Job Description P76585 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:24:52 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 507 % Identity 12% Template c2xpiA_ PDB info PDB header:cell cycle Chain: A: PDB Molecule:anaphase-promoting complex subunit cut9; PDBTitle: crystal structure of apc/c hetero-tetramer cut9-hcn1 Resolution 2.60 Å

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		448	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	K	A	P	L	A	A	Q	D	I	T	S	T	D	E	A	W	F	I	G	Q	H	L	E	Q	Y	H	H	A	S	R	S	P	F	D	Y	Y	L	R	G	V	A	L	D	P	L	D	Y	R	C	N	L	A	L	A	M	L	E	Y	N	R	A	D	F	P	Q	A	V	A	Y	A	T	Q	A	L	K	R	A	H	A
Query Conservation
Alig confidence																																																						.																									.	.	.
Template Conservation																																																						.																									.	.	.
Template Sequence		T	L	T	I	S	P	M	T	Y	L	A	S	R	E	D	Y	L	R	L	W	R	H	D	A	L	M	Q	Q	Q	Y	K	C	A	A	F	V	G	E	K	V	L	D	I	T	G	N	P	N	D	A	F	W	.	L	A	Q	V	Y	C	C	T	G	D	Y	A	R	A	K	C	L	L	T	K	E	D	L	Y	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	G	G	G		G	G	G	G	G																	T	T																									.								T	T												T		G	G	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																						.																									.	.	.
Template SS confidence
		50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.		.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.
		528	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.							.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	N	K	N	P	Q	C	G	Q	A	S	L	I	R	A	S	A	Y	E	R	Q	G	Q	Y	Q	Q	A	E	E	D	F	W	R	A	V	W	S	G	N	S	K	.	.	.	.	.	.	A	G	G	Y	Y	G	L	A	R	L	A	A	R	N	G	N	F	D	A	G	L	D	F	C	Q	Q	S	L	R	A	C	P	T
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	N	R	S	S	A	C	R	Y	L	A	A	F	C	L	V	K	L	Y	D	W	Q	G	A	L	N	L	L	G	E	T	N	P	F	R	M	Q	D	G	G	I	K	L	E	A	S	M	C	Y	L	R	G	Q	V	Y	T	N	L	S	N	F	D	R	A	K	E	C	Y	K	E	A	L	M	V	D	A	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	G	T															T	T											S	S		T	T					S	S																		T	T																	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Template SS confidence
						147	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
		602	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	Q	E	V	L	C	L	H	N	L	L	L	V	L	S	G	R	Q	D	N	A	R	V	Q	R	E	K	L	L	R	D	Y	P	L	N	A	T	L	W	W	L	N	W	F	D	G	R	S	E	S	A	L	A	Q	W	R	G	L	C	Q	G	R	D	V	N	A	L	M	T	A	G	Q	L	I	N	W	G	M	P	T
Query Conservation
Alig confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		C	Y	E	A	F	D	Q	L	V	S	N	H	L	L	T	A	D	E	E	W	D	L	V	L	K	L	N	Y	S	T	Y	S	K	E	D	A	A	F	L	R	S	L	Y	M	L	K	L	N	K	T	S	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure												T	T		S												S		T					G	G	G										T	T	S		T	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
		682	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	A	E	M	L	N	A	L	D	C	Q	R	T	L	P	L	Y	L	Q	A	S	L	L	P	K	A	E	R	G	E	L	V	A	K	A	I	D	V	F	P	Q	F	V	R	F	P	N	T	L	E	E	V	A	A	L	E	S	I	E	E	C	W	F	A	R	H	L	L	A	C	F	Y	Y	N	K	R	S	Y	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	D	E	L	R	R	A	E	D	Y	L	S	S	I	N	G	L	E	K	S	S	D	L	L	L	C	K	A	D	T	L	F	V	R	S	R	F	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T	S	T	T	G	G	G															T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																												285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
		762	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	A	I	A	F	W	Q	R	C	V	E	M	S	P	E	F	A	D	G	W	R	G	L	A	I	H	A	W	N	K	Q	H	D	Y	E	L	A	A	R	Y	L	D	N	A	Y	Q	L	A	P	Q	D	A	R	L	L	F	E	R	D	L	L	D	K	L	S	G	A	T	P	E	K	R	L	A	R	L	E	N	N	L
Query Conservation
Alig confidence																										.																																											.
Template Conservation																										.																																											.
Template Sequence		D	V	L	A	I	T	T	K	I	L	E	I	D	P	Y	N	L	D	V	Y	P	L	H	L	.	A	S	L	H	E	S	G	E	K	N	K	L	Y	L	I	S	N	D	L	V	D	R	H	P	E	K	A	V	T	W	L	A	V	G	I	Y	Y	L	C	V	N	K	.	I	S	E	A	R	R	Y	F	S	K	S	S
Template Known Secondary structure															T	T			T	T						.							T																	T	T	S														T	T		.
Template Predicted Secondary structure																										.																																											.
Template SS confidence
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.		.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.		.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
		842	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	I	A	L	K	R	D	D	M	T	A	E	L	L	N	L	W	H	L	T	G	Q	A	D	K	A	A	D	I	L	A	T	R	K	F	H	P	W	E	G	G	E	G	K	V	T	S	Q	F	I	L	N	Q	L	L	R	A	W	Q	H	L	D	A	R	Q	P	Q	Q	A	C	E	L	L	H	A	A	L	H	Y	P
Query Conservation
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Template Sequence		T	M	D	P	Q	F	G	P	A	W	I	G	F	A	H	S	F	A	I	E	G	E	H	D	Q	A	I	S	A	Y	T	T	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	F	Q	G	T	H	L	P	Y	L	F	L	G	M	Q	H	M	Q	L	G	N	I	L	L	A	N	E	Y	L	Q	S	S	Y	A	L	.
Template Known Secondary structure					T	T																T														.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T	T		S														T																.
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Template SS confidence
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.										.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
		922	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	N	L	S	E	G	R	L	P	G	Q	T	D	N	D	I	W	F	W	Q	A	I	C	A	N	A	Q	G	D	E	T	E	A	T	R	C	L	R	L	A	A	T	G	D	R	T	I	N	I	H	S	Y	Y	N	D	Q	P	V	D	Y	L	F	W	Q	G	M	A	L	R	L	L	G	E	Q	Q	T	A	Q	Q	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	Q	Y	D	P	L	L	L	N	E	L	G	V	V	A	F	N	K	S	D	M	Q	T	A	I	N	H	F	Q	N	A	L	L	L	V	K	K	T	Q	S	.	.	.	N	E	K	P	W	A	A	T	W	A	N	L	G	H	A	Y	R	K	L	K	M	Y	D	A	A	I	D	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																		T	T																			S			.	.	.		S	G	G	G														T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.
Template SS confidence
											471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510				.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.
		1002	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	S	E	M	K	Q	W	A	Q	E	M	A	K	T	S	I	E	A	D	F	F	A	V	S	Q	P	D	L	L	S	L	Y	G	D	L	Q	Q	Q	H	K	E	K	C	L	M	V	A	M	L	A	S	A	G	L	G	E	V	A	Q	Y	E	S	A	R	A	E	L	T	A	I	N	P	A	W	P	K	A	A	L	F
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	N	Q	G	L	L	L	S	T	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	N	V	H	T	A	I	A	L	V	Y	L	H	K	K	I	P	G	L	A	I	T	H	L	H	E	S	L	A	I	S	P	N	E	I	M	A	S	D	L
Template Known Secondary structure									S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															T	T																	T	T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		539	540	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		1082	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	T	V	M
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	K	R	A
Template Known Secondary structure					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		590	.	.	.