Job Description P31677 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:48:33 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 370 % Identity 15% Template c3oy2A_ PDB info PDB header:viral protein,transferase Chain: A: PDB Molecule:glycosyltransferase b736l; PDBTitle: crystal structure of a putative glycosyltransferase from paramecium2 bursaria chlorella virus ny2a Resolution 2.31 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	S	R	L	V	V	V	S	N	R	I	A	P	P	D	E	H	A	A	S	A	G	G	L	A	V	G	I	L	G	A	L	K	A	A	G	G	L	W	F	G	W	S	G	E	T	G	N	E	D	Q	P	L	K	K	V	K	K	G	N	I	T	W	A	S	F	N	L	S	E	Q	D	L	D	E	Y	Y	N	Q	F
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	K	L	I	I	V	G	A	H	.	.	.	.	.	S	S	V	P	S	G	Y	G	R	V	M	R	A	I	V	P	R	I	S	K	A	H	E	V	I	V	F	G	I	H	A	F	G	R	S	.	.	.	.	.	.	.	V	H	A	N	I	E	E	F	D	A	Q	T	A	E	H	V	R	G	L	N	E	Q	G	F
Template Known Secondary structure											.	.	.	.	.	T	T			S														T	T	T	S								S			S			.	.	.	.	.	.	.	S		S	S	S												T	T			S	T	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.						10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.								.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	N	A	V	L	W	P	A	F	H	Y	R	L	D	L	V	Q	F	Q	R	P	A	W	D	G	Y	L	R	V	N	A	L	L	A	D	K	L	L	P	L	L	Q	D	D	D	I	I	W	I	H	D	Y	H	L	L	P	F	A	H	E	L	R	K	R	G	V	N	N	R	I	G	F	F	L	H	I	P	F	P	T
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	Y	S	G	L	S	E	F	I	D	V	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	D	I	V	M	I	Y	N	D	P	I	V	I	G	N	Y	L	L	A	M	G	K	C	S	H	R	T	K	I	V	L	Y	V	D	L	V	S
Template Known Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S																		G	G	G			S												S
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		69	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	E	I	F	N	A	L	P	T	Y	D	T	L	L	E	Q	L	C	D	Y	D	L	L	G	F	Q	T	E	N	D	R	L	A	F	L	D	C	L	S	N	L	T	R	V	T	T	R	S	A	K	S	H	T	A	W	G	K	A	F	R	T	E	V	Y	P	I	G	I	E	P	K	E	I	A	K	Q	A	A	G	P
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Template Sequence		K	N	I	R	E	N	L	W	W	I	.	.	.	.	F	S	H	P	K	V	V	G	V	M	A	M	S	K	C	W	I	S	D	I	C	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	C	K	V	P	I	N	I	V	S	H	F	V	D	T	K	T	I	Y	D	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		B	S			G	G	G	G	G	G	.	.	.	.	G	G		T	T							S	S	T									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T			S															T	T	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Template SS confidence
		119	120	.	.	.	.	.	.	.	.					.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	P	P	K	L	A	Q	L	K	A	E	L	K	N	V	Q	N	I	F	S	V	E	R	L	D	Y	S	K	G	L	P	E	R	F	L	A	Y	E	A	L	L	E	K	Y	P	Q	H	H	G	K	I	R	Y	T	Q	I	A	P	T	S	R	G	D	V	Q	A	Y	Q	D	I	R	H	Q	L	E	N	E	A	G	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.																																															.	.	.	.									.	.	.
Template Conservation		.	.																																															.	.	.	.									.	.	.
Template Sequence		.	.	A	R	K	L	V	G	L	S	E	Y	N	D	D	V	L	F	L	N	M	N	R	N	T	A	R	K	R	L	D	I	Y	V	L	A	A	A	R	F	I	S	K	Y	P	D	A	K	.	.	.	.	V	R	F	L	C	N	S	H	.	.	.	H	E	S	K	F	D	L	H	S	I	A	L	R	E	L	V	A
Template Known Secondary structure		.	.					T	T		G	G	G	T	T	S							S		S	S	G	G	G	T																T	T			.	.	.	.									.	.	.	T	T		S
Template Predicted Secondary structure		.	.																																															.	.	.	.									.	.	.
Template SS confidence
				172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.					.	.	220	.	.	.	.	.				.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Query SS confidence																																																																															.	.	.
Query Sequence		I	N	G	K	Y	G	Q	L	G	W	T	P	L	Y	Y	L	N	Q	H	F	D	R	K	L	L	M	K	I	F	R	Y	S	D	V	G	L	V	T	P	L	R	D	G	M	N	L	V	A	K	E	Y	V	A	A	Q	D	P	A	N	P	G	V	L	V	L	S	Q	F	A	G	A	A	N	E	L	T	S	.	.	.
Query Conservation																																																																															.	.	.
Alig confidence																																																											.	.	.	.	.																.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.
Template Sequence		S	G	V	D	N	V	F	T	H	L	N	K	I	M	I	N	R	T	V	L	T	D	E	R	V	D	M	M	Y	N	A	C	D	V	I	V	N	C	S	S	G	E	G	F	G	L	C	S	A	E	G	A	V	L	G	K	P	.	.	.	.	.	L	I	I	S	A	V	G	G	A	D	D	Y	F	S	G	D	C	V
Template Known Secondary structure			T		S							T	T						S															S							S			S	S									T	T	T			.	.	.	.	.													S		T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.
Template SS confidence
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.						300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
		398	.	400	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.		.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Query Sequence		A	L	I	V	N	P	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	D	E	V	A	A	A	L	D	R	A	L	T	M	S	L	A	E	R	I	S	R	H	A	E	M	L	D	V	I	V	K	.	N	D	I	N	H	W	Q	E	C	F	I	S	D	L	K	Q	I	V
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.																		.
Template Conservation																																								.	.
Template Sequence		Y	K	I	K	P	S	A	W	I	S	V	D	D	R	D	G	I	G	G	I	E	G	I	I	D	V	D	D	L	V	E	A	F	T	F	F	K	D	.	.	E	K	N	R	K	E	Y	G	K	R	V	Q	D	F	V	K	T	K	P	T	W	D	D	I	S	S	D	I	I	D	F	F	N	S	L	L
Template Known Secondary structure													T	T	T		S	S																			T	T	S	.	.																T	T	S																		T
Template Predicted Secondary structure																																								.	.
Template SS confidence
		318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.			.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.