	.	R	G	G	E	V	T	V	N	A	P	I	G	K	P	P	V	F
Query Conservation																																				.	.																			.	.
Alig confidence															.	.	.	.																		.	.																			.	.
Template Conservation															.	.	.	.
Template Sequence		N	P	N	G	N	N	Q	I	F	M	N	Q	R	.	.	.	.	G	S	H	G	V	V	L	A	N	A	G	S	S	S	V	S	I	N	T	A	T	K	L	P	D	G	R	Y	D	N	K	A	G	A	G	S	F	Q	V	N	D	G	K	L	T	G	T	I	N	A	R	S	V	A	V	L
Template Known Secondary structure			G	G	G		T	T							.	.	.	.	T	T	T								S	S	S									S	S		S						S	S	S	S							S	S								T	T
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.
Template SS confidence
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.					.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.