Job Description P07813 Confidence 99.32% Date Thu Jan 5 11:00:33 GMT 2012 Rank 50 Aligned Residues 287 % Identity 23% Template c2cfoA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:glutamyl-trna synthetase; PDBTitle: non-discriminating glutamyl-trna synthetase from2 thermosynechococcus elongatus in complex with glu Resolution 2.45 Å

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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	P	Y	P	S	G	R	L	H	M	G	H	V	R	N	Y	T	I	G	D	V	I	A	R	Y	Q	R	M	L	G	K	N	V	L	Q	P	I	G	W	D	A	F	G	L	P	A	E	G	A	A	V	K	N	N	T	A	P	A	P	W	T	Y	D	N	I	A	Y	M	K	N	Q	L	K	M	L	G	F	G	Y	D
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
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Template Known Secondary structure					T	T	S			B																.	.	.	.	.		T	T											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	S																T	T				S
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.						.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.														.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	S	R	E	L	A	T	C	T	P	E	Y	Y	R	W	E	Q	K	F	F	T	E	L	Y	K	K	G	L	V	Y	K	K	T	S	A	V	N	W	C	P	N	D	Q	T	V	L	A	N	E	Q	V	I	D	G	C	C	W	R	C	D	T	K	V	E	R	K	E	I	P	Q	W	F	I	K	I	T	A	Y	A	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	E	G	P	Y	F	Q	S	D	R	L	D	L	Y	R	Q	A	I	Q	T	L	L	D	K	G	L	A	Y	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	Y	C	T	P	E	E	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.						G	G	G															T	T	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
					70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.													.	.	100	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	L	L	N	D	L	D	K	L	D	H	W	P	D	T	V	K	T	M	Q	R	N	W	I	G	R	S	E	G	V	E	I	T	F	N	V	N	D	Y	D	N	T	L	T	V	Y	T	T	R	P	D	T	F	M	G	C	T	Y	L	A	V	A	A	G	H	P	L	A	Q	K	A	A	E	N	N	P	E	L	A	A
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		281	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	I	D	E	C	R	N	T	K	V	A	E	A	E	M	A	T	M	E	K	K	G	V	D	T	G	F	K	A	V	H	P	L	T	G	E	E	I	P	V	W	A	A	N	F	V	L	M	E	Y	G	T	G	A	V	M	A	V	P	G	H	D	Q	R	D	Y	E	F	A	S	K	Y	G	L	N	I	K	P	V	I
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	A	D	G	S	E	P	D	L	S	Q	Q	A	L	T	E	K	G	V	L	F	N	S	G	E	F	N	G	L	D	H	E	A	A	F	N	A	I	A	D	K	L	T	A	M	G	V	G	E	R	K	V	N	Y	R	L	R	D	W	G	V	S	R	Q	R	Y	W	G	A	P	I	P	M	V	T	L	E	D	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	R	A	E	Q	K	A	K	G	Q	A	.	.	.	P	R	Y	D	N	R	H	R	H	L	T	P	E	E	Q	A	A	F	E	A	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	T	P	V	I	R	F	K	I	E	D	D	R	Q	.	I	E	W	Q	D	L	V	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.										T			.	.	.	S	S				T	T	T	T												T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T			.						T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template SS confidence
											107	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.				.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140												.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.		.	.	.	.	.	160	.	.
		441	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	V	M	P	T	P	D	D	Q	L	P	V	I	L	P	E	D	V	V	M	D	G	I	T	S	P	I	K	A	D	P	E	W	A	K	T	T	V	N	G	M	P	A	L	R	E	T	D	T	F	D	T	F	M	E	S	S	W	Y	Y	A	R	Y	T	C	P	Q	Y	K	E	G	M	L	D	S	E	A	A	N	Y
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	R	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	W	Q	G	A	D	L	G	G	D	M	V	I	A	R	A	A	P	R	G	E	I	G	Y	P	L	Y	N	L	V	V	V	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	I
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				G	G	G	G		S	S						S			T	T	S				B										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		163	.	.																													.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.														200	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	L	P	V	D	I	Y	I	G	G	I	E	H	A	I	M	H	L	L	Y	F	R	F	F	H	K	L	M	R	D	A	G	M	V	N	S	D	E	P	A	K	Q	L	L	C	Q	G	M	V	L	A	D	A	F	Y	Y	V	G	E	N	G	E	R	N	W	V	S	P	V	D	A	I	V	E	R	D	E	K	G	R
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.																	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.																	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	M	G	I	T	D	V	I	R	G	E	D	H	I	G	N	.	.	.	.	.	.	.	T	P	K	Q	I	L	L	Y	E	A	L	G	A	T	P	P	.	.	N	F	A	H	T	P	L	I	L	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T		S						G	G	G	T	T		.	.	.	.	.	.	.											T	T					.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.																	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.								.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.			.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
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Predicted Secondary structure																																																		.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.	.
Query Sequence		I	V	K	A	K	D	A	A	G	H	E	L	V	Y	T	G	M	S	K	M	S	K	S	K	N	N	G	I	D	P	Q	V	M	V	E	R	Y	G	A	D	T	V	R	L	F	M	M	F	.	.	.	A	S	P	A	D	M	T	L	E	W	Q	E	S	G	V	E	G
Query Conservation																																																		.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	G	Q	K	L	S	K	R	D	G	V	T	S	I	S	D	F	R	A	M	G	Y	L	A	P	A	L	A	N	Y	M	T	L	L	G	W	S	P	P	E	G	V	G	E	L	F	T	L	D	L	A	A	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	S	B			T	T	S	S			B							T	T													T	T	B				T	T	T		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.