Job Description P07813 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:33 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 665 % Identity 26% Template c1gaxB_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: B: PDB Molecule:valyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of thermus thermophilus valyl-trna2 synthetase complexed with trna(val) and valyl-adenylate3 analogue Resolution 2.90 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	Q	E	Q	Y	R	P	E	E	I	E	S	K	V	Q	L	H	W	D	E	K	R	T	F	E	V	T	E	D	E	S	K	E	K	Y	Y	C	L	S	M	L	P	Y	P	S	G	R	L	H	M	G	H	V	R	N	Y	T	I	G	D	V	I	A	R	Y	Q	R	M	L	G	K	N	V	L	Q	P	I	G	W	D
Query Conservation
Alig confidence																											.
Template Conservation																											.
Template Sequence		L	P	K	A	Y	D	P	K	S	V	E	P	K	W	A	E	K	W	A	K	N	P	F	V	A	.	N	P	K	S	G	K	P	P	F	V	I	F	M	P	P	P	N	V	T	G	S	L	H	M	G	H	A	L	D	N	S	L	Q	D	A	L	I	R	Y	K	R	M	R	G	F	E	A	V	W	L	P	G	T	D
Template Known Secondary structure				S	S			G	G	G	T											S					.		S	S		S	S											B	S	S	S																							T	T	S									B
Template Predicted Secondary structure																											.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.		.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	F	G	L	P	A	E	G	A	A	V	K	N	N	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	P	W	T	Y	D	N	I	A	Y	M	K	N	Q	L	K	M	L	G	F	G	Y	D	W	S	R	E	L	A	T	C	T	P	E	Y	Y	R	W	E	Q	K	F	F	T	E	L	Y
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	A	G	I	A	T	Q	V	V	V	E	R	L	L	L	K	E	G	K	T	R	H	D	L	G	R	E	K	F	L	E	R	V	W	Q	W	K	E	E	S	G	G	T	I	L	K	Q	L	K	R	L	G	A	S	A	D	W	S	R	E	A	F	T	M	D	E	K	R	S	R	A	V	R	Y	A	F	S	R	Y	Y
Template Known Secondary structure				T									T	T	T	T	T	T	S	S			S																													T	T					G	G	G				T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	K	G	L	V	Y	K	K	T	S	A	V	N	W	C	P	N	D	Q	T	V	L	A	N	E	Q	V	I	D	G	C	C	W	R	C	D	T	K	V	E	R	K	E	I	P	Q	W	F	I	K	I	T	A	Y	A	D	E	L	L	N	D	L	D	K	L	D	H	W	P	D	T	V	K	T	M	Q	R	N	W	I
Query Conservation
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	E	G	L	A	Y	R	A	P	R	L	V	N	W	C	P	R	C	E	T	T	L	S	D	L	E	V	E	T	E	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T	S	S											B	T	T	T	T	B				G	G	G						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	R	S	E	G	V	E	I	T	F	N	V	N	D	Y	D	N	T	L	T	V	Y	T	T	R	P	D	T	F	M	G	C	T	Y	L	A	V	A	A	G	H	P	L	A	Q	K	A	A	E	N	N	P	E	L	A	A	F	I	D	E	C	R	N	T	K	V	A	E	A	E	M	A	T	M	E	K	K	G	V	D
Query Conservation
Alig confidence																.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	P	G	K	L	Y	T	L	R	Y	E	V	E	G	.	G	G	F	I	E	I	A	T	V	R	P	E	T	V	F	A	D	Q	A	I	A	V	H	P	E	D	E	R	Y	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	L
Template Known Secondary structure														S	S	.	S								S		S	G	G	G	T	T								T	T	G	G	G	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.		.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.																																		.	.
		305	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.																	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	G	F	K	A	V	H	P	L	T	G	E	E	I	P	V	W	A	A	N	F	V	L	M	E	Y	G	T	G	A	V	M	A	V	P	G	H	D	Q	R	D	Y	E	F	A	S	K	Y	G	L	N	I	K	P	V	I	L	A	A	D	G	S	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P
Query Conservation																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	G	K	R	A	R	I	P	L	T	E	V	W	I	P	I	L	A	D	P	A	V	E	K	D	F	G	T	G	A	L	K	V	T	P	A	H	D	P	L	D	Y	E	I	G	E	R	H	G	L	K	P	V	S	V	I	N	L	E	G	R	M	E	G	E	R	V	P	E	A	L	R	G	L	D	R	F	E	A	R
Template Known Secondary structure		S	S						T	T	S										T	T			T	T	S	S	S	S						T	T	T																		S	B		T	T	S		B			S	S	S		T	T	T	S	S	S		S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
		369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.															390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.			.	.	.															.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	L	S	Q	Q	A	L	T	E	K	G	V	L	F	N	S	G	E	F	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	H	E	A	A	F	N	A	I	A	D	K	L	T	A	M	G	V	G	E	R	K	.	.	V	N	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	R
Query Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	K	A	V	E	L	F	R	E	A	G	H	L	V	K	E	E	D	Y	T	I	A	L	A	T	C	S	R	C	G	T	P	I	E	Y	A	I	F	P	Q	W	W	L	R	M	R	P	L	A	E	E	V	L	K	G	L	R	R	G	D	I	A	F	V	P	E	R	W	K	K	V	N	M	D	W	L	E	N	V	K
Template Known Secondary structure					T					T	T	T																T	T	T			B																											T		S			S	S	S	T											T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
		419	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																	.
Query SS confidence																																																																																	.
Query Sequence		D	W	G	V	S	R	Q	R	Y	W	G	A	P	I	P	M	V	T	L	E	D	G	T	V	M	P	T	P	D	D	Q	L	P	V	I	L	P	E	D	V	V	M	D	G	I	T	S	P	I	K	A	D	P	E	W	A	K	T	T	V	N	G	M	P	A	L	R	E	T	D	T	F	D	T	F	M	E	S	S	.
Query Conservation																																																																																	.
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	W	N	I	S	R	Q	L	W	W	G	H	Q	I	P	A	W	Y	C	E	D	C	Q	A	V	N	V	P	R	P	E	R	Y	L	E	D	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	C	E	A	C	G	S	P	R	L	K	R	D	E	D	V	F	D	T	W	F	S	S	A	L
Template Known Secondary structure										S	S	S		B							T	T	T								G	G	G	T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S		T	T	T			S								B								T	S
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.
		498	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	Y	Y	A	R	Y	T	C	P	Q	Y	K	E	G	M	L	D	S	E	A	A	N	Y	W	L	P	V	D	I	Y	I	G	G	I	E	H	A	I	M	H	L	L	Y	F	R	F	F	H	K	L	M	R	D	A	G	M	V	N	S	D	E	P	A	K	Q	L	L	C	Q	G	M	V	L	A	D	A	F	Y	Y	V
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.
Template Sequence		W	P	L	S	T	L	G	W	P	E	E	T	E	D	L	.	.	.	.	.	.	K	A	F	Y	P	G	D	V	L	V	T	G	Y	D	I	L	F	L	.	.	.	.	.	.	W	V	S	R	M	E	V	S	G	Y	H	F	M	G	E	R	P	F	K	T	V	L	L	H	G	L	V	L	D	E	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T	G	G	G	T	T	T	T	T		S			.	.	.	.	.	.			S		S								G	G	G	T	T	T	.	.	.	.	.	.	T										T	T	S	S	S		S													T	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.
Template SS confidence
		462	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.							.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.							.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	E	N	G	E	R	N	W	V	S	P	V	D	A	I	V	E	R	D	E	K	G	R	I	V	K	A	K	D	A	A	G	H	E	L	V	Y	T	G	M	S	K	M	S	K	S	K	N	N	G	I	D	P	Q	V	M	V	E	R	Y	G	A	D	T	V	R	L	F	M	M	F	A	S	P	A	D	M	T	L	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	Q	K	M	S	K	S	K	G	N	V	I	D	P	L	E	M	V	E	R	Y	G	A	D	A	L	R	F	A	L	I	Y	L	A	T	G	G	Q	D	I	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S		B			T	T	T	T												T															T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																								525	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.
		658	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	Q	E	S	G	V	E	G	A	N	R	F	L	K	R	V	W	K	L	V	Y	E	H	T	A	K	G	D	V	A	A	L	N	V	D	A	L	T	E	N	Q	K	A	L	R	R	D	V	H	K	T	I	A	K	V	T	D	D	I	G	R	R	Q	T	F	N	T	A	I	A	A	I	M	E	L	M	N	K	L	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	D	L	R	W	L	E	M	A	R	N	F	A	N	K	L	Y	N	A	A	R	F	V	L	L	S	R	E	G	F	Q	A	K	E	D	T	P	T	L	A	D	R	F	M	R	S	R	L	S	R	G	V	E	E	I	T	A	L	Y	E	A	L	D	L	A	Q	A	A	R	E	V	Y	E	L	V	W	S	E	F	C
Template Known Secondary structure				T																									T	T					B																											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		567	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.
		738	.	740	.	.	.	.	.	.	.										.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.					.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.
Query Sequence		K	A	P	T	D	G	E	Q	D	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	M	Q	E	A	L	L	A	V	V	R	M	L	N	P	F	T	P	H	I	C	F	T	L	W	Q	E	L	K	G	E	G	D	I	D	N	A	P	W	P	V	A	D	E	.	.	.	.	K	A	M	V	E	D	S	T	L	V	V	V
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	W	Y	L	E	A	A	K	P	A	L	K	A	G	N	A	H	T	L	R	T	L	E	E	V	L	A	V	L	L	K	L	L	H	P	M	M	P	F	L	T	S	E	L	Y	Q	A	L	T	G	K	E	E	L	A	L	E	A	W	P	E	P	G	G	R	D	E	E	A	E	R	A	F	E	A	L	K	Q	A	V
Template Known Secondary structure		T	T											T	T	B																			T	T	T	S															S		G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		647	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.
		805	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	V	N	G	K	V	R	A	K	I	T	V	P	V	D	A	T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	A	V	R	A	L	K	A	E	A	G	L	P	P	A	Q	E
Template Known Secondary structure												T			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		727	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.