Job Description P07813 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:33 GMT 2012 Rank 19 Aligned Residues 342 % Identity 24% Template d1pfva2 SCOP info Adenine nucleotide alpha hydrolase-like Nucleotidylyl transferase Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS), catalytic domain Resolution 1.70

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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	E	K	Y	Y	C	L	S	M	L	P	Y	P	S	G	R	L	H	M	G	H	V	R	N	Y	T	I	G	D	V	I	A	R	Y	Q	R	M	L	G	K	N	V	L	Q	P	I	G	W	D	A	F	G	L	P	A	E	G	A	A	V	K	N	N	T	A	P	A	P	W	T	Y	D	N	I	A	Y	M	K	N	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	K	K	I	L	V	T	C	A	L	P	Y	A	N	G	S	I	H	L	G	H	M	L	E	H	I	Q	A	D	V	W	V	R	Y	Q	R	M	R	G	H	E	V	N	F	I	C	A	D	D	A	H	G	T	P	I	M	L	K	A	Q	Q	L	G	I	T	P	E	Q	M	I	G	E	M	S	Q	E	H	Q	T	D
Template Known Secondary structure													B	T	T	S			B																				T	T										B			S											T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	K	M	L	G	F	G	Y	D	W	S	R	E	L	A	T	C	T	P	E	Y	Y	R	W	E	Q	K	F	F	T	E	L	Y	K	K	G	L	V	Y	K	K	T	S	A	V	N	W	C	P	N	D	Q	T	V	L	A	N	E	Q	V	I	D	G	C	C	W	R	C	D	T	K	V	E	R	K	E	I	P	Q	W
Query Conservation
Alig confidence											.	.																																																		.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.																																																		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	A	G	F	N	I	S	Y	D	.	.	N	Y	H	S	T	H	S	E	E	N	R	Q	L	S	E	L	I	Y	S	R	L	K	E	N	G	F	I	K	N	R	T	I	S	Q	L	Y	D	P	E	K	G	M	F	L	P	D	R	F	V	.	.	.	.	.	.	V	S	G	A	T	P	V	M	R	D	S	E	H	F
Template Known Secondary structure					T	T				S	.	.					S	S	S																	T	T													T	T	T	T					T	T			.	.	.	.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure											.	.																																																		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.			.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.							.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	I	K	I	T	A	Y	A	D	E	L	L	N	D	L	D	K	L	D	H	W	P	D	T	V	K	T	M	Q	R	N	W	I	G	R	S	E	G	V	E	I	T	F	N	V	N	D	Y	D	N	T	L	T	V	Y	T	T	R	P	D	T	F	M	G	C	T	Y	L	A	V	A	A	G	H	P	L	A	Q	K	A
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	F	D	L	P	S	F	S	E	M	L	Q	A	W	T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					G	G	G	G									T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		191	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	N	N	P	E	L	A	A	F	I	D	E	C	R	N	T	K	V	A	E	A	E	M	A	T	M	E	K	K	G	V	D	T	G	F	K	A	V	H	P	L	T	G	E	E	I	P	V	W	A	A	N	F	V	L	M	E	Y	G	T	G	A	V	M	A	V	P	G	H	D	Q	R	D	Y	E	F	A	S	K
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.		.	.	.	430
Predicted Secondary structure																																																																													.
Query SS confidence																																																																													.
Query Sequence		Y	G	L	N	I	K	P	V	I	L	A	A	D	G	S	E	P	D	L	S	Q	Q	A	L	T	E	K	G	V	L	F	N	S	G	E	F	N	G	L	D	H	E	A	A	F	N	A	I	A	D	K	L	T	A	M	G	V	G	E	R	K	V	N	Y	R	L	R	D	W	G	V	S	R	Q	R	.	Y	W	G	A
Query Conservation																																																																													.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	A	L	Q	E	Q	V	A	N	K	M	Q	E	W	F	E	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	Q	Q	W	D	I	S	R	D	A	P	Y	F	G	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S		S															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																						207	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.											.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
		431	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.					.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.
Query SS confidence																																																																										.	.	.	.
Query Sequence		P	I	P	M	V	T	L	E	D	G	T	V	M	P	T	P	D	D	Q	L	P	V	I	L	P	E	D	V	V	M	D	G	I	T	S	P	I	K	A	D	P	E	W	A	K	T	T	V	N	G	M	P	A	L	R	E	T	D	T	F	D	T	F	M	E	S	S	W	Y	Y	A	R	.	.	.	.	Y	T	C	P
Query Conservation																																																																										.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	I	P	N	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	G	K	Y	F	Y	V	W	L	D	A	P	I	G	Y	M	G	S	F	K	N	L	C	D	K
Template Known Secondary structure		B		T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		241	.	.	.	.																																																			.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270
		507	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	Y	K	E	G	M	L	D	S	E	A	A	N	Y	W	L	P	V	D	I	Y	I	G	G	I	E	H	A	I	M	H	L	L	Y	F	R	F	F	H	K	L	M	R	D	A	G	M	V	N	S	D	E	P	A	K	Q	L	L	C	Q	G	M	V	L	A	D	A	F	Y	Y	V	G	E	N	G	E	R	N	W	V
Query Conservation
Alig confidence																																				.	.									.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.									.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	G	D	S	V	S	F	D	E	Y	W	K	K	D	S	T	A	E	L	Y	H	F	I	G	K	D	I	V	Y	F	H	S	L	F	.	.	W	P	A	M	L	E	G	S	.	.	.	.	.	N	F	R	K	P	S	N	L	F	V	H	G	Y	V	T	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T		S	S							B	T	T			S								G	G	G						T		.	.								T	.	.	.	.	.	T	B				S											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																				.	.									.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		271	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.			.	.	.	.	.	310	.	.						.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
		587	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.		650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.
Query SS confidence																																																																	.
Query Sequence		S	P	V	D	A	I	V	E	R	D	E	K	G	R	I	V	K	A	K	D	A	A	G	H	E	L	V	Y	T	G	M	S	K	M	S	K	S	K	N	N	G	I	D	P	Q	V	M	V	E	R	Y	G	A	D	T	V	R	L	F	M	M	F	A	.	S	P	A	D	M	T	L	E	W	Q	E	S	G	V	E	G
Query Conservation																																																																	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	G	A	K	M	S	K	S	R	G	T	F	I	K	A	S	T	W	L	N	H	F	D	A	D	S	L	R	Y	Y	Y	T	A	K	L	S	S	R	I	D	D	I	D	L	N	L	E	D	F	V	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	B	S			T	T	T	T				B								S															S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																															329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		666	.	.			.	670	.	.
Predicted Secondary structure					.	.
Query SS confidence					.	.
Query Sequence		A	N	R	.	.	F	L	K	R
Query Conservation					.	.
Alig confidence					.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	V	N	A	D	I	V	N	K
Template Known Secondary structure							T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		380	.	.	.	.	.	.	.	.