Job Description P07813 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:33 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 432 % Identity 28% Template c2ct8A_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: A: PDB Molecule:methionyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of aquifex aeolicus methionyl-trna2 synthetase complexed with trna(met) and methionyl-adenylate3 anologue Resolution 2.70 Å

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		33	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	K	Y	Y	C	L	S	M	L	P	Y	P	S	G	R	L	H	M	G	H	V	R	N	Y	T	I	G	D	V	I	A	R	Y	Q	R	M	L	G	K	N	V	L	Q	P	I	G	W	D	A	F	G	L	P	A	E	G	A	A	V	K	N	N	T	A	P	A	P	W	T	Y	D	N	I	A	Y	M	K	N	Q	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	K	F	Y	V	T	T	P	I	Y	Y	V	N	D	V	P	H	L	G	H	A	Y	T	T	I	A	A	D	T	I	A	R	Y	Y	R	L	R	D	Y	D	V	F	F	L	T	G	T	D	E	H	G	L	K	I	Q	K	K	A	E	E	L	G	I	S	P	K	E	L	V	D	R	N	A	E	R	F	K	K	L	W
Template Known Secondary structure													S	S	S																							T	T													S	S									T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		113	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	M	L	G	F	G	Y	D	W	S	R	E	L	A	T	C	T	P	E	Y	Y	R	W	E	Q	K	F	F	T	E	L	Y	K	K	G	L	V	Y	K	K	T	S	A	V	N	W	C	P	N	D	Q	T	V	L	A	N	E	Q	V	I	D	G	C	C	W	R	C	D	T	K	V	E	R	K	E	I	P	Q	W	F
Query Conservation
Alig confidence											.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	F	L	K	I	E	Y	T	K	.	.	F	I	R	T	T	D	P	Y	H	V	K	F	V	Q	K	V	F	E	E	C	Y	K	R	G	D	I	Y	L	G	E	Y	E	K	E	P	S	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F
Template Known Secondary structure				T	T				S		.	.				T	T	S																	T	T	S													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
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		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	K	I	T	A	Y	A	D	E	L	L	N	D	L	D	K	L	D	H	W	P	D	T	V	K	T	M	Q	R	N	W	I	G	R	S	E	G	V	E	I	T	F	N	V	N	D	Y	D	N	T	L	T	V	Y	T	T	R	P	D	T	F	M	G	C	T	Y	L	A	V	A	A	G	H	P	L	A	Q	K	A	A
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	R	L	S	K	Y	Q	D	K	L	L	E	L	Y	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				G	G	G	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	N	N	P	E	L	A	A	F	I	D	E	C	R	N	T	K	V	A	E	A	E	M	A	T	M	E	K	K	G	V	D	T	G	F	K	A	V	H	P	L	T	G	E	E	I	P	V	W	A	A	N	F	V	L	M	E	Y	G	T	G	A	V	M	A	V	P	G	H	D	Q	R	D	Y	E	F	A	S	K	Y
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.				.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.
Query SS confidence																																																																												.	.	.
Query Sequence		G	L	N	I	K	P	V	I	L	A	A	D	G	S	E	P	D	L	S	Q	Q	A	L	T	E	K	G	V	L	F	N	S	G	E	F	N	G	L	D	H	E	A	A	F	N	A	I	A	D	K	L	T	A	M	G	V	G	E	R	K	V	N	Y	R	L	R	D	W	G	V	S	R	Q	R	.	.	.	Y	W	G
Query Conservation																																																																												.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	N	P	E	F	I	Q	P	D	Y	R	R	N	E	I	I	S	F	V	K	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	K	D	L	S	V	T	R	P	R	S	R	V	K	W	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	G	G	G	B		S											T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T	T			S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.											200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	P	I	P	M	V	T	L	E	D	G	T	V	M	P	T	P	D	D	Q	L	P	V	I	L	P	E	D	V	V	M	D	G	I	T	S	P	I	K	A	D	P	E	W	A	K	T	T	V	N	G	M	P	A	L	R	E	T	D	T	F	D	T	F	M	E	S	S	W	Y	Y	A	R	Y	T	C	P	Q	Y	K
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	P	V	P	F	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	H	T	I	Y	V	W	F	D	A	L	F	N	Y	I	S	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			B		T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T											T					.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		217	.	.	220	.	.																																																			.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	G	M	L	D	S	E	A	A	N	Y	W	L	P	V	D	I	Y	I	G	G	I	E	H	A	I	M	H	L	L	Y	F	R	F	F	H	K	L	M	R	D	A	G	M	V	N	S	D	E	P	A	K	Q	L	L	C	Q	G	M	V	L	A	D	A	F	Y	Y	V	G	E	N	G	E	R	N	W	V	S	P	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																													.	.									.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.																													.	.									.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	A	L	E	D	K	V	E	I	Y	W	P	A	D	L	H	L	V	G	K	D	I	L	R	F	H	T	V	Y	.	.	W	P	A	F	L	M	S	L	.	.	.	.	.	G	Y	E	L	P	K	K	V	F	A	H	G	W	W	T	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	T	T	T	T							S		S						G	G	G						T		.	.									.	.	.	.	.	T					S										S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																													.	.									.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
					240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.			.	.	270	.	.	.	.	.						.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
		590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																	.
Query SS confidence																																																																																	.
Query Sequence		D	A	I	V	E	R	D	E	K	G	R	I	V	K	A	K	D	A	A	G	H	E	L	V	Y	T	G	M	S	K	M	S	K	S	K	N	N	G	I	D	P	Q	V	M	V	E	R	Y	G	A	D	T	V	R	L	F	M	M	F	A	S	P	A	D	M	T	L	E	W	Q	E	S	G	V	E	G	A	N	R	.
Query Conservation																																																																																	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	K	K	M	S	K	T	L	G	N	V	V	D	P	Y	E	V	V	Q	E	Y	G	L	D	E	V	R	Y	F	L	L	R	E	V	P	F	G	Q	D	G	D	F	S	K	K	A	I	L	N	R	I	N	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S				T	T	T	T																								S	S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																												292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
			669	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	F	L	K	R	V	W	K	L	V	Y	E	H	T	A	K	G	D	V	A	A	L	N	V	D	A	L	T	E	N	Q	K	A	L	R	R	D	V	H	K	T	I	A	K	V	T	D	D	I	G	R	R	Q	T	F	N	T	A	I	A	A	I	M	E	L	M	N	K	L	A	K	A	P	T	D	G	E	Q	D	R
Query Conservation		.
Alig confidence		.																		.																																						.
Template Conservation																				.																																						.
Template Sequence		E	L	A	N	E	I	G	N	L	Y	S	R	V	V	N	M	A	H	.	K	F	L	G	G	E	V	S	G	A	R	D	E	E	Y	A	K	I	A	Q	E	S	I	K	N	Y	E	N	Y	M	E	K	V	N	F	Y	K	.	A	I	E	E	I	L	K	F	T	S	Y	L	N	K	Y	V	D	E	K	Q	P	W	A
Template Known Secondary structure		T	T	T	T	T														.			S	T	T																										T	T	T					.
Template Predicted Secondary structure																				.																																						.
Template SS confidence
		346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.		.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400		.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
																748	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	M	Q	E	A	L	L	A	V	V	R	M	L	N	P	F	T	P	H	I	C	F	T	L	W	Q	E	L	K	G	E	G	D	I	D	N	A	P	W	P	V	A	D	E	K	A	M	V	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	N	K	E	R	K	K	E	E	L	Q	K	V	L	Y	A	L	V	D	G	L	F	V	L	T	H	L	L	Y	P	I	T	P	N	K	M	K	E	A	L	Q	M	L	G	E	K	E	F	L	K	E	L	K	P	Y	S	K	N	T	Y	K	L	G	E
Template Known Secondary structure			T	T	T	T																								T	T	T	S											T	T		S	S			S	S			T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.