Job Description P76585 Confidence 99.83% Date Thu Jan 5 12:24:52 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 523 % Identity 13% Template c1xi4D_ PDB info PDB header:endocytosis/exocytosis Chain: D: PDB Molecule:clathrin heavy chain; PDBTitle: clathrin d6 coat Resolution 7.90 Å

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		452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.		.	.	.	.	.	500	.	.							.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.
Predicted Secondary structure																																													.									.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Query SS confidence																																													.									.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Query Sequence		L	A	A	Q	D	I	T	S	T	D	E	A	W	F	I	G	Q	H	L	E	Q	Y	H	H	A	S	R	S	P	F	D	Y	Y	L	R	G	V	A	L	D	P	L	D	.	Y	R	C	N	L	A	L	A	.	.	.	.	.	.	M	L	E	Y	N	R	A	D	F	P	Q	A	V	A	Y	A	T	Q	A	.	.	.
Query Conservation																																													.									.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Alig confidence																			.																										.									.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Template Conservation																			.
Template Sequence		L	D	N	S	V	F	S	E	H	R	N	L	Q	N	L	L	I	.	L	T	A	I	K	A	D	R	T	R	V	M	E	Y	I	N	R	L	D	N	Y	D	A	P	D	I	A	N	I	A	I	S	N	E	L	F	E	E	A	F	A	I	F	R	K	F	D	V	N	T	S	A	V	Q	V	L	I	E	H	I	G	N
Template Known Secondary structure		T		S	S	S	S												.																				S	S													T												T	T												S
Template Predicted Secondary structure																			.
Template SS confidence
		1013	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.		1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.
		522	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	K	R	A	H	A	L	N	K	N	P	Q	C	G	Q	A	S	L	I	R	A	S	A	Y	E	R	Q	G	Q	Y	Q	Q	A	E	E	D	F	W	R	A	V	W	S	G	N	S	K	A	G	G	Y	Y	G	L	A	R	L	A	A	R	N	G	N	F	D	A	G	L	D	F	C	Q	Q	S	L	R	A	C	P	T
Query Conservation
Alig confidence																																										.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.
Template Sequence		L	D	R	A	Y	E	F	A	E	R	C	N	E	P	A	V	W	S	Q	L	A	K	A	Q	L	Q	K	G	M	V	K	E	A	I	D	S	Y	I	K	A	.	.	.	.	.	D	D	P	S	S	Y	M	E	V	V	Q	A	A	N	T	S	G	N	W	E	E	L	V	K	Y	L	Q	M	A	R	K	K	A	R	E
Template Known Secondary structure											T		S		T															S	T	T	T							T	S	.	.	.	.	.							T									T	T													T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1092	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.						.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.
		602	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	Q	E	V	L	C	L	H	N	L	L	L	V	L	S	G	R	Q	D	N	A	R	V	Q	R	E	K	L	L	R	D	Y	P	L	N	A	T	L	W	W	L	N	W	F	D	G	R	S	E	S	A	L	A	Q	W	R	G	L	C	Q	G	R	D	V	N	A	L	M	T	A	G	Q	L	I	N	W	G	M	P	T
Query Conservation
Alig confidence		.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	S	Y	V	E	T	E	L	I	F	A	L	A	K	T	N	R	L	A	E	L	E	E	F	I	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	P	N	N	A	H	I	Q	Q	V	G	D	R	C	Y	D	E	K
Template Known Secondary structure		.	T	T											S	S	S											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S				S													T
Template Predicted Secondary structure		.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			1167	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		682	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	A	E	M	L	N	A	L	D	C	Q	R	T	L	P	L	Y	L	Q	A	S	L	L	P	K	A	E	R	G	E	L	V	A	K	A	I	D	V	F	P	Q	F	V	R	F	P	N	T	L	E	E	V	A	A	L	E	S	I	E	E	C	W	F	A	R	H	L	L	A	C	F	Y	Y	N	K	R	S	Y	N
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.
Template Sequence		M	Y	D	A	A	K	L	L	Y	N	N	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	N	F	G	R	L	A	S	T	L	V	H	L	G	E	Y	Q	A	A	V	D	G	A	R	K	A	.	.	.	.	.	N	S	T	R	T	W	K	E	V	C	F	A	C	V	D	G	K	E	F	R
Template Known Secondary structure												T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T												T	T												T	.	.	.	.	.	T	S	S		T											T	T
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.						.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.
		762	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.		.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840
Predicted Secondary structure																																																																		.
Query SS confidence																																																																		.
Query Sequence		K	A	I	A	F	W	Q	R	C	V	E	M	S	P	E	F	A	D	G	W	R	G	L	A	I	H	A	W	N	K	Q	H	D	Y	E	L	A	A	R	Y	L	D	N	A	Y	Q	L	A	P	Q	D	A	R	L	L	F	E	R	D	L	L	D	K	L	.	S	G	A	T	P	E	K	R	L	A	R	L	E	N	N
Query Conservation																																																																		.
Alig confidence				.	.	.	.																			.																																								.
Template Conservation				.	.	.	.																			.
Template Sequence		L	A	.	.	.	.	Q	M	C	G	L	H	I	V	V	H	A	D	E	L	E	E	L	I	.	N	Y	Y	Q	D	R	G	Y	F	E	E	L	I	T	M	L	E	A	A	L	G	L	E	R	A	H	M	G	M	F	T	E	L	A	I	L	Y	S	K	F	K	P	Q	K	M	R	E	H	L	E	L	F	W	S	R
Template Known Secondary structure				.	.	.	.			T		S												S	S	.	S					T	T										T	T	T	T	T	S	S	S																		G	G	G					T	T	S	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.																			.
Template SS confidence
		1268	.					1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.		.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.
		841	.	.	.	.	.	.	.	.	850						.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.
Query Sequence		L	E	I	A	L	K	R	D	D	M	.	.	.	.	.	T	A	E	L	L	N	L	W	H	L	T	G	Q	A	D	K	A	A	D	I	L	A	T	R	K	F	H	P	W	E	G	G	E	G	K	V	T	S	Q	F	I	L	N	Q	L	L	R	A	W	Q	H	L	D	A	R	Q	P	Q	Q	A	C	E	L	L	H
Query Conservation												.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	N	I	P	K	V	L	R	A	A	E	Q	A	H	L	W	A	E	L	V	F	L	Y	D	K	Y	E	E	Y	D	N	A	I	I	T	M	M	N	H	P	T	D	A	W	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	Q	F	K	D	I	I	T	K	V	A	N	V	E	L	Y	Y	R	A	I	Q
Template Known Secondary structure		S		S											T												T	T												S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T										S	S	T
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1343	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.														.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		916	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	A	L	H	Y	P	E	N	L	S	E	G	R	L	P	G	Q	T	D	N	D	I	W	F	W	Q	A	I	C	A	N	A	Q	G	D	E	T	E	A	T	R	C	L	R	L	A	A	T	G	D	R	T	I	N	I	H	S	Y	Y	N	D	Q	P	V	D	Y	L	F	W	Q	G	M	A	L	R	L	L	G	E	Q
Query Conservation
Alig confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	Y	L	E	F	K	P	L	L	L	N	D	L	L	M	V	L	S	P	R	L	D	H	T	R	A	V	N	Y	F	S	K	V	K	Q	L	P	L	V	K	P	Y	L	R	S	V	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	H	N	N	K	S	V	N	E	S	L	N	N	L	F	I	T	E	E	D	Y
Template Known Secondary structure						T		S	T	T								T	S	S	S													T	S		T	T	T	S								G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G																T	T
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.													.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.
		996	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.							.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																						.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	T	A	Q	Q	L	F	S	E	M	K	Q	W	A	Q	E	M	A	K	T	S	I	E	A	D	F	F	A	V	S	Q	P	D	L	L	S	L	Y	G	D	L	Q	Q	Q	H	K	E	K	C	L	M	V	A	M	L	A	S	A	G	L	G	E	V	A	Q	Y	E	S	.	.	.	.	.	.	A	R	A	E	L	T
Query Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	A	L	R	T	S	I	D	A	Y	D	N	F	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	S	L	A	Q	R	L	E	K	H	E	L	I	E	F	R	R	I	A	A	Y	L	F	K	G	N	N	R	W	K	Q	S	V	E	L	C	K	K	D	S	L	Y	K	D	A	M
Template Known Secondary structure														S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T		S	S												T	T	S	S												T
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1478	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	1500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.
		1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	I	N	P	A	W	P	K	A	A	L	F	T	T	V	M	P	F	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Q	Y	A	S	E	S	K	D	T	E	L	A	E	E	L	L	Q	W	F
Template Known Secondary structure								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1539	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.