Job Description P34211 Confidence 99.08% Date Thu Jan 5 11:53:05 GMT 2012 Rank 114 Aligned Residues 235 % Identity 22% Template c2g5tA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:dipeptidyl peptidase 4; PDBTitle: crystal structure of human dipeptidyl peptidase iv (dppiv)2 complexed with cyanopyrrolidine (c5-pro-pro) inhibitor 21ag Resolution 2.30 Å

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		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.			.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.		.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.																																					.
Query SS confidence																															.	.																																					.
Query Sequence		S	V	P	L	K	Y	T	D	T	G	K	D	V	S	D	E	N	I	P	L	V	R	L	A	M	T	K	L	P	.	.	A	K	S	K	R	K	G	S	V	I	I	I	S	G	G	P	G	L	P	G	I	N	P	Y	I	N	F	D	W	P	V	T	N	L	R	E	.	S	W	D	I	I	G	F	D	P	R	G	V
Query Conservation																															.	.																																					.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.										.	.																																					.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	K	K	L	D	F	I	I	L	N	E	T	K	.	.	.	.	.	.	.	F	W	Y	Q	M	I	L	P	P	H	F	D	K	S	K	K	Y	P	L	L	L	D	V	Y	A	G	P	C	S	Q	K	A	D	T	V	F	R	L	N	W	A	T	Y	L	A	S	T	E	N	I	I	V	A	S	F	D	G	R	G	S
Template Known Secondary structure											T	T			.	.	.	.	.	.	.									T	T			T	T	S												T	T						S					S								T	T										T	T
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		511	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.								.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.
		136	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.							.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	Q	S	F	P	A	I	N	C	Q	Q	S	N	Q	E	R	L	V	N	V	S	E	K	Q	L	I	L	Q	K	I	N	A	C	I	H	N	T	G	A	E	V	I	R	H	I	G	S	H	E	A	V	Y	D	I	E	R	I	R	Q	A	L	G	D	.	.	.	.	.	.	K	Q	L	T	A	V	A	Y	S	Y	G
Query Conservation																																																																	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	Y	Q	G	D	K	I	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	A	I	N	R	R	L	G	T	F	E	V	E	D	Q	I	E	A	A	R	Q	F	S	K	M	G	F	V	D	N	K	R	I	A	I	W	G	W	S	Y	G
Template Known Secondary structure		S	S	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	T	T		T	T	S														T	T	S	S	S												T
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		584	.	.	.	.	.	590	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.
		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.		.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.
Query SS confidence																					.
Query Sequence		T	Q	I	A	A	L	Y	A	E	R	F	P	S	S	I	R	S	I	V	.	F	D	G	V	V	D	I	D	D	L	N	D	N	F	S	W	K	L	R	Q	A	H	S	Y	Q	E	T	F	D	R	F	A	A	W	C	A	R	T	K	S	C	P	L	S	S	D	R	N	Q	A	I	H	Q	F	H	Q	L	L	L	K
Query Conservation																					.
Alig confidence																					.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	Y	V	T	S	M	V	L	G	S	G	S	G	V	F	K	C	G	I	A	V	A	P	V	S	R	W	E	Y	Y	D	S	V	Y	T	E	R	Y	M	G	L	P	T	P	E	D	N	L	D	H	Y	R	N	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										T	S						S						S					G	G	G	S	B											S	S	T	T	T	T							T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		633	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.
		289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	H	N	S	P	L	T	D	S	R	G	E	S	I	S	S	D	D	L	I	S	L	T	T	E	L	L	L	W	R	S	S	W	P	T	L	A	T	A	V	R	Q	F	S	Q	G	I	V	S	N	E	I	E	T	A	L	N	S	S	I	A	S	E	K	V	S	D	A	L	G	V	I	L	C	V	D	Q	S	D	E
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.		.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.
Query SS confidence																																																								.
Query Sequence		Q	L	S	Q	E	Q	R	K	S	R	K	K	A	L	A	D	A	F	P	A	V	N	F	E	R	E	Q	S	D	L	P	E	F	C	E	L	W	P	I	H	R	D	L	Q	Q	T	R	L	K	N	T	V	L	P	.	S	G	L	L	F	V	A	H	K	Y	D	P	T	T	P	W	I	N	A	R	K	M	A	D	K
Query Conservation																																																								.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	V	M	S	R	A	E	N	F	K	Q	V	E	Y	L	L	I	H	G	T	A	D	D	N	V	H	F	Q	Q	S	A	Q	I	S	K	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	G	G	G	G	G	G	G	G	G	S								T	T		S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																														687	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.
		448						.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.
Query Sequence		F	.	.	.	.	.	S	A	P	L	L	T	I	N	G	D	G	H	T	L	A	L	A	G	T	N	L	C	V	D	E	A	V	V	R	H	L	L	F
Query Conservation			.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	V	D	V	G	V	D	F	Q	A	M	W	Y	T	D	E	D	H	G	I	A	S	S	T	A	H	Q	H	I	Y	T	H	M	S	H	F	I	K	Q
Template Known Secondary structure						T									T	T			T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		723	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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