Job Description P25535 Confidence 99.22% Date Thu Jan 5 11:42:02 GMT 2012 Rank 75 Aligned Residues 306 % Identity 16% Template c3lovA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:protoporphyrinogen oxidase; PDBTitle: crystal structure of putative protoporphyrinogen oxidase2 (yp_001813199.1) from exiguobacterium sp. 255-15 at 2.06 a resolution Resolution 2.06 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.			.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.										.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	Q	S	V	D	V	A	I	V	G	G	G	M	V	G	L	A	V	A	C	G	L	Q	G	S	.	.	G	L	R	V	A	V	L	E	Q	R	V	Q	E	P	L	A	A	N	A	P	P	Q	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	V	S	A	I	N	A	A	S	E	K	L	L	T	R	L	G	V	W	Q	D
Query Conservation																											.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.																					.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation					.	.																																																																											.
Template Sequence		S	K	R	.	.	L	V	I	V	G	G	G	I	T	G	L	A	A	A	Y	Y	A	E	R	A	F	P	D	L	N	I	T	L	L	E	A	G	E	R	L	G	G	K	V	A	T	Y	R	E	D	G	F	T	I	E	R	G	P	D	S	Y	V	A	R	K	H	I	L	T	D	L	I	E	A	I	G	L	G	E	.
Template Known Secondary structure		S			.	.							B															T	T	S							S	S	S	S	S	B	T	T						S	T	T					S	S						T	T	S	T									T	T		G	G	.
Template Predicted Secondary structure					.	.																																																																											.
Template SS confidence
		3	.	.			.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	L	S	R	R	A	S	C	Y	H	G	M	E	V	W	D	K	D	S	F	G	H	I	S	F	D	D	Q	S	M	G	Y	S	H	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.
Template Sequence		.	.	K	L	V	R	N	N	T	S	Q	A	F	I	L	D	T	G	G	L	H	P	I	P	K	G	A	V	X	G	I	P	T	D	L	D	L	F	R	Q	T	T	L	L	T	E	E	E	K	Q	E	V	A	D	L	L	L	H	P	S	D	S	L	R	I	P	E	Q	D	I	P	L	G	E	Y	L	R	P	R	L
Template Known Secondary structure		.	.	G														T	T							S	S			T	T			S						T	T		S	S	S														S			T	T					S	S			B
Template Predicted Secondary structure		.	.
Template SS confidence
				80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
																																																									106	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	I	V	E	N	S	V	I	H	Y	A	L	W	N	K	A	H	Q	S	S	D	I	T	L	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	D	A	L	V	E	K	L	I	E	P	L	L	S	G	I	Y	A	G	N	I	D	Q	X	S	T	F	A	T	Y	P	Q	F	V	A	N	E	Q	K	A	G	S	L	F	E	G	X	R	L	X	R	P	T	G	Q	F	L	S	L	E	T	G	L	E	S	L	I	E	R	L	E	E	V	L	E	R	S	E	I	R
Template Known Secondary structure									T							G	G	G				T	T	T	S	B	S	T	T	T												S	S								T					S					T	T														S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
		131	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.						.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																.	.	.	.	.
Query Sequence		A	P	A	E	L	Q	Q	V	A	W	G	E	N	E	T	F	L	T	L	K	D	G	S	M	L	T	A	R	L	V	I	G	A	D	G	A	N	S	W	L	R	N	K	A	D	I	P	L	T	F	W	D	Y	Q	H	H	A	L	V	A	T	I	.	.	.	.	.	R	T	E	E	P	H	D	A	V	A	R	Q	V
Query Conservation																																																																.	.	.	.	.
Alig confidence																								.																																								.	.	.	.	.
Template Conservation																								.
Template Sequence		L	E	T	P	L	L	A	I	S	R	E	D	G	R	Y	R	L	K	T	D	H	G	.	P	E	Y	A	D	Y	V	L	L	T	I	P	H	P	Q	V	V	Q	L	L	P	D	A	H	L	P	E	L	E	Q	L	T	T	H	S	T	A	T	V	T	X	I	F	D	Q	Q	Q	S	L	P	I	E	G	T	G	F	V
Template Known Secondary structure		S	S										T	T							T	T		.					S						S										T	T	S							T																	S	S		S	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																								.
Template SS confidence
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.		.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330
		206	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.										.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	H	G	E	G	I	L	A	F	L	P	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	P	H	L	C	S	I	V	W	S	L	S	P	E	E	A	Q	R	M	Q	Q	A	S	E	D	E	F	N	R	A	L	N	I	A	F	D	N	R	L	G	L	C	K	V	E	S	A	R	Q	V	F	P	L	T	G	R	Y	A
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	N	R	R	A	P	Y	S	I	T	A	C	T	A	I	D	Q	K	W	N	H	S	A	P	D	H	T	V	L	R	A	F	V	G	R	P	G	N	D	H	L	V	H	E	S	D	E	V	L	Q	Q	A	V	L	Q	D	L	E	K	I	C	G	R	T	L	E	P	K	Q	V	I	I	S	R	L	X	D	G	L	P
Template Known Secondary structure				T	T	S	S		S												T	T	T		T	T										B	T	T	B		G	G	G	G	S																		S	S					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		331	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
		277	.	.	280	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	Q	F	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	R	L	A	L	V	G	D	A	A	H	T	I	H	P	L	A	G	Q	G	V	N	L	G	F	M	D	A	A	E	L	I	A	E	L	K	R
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	Y	T	V	G	H	A	D	R	I	Q	R	V	R	E	E	V	L	A	Q	Y	P	G	I	Y	L	A	G	L	A	Y	D	.	.	.	.	.	.	G	V	G	L	P	D	C	V	A	S	A	K	T	X	I	E	S	I	E	L
Template Known Secondary structure					T	T																S	T	T					S	T	T	T	S	.	.	.	.	.	.		S	S
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.							.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.