Job Description P25535 Confidence 99.19% Date Thu Jan 5 11:42:02 GMT 2012 Rank 79 Aligned Residues 310 % Identity 13% Template c1sezA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial; PDBTitle: crystal structure of protoporphyrinogen ix oxidase Resolution 2.90 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.										.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	V	A	I	V	G	G	G	M	V	G	L	A	V	A	C	G	L	Q	G	S	G	L	R	V	A	V	L	E	Q	R	V	Q	E	P	L	A	A	N	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	P	Q	L	R	V	S	A	I	N	A	A	S	E	K	L	L	T	R	L	G	V	W	Q	D	I	L	S	R	R	A
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Template Conservation																																																																												.	.
Template Sequence		R	V	A	V	I	G	A	G	V	S	G	L	A	A	A	Y	K	L	K	I	H	G	L	N	V	T	V	F	E	A	E	G	K	A	G	G	K	L	R	S	V	S	Q	D	G	L	I	W	D	E	G	A	N	T	X	T	E	S	E	G	D	V	T	F	L	I	D	S	L	G	L	R	E	K	.	.	Q	Q	F	P
Template Known Secondary structure									S												T	T	S								S	S	S	S	S		S	S							T	T					S	S				B				S										T	T		G	G	G	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.
Template SS confidence
		15	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.			.	90	.	.
		76	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	C	Y	H	G	M	E	V	W	D	K	D	S	F	G	H	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	S	Q	N	K	R	Y	I	A	R	N	G	T	P	V	L	L	P	S	N	P	I	D	L	I	K	S	N	F	L	S	T	G	S	K	L	Q	X	L	L	E	P	I	L	W	S	H	E	S	V	S	G	F	F	Q	R	H	F	G	K	E	V	V	D	Y	L	I	D	P	F	V	A	G	T	C	G	G	D	P	D
Template Known Secondary structure		S	S								S	S	S	S						S	S							S	S	S	S										T									B																T	T										S			G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
																															93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	F	D	D	Q	S	M	G	Y	S	H	L	G	H	I	V	E	N	S	V	I	H	Y	A	L	W	N	K	A	H	Q	S	S	D	I	T	L	L	A	P	A	E	L	Q	Q	V	A	W	G	E	N
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	L	S	X	H	H	S	F	P	E	L	W	N	L	E	K	R	F	G	S	V	I	L	G	A	I	R	S	K	L	S	K	T	S	A	N	K	K	R	Q	R	G	S	F	S	F	L	G	G	X	Q	T	L	T	D	A	I	C	K	D	L	R	E	D	E	L	R	L	N	S	R	V	L	E	L	S	C	S	C	T
Template Known Secondary structure		G	S	B															T	S										T	T					S			S	T	T		S		B			T	T		T									T	T	S		T	T	T			T	T											S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
		144	.	.	.	.												.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.												.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	T	F	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	D	G	S	M	L	T	A	R	L	V	I	G	A	D	G	A	N	S	W	L	R	N	K	A	D	I	P	L	T	F	W	D	Y	Q	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	A	L	V	A	T	I	R	T	E	E	P	H	D	A	V
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	D	S	A	I	D	S	W	S	I	I	S	A	S	P	H	K	R	Q	S	E	E	E	S	F	D	A	V	I	X	T	A	P	L	C	D	V	K	S	X	K	I	A	K	R	G	N	P	F	L	L	N	F	I	P	E	V	D	Y	V	P	L	S	V	V	I	T	T	F	K	R	E	N	V	K	Y	P	L	E	G
Template Known Secondary structure		S	S	S	S	S								B		S	S	S	S		B						S						S							T	S				S	S	S	S	B				T	T	S																	G	G	G	B	S	S				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
		202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.														.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	R	Q	V	F	H	G	E	G	I	L	A	F	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	D	P	H	L	C	S	I	V	W	S	L	S	P	E	E	A	Q	R	M	Q	Q	A	S	E	D	E	F	N	R	A	L	N	I	A	F	D	N	R	L	G	L	C	K	V	E	S	A	R	Q	V
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	G	V	L	V	P	S	K	E	Q	Q	H	G	L	K	T	L	G	T	L	F	S	S	X	X	F	P	D	R	A	P	N	N	V	Y	L	Y	T	T	F	V	G	G	S	R	N	R	E	L	A	K	A	S	R	T	E	L	K	E	I	V	T	S	D	L	K	Q	L	L	G	A	E	G	E	P	T	Y	V	N	H
Template Known Secondary structure		S						G	G	G	G	G	G	T			S	S										G	G	G	S		T	T										S	T	T		G	G	G	T	T																				B		S			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
		269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.																.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	P	L	T	G	R	Y	A	R	Q	F	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	R	L	A	L	V	G	D	A	A	H	T	I	H	P	L	A	G	Q	G	V	N	L	G	F	M	D	A	A	E	L	I	A	E	L	K	R	L	H	R	Q
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	Y	W	S	K	A	F	P	L	Y	G	H	N	Y	D	S	V	L	D	A	I	D	K	X	E	K	N	L	P	G	L	F	Y	A	G	N	H	R	G	.	.	.	.	.	.	G	L	S	V	G	K	A	L	S	S	G	C	N	A	A	D	L	V	I	S	Y	L	E	S
Template Known Secondary structure													T	T															S	T	T						S	S	S	S	.	.	.	.	.	.		S	S																				S	S
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.							.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.