Job Description P31677 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:48:33 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 418 % Identity 13% Template c3s29C_ PDB info PDB header:transferase Chain: C: PDB Molecule:sucrose synthase 1; PDBTitle: the crystal structure of sucrose synthase-1 from arabidopsis thaliana2 and its functional implications. Resolution 2.85 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.				.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.															.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.								.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	S	R	L	V	V	V	S	N	R	I	.	.	.	A	P	P	D	E	H	A	A	S	A	G	G	L	A	V	G	I	L	G	A	L	K	A	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	W	F	G	W	S	G	E	T	G	N	E	D	Q	P	L	K	.	.	.	.	.	.	.	K	V
Query Conservation													.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	F	N	V	V	I	L	S	P	H	G	Y	F	A	Q	D	N	V	L	G	Y	P	D	T	G	G	Q	V	V	Y	I	L	D	Q	V	R	A	L	E	I	E	M	L	Q	R	I	K	Q	Q	G	L	N	I	K	P	R	I	L	I	L	T	R	L	L	P	D	A	V	G	T	T	C	G	E	R	L	E	R	V	Y
Template Known Secondary structure			S								S	S				S	S	S		T	T	S	T	T		S																								T	T															T	T			S	S	S	T	T	S	S					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.
		57	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120		.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.
Query SS confidence																																																																		.
Query Sequence		K	K	G	N	I	T	W	A	S	F	N	L	S	E	Q	D	L	D	E	Y	Y	N	Q	F	S	N	A	V	L	W	P	A	F	H	Y	R	L	D	L	V	Q	F	Q	R	P	A	W	D	G	Y	L	R	V	N	A	L	L	A	D	K	L	L	P	L	.	L	Q	D	D	D	I	I	W	I	H	D	Y	H	L	L
Query Conservation																																																																		.
Alig confidence																			.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation																			.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	S	E	Y	C	D	I	L	R	V	P	F	R	T	E	K	G	.	I	V	R	K	W	I	S	R	F	E	V	W	P	Y	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	Y	T	E	D	A	A	V	E	L	S	K	E	L	N	G	K	P	D	L	I	I	G	N	Y	S	D	G	N
Template Known Secondary structure		T		S	S											T	T		.				S				G	G	G		G	G	G			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															S	S			S
Template Predicted Secondary structure																			.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		358	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.		.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		136	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.										.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.				.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.							.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	F	A	H	E	L	R	K	R	G	V	N	N	R	I	G	F	F	L	H	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	P	T	P	E	I	F	N	A	L	P	T	Y	D	T	L	L	.	.	.	E	Q	L	C	D	Y	D	L	L	G	F	Q	T	E	N	D	R	L	A	.	.	.	.	.	.	F	L	D	C
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.												.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.
Template Sequence		L	V	A	S	L	L	A	H	K	L	.	G	V	T	Q	C	T	I	A	H	A	L	E	K	T	K	Y	P	D	S	D	I	Y	W	K	K	L	D	D	K	Y	H	F	S	C	Q	F	T	A	D	I	F	A	M	N	H	T	D	F	I	I	T	S	T	F	Q	E	I	A	G	S	K	E	T	V	G	Q	Y	E	S
Template Known Secondary structure												.	T								S							S	T	T	T	T	T	T																								S	S					S		S							S	S	S			T	T	G	G
Template Predicted Secondary structure												.
Template SS confidence
		420	.	.	.	.	.	.	.	.	.		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.
		198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	S	N	L	T	R	V	T	T	R	S	A	K	S	H	T	A	W	G	K	A	F	R	T	E	V	Y	P	I	G	I	E	P	K	E	I	A	K	Q	A	A	G	P	L	P	P	K	L	A	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	A	E	L	K	N	V	Q	N	I	F	S
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.
Template Sequence		H	T	A	F	T	L	P	G	L	Y	R	V	V	H	G	I	D	V	F	D	P	.	K	F	N	I	V	S	P	G	A	D	M	S	I	Y	F	P	Y	T	E	E	K	R	R	L	T	K	F	H	S	E	I	E	E	L	L	Y	S	D	V	E	N	K	E	H	L	C	V	L	K	D	K	K	K	P	I	L	F	T
Template Known Secondary structure		G	S	S				T	T	T									T	T		T	.	T										T	T	T				T	T		T	T	T	S		G	G	G											S			S	S	S			S		B	S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																							.
Template SS confidence
		499	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.		520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.
		261	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.		.
Predicted Secondary structure																																																																																.
Query SS confidence																																																																																.
Query Sequence		V	E	R	L	D	Y	S	K	G	L	P	E	R	F	L	A	Y	E	A	L	L	E	K	Y	P	Q	H	H	G	K	I	R	Y	T	Q	I	A	P	T	S	R	G	D	V	Q	A	Y	Q	D	I	R	H	Q	L	E	N	E	A	G	R	I	N	G	K	Y	G	Q	L	G	W	T	P	L	Y	Y	L	N	Q	.	H
Query Conservation																																																																																.
Alig confidence																														.	.	.	.																		.	.	.	.	.																									.
Template Conservation																														.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Template Sequence		M	A	R	L	D	R	V	K	N	L	S	G	L	V	E	W	Y	G	K	N	T	R	L	R	E	L	A	N	.	.	.	.	L	V	V	V	G	G	D	R	R	K	E	S	K	D	N	E	E	.	.	.	.	.	K	A	E	M	K	K	M	Y	D	L	I	E	E	Y	K	L	N	G	Q	F	R	W	I	S	S	Q
Template Known Secondary structure						S	T	T	T	T																				.	.	.	.								T	T	S								.	.	.	.	.														T	T		T	B	T
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Template SS confidence
		578	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.					.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.						.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.
		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.					.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.				.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.																																														.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.																																														.	.	.
Query Sequence		F	D	R	K	L	L	M	K	I	F	R	Y	S	.	.	.	.	D	V	G	L	V	T	P	L	R	D	G	M	N	L	V	A	K	E	Y	V	A	A	Q	D	P	A	N	P	G	V	L	V	L	S	Q	F	A	G	A	A	N	E	L	T	S	.	.	.	A	L	I	V	N	P	Y	D	R	D	E	V	A	A	A
Query Conservation															.	.	.	.																																														.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.																										.	.	.	.	.																.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.
Template Sequence		M	D	R	V	R	N	G	E	L	Y	R	Y	I	C	D	T	K	G	A	F	V	Q	P	A	L	Y	E	A	F	G	L	T	V	V	E	A	M	T	C	G	L	P	.	.	.	.	.	T	F	A	T	C	K	G	G	P	A	E	I	I	V	H	G	K	S	G	F	H	I	D	P	Y	H	G	D	Q	A	A	D	T
Template Known Secondary structure																	T	T								S		B	S	S											T			.	.	.	.	.					S	S	B	T							B	T	T	T	B					T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.
Template SS confidence
		649	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690						.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.
		413	.	.	.	.	.				.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.		.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.																		.
Query SS confidence								.	.	.																		.
Query Sequence		L	D	R	A	L	T	.	.	.	M	S	L	A	E	R	I	S	R	H	A	E	M	L	D	V	I	.	V	K	N	D	I	N	H	W	Q	E	C	F	I	S	D	L	K
Query Conservation								.	.	.																		.
Alig confidence								.	.	.																		.
Template Conservation
Template Sequence		L	A	D	F	F	T	K	C	K	E	D	P	S	H	W	D	E	I	S	K	G	G	L	Q	R	I	E	E	K	Y	T	W	Q	I	Y	S	Q	R	L	L	T	L	T	G
Template Known Secondary structure													T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		724	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.