Job Description P34211 Confidence 98.17% Date Thu Jan 5 11:53:05 GMT 2012 Rank 168 Aligned Residues 276 % Identity 14% Template c1lnsA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:x-prolyl dipeptidyl aminopetidase; PDBTitle: crystal structure analysis of the x-prolyl dipeptidyl2 aminopeptidase from lactococcus lactis Resolution 2.20 Å

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		54	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	C	G	Y	L	S	V	P	L	K	Y	T	D	T	G	K	D	V	S	D	E	N	I	P	L	V	R	L	A	M	T	K	L	P	A	K	S	K	R	K	G	S	V	I	I	I	S	G	G	P	G	L	P	G	I	N	P	Y	I	N	F	D	W	P	V	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.									.	.	.	.	.														.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.									.	.	.	.	.														.	.
Template Sequence		E	V	L	W	V	E	S	P	V	D	.	S	E	Q	R	G	E	N	D	.	.	.	.	.	L	I	K	I	Q	I	I	R	P	K	S	T	E	.	.	K	L	P	V	V	M	T	A	S	P	Y	H	L	G	I	N	D	K	A	N	D	L	A	L	H	D	M	N	V	E	L	E	E	K	T	S	H	E	I	H	V
Template Known Secondary structure									S			.	T	T		S	S	S			.	.	.	.	.												S	S	.	.										S	S	T	T																							S
Template Predicted Secondary structure												.									.	.	.	.	.														.	.
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.		.	180	.	.	.	.	.	.						.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.			200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
																																						120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	L	R	E	S	W	D	I	I	G	F	D	P	R	G	V	G	Q	S	F	P	A	I	N	C	Q	Q	S	N	Q	E	R	L	V	N	V	S	E	K	Q	L	I	L	Q
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	Q	K	L	P	Q	K	L	S	A	K	A	K	E	L	P	I	V	D	K	A	P	Y	R	F	T	H	G	W	T	Y	S	L	N	D	Y	F	L	T	R	G	F	A	S	I	Y	V	A	G	V	G	T	R	S	S	D	G	F	Q	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																				S	S		S		B															T	T	T									T	T	S	T	T	S		S				T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	I	N	A	C	I	H	N	T	G	A	E	V	I	R	H	I	G	S	H	E	A	V	Y	D	I	E	R	I	R	Q	A	L	G	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	L	T	A	V	A	Y	S	Y	G	T	Q	I	A	A	L	Y	A	E	R	F	P	S	S
Query Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	Y	Q	Q	I	Y	S	M	T	A	V	I	D	W	L	N	G	R	A	R	A	Y	T	S	R	K	K	T	H	E	I	K	A	S	W	A	N	G	K	V	A	M	T	G	K	S	Y	L	G	T	M	A	Y	G	A	A	T	T	G	V	E	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S															T	T	S	S				S	S	T	T								T	T											T											T	T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																			302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	R	S	I	V	F	D	G	V	V	D	I	D	D	L	N	D	N	F	S	W	K	L	R	Q	A	H	S	Y	Q	E	T	F	D	R	F	A	A	W	C	A	R	T	K	S	C	P	L	S	S	D	R	N	Q	A	I	H	Q	F	H	Q	L	L	L	K	L	H	N	S	P	L	T	D	S	R	G	E	S	I	S
Query Conservation
Alig confidence							.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	E	L	I	L	.	.	A	E	A	G	I	S	S	W	Y	N	Y	Y	R	E	N	G	L	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							.	.			S			S	B						B	S	S	S	S	B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		365	.	.	.	.			370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	D	D	L	I	S	L	T	T	E	L	L	L	W	R	S	S	W	P	T	L	A	T	A	V	R	Q	F	S	Q	G	I	V	S	N	E	I	E	T	A	L	N	S	S	I	A	S	E	K	V	S	D	A	L	G	V	I	L	C	V	D	Q	S	D	E	Q	L	S	Q	E	Q	R	K	S	R	K	K	A	L	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	S	P	G	G	F	P	G	E	D	L	D	V	L	A	A	L	T	Y	S	R	N	L	D	G	A	D	F	L	K	G	N	A	E	Y	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T		T	T												G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																														388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450				.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.
Query SS confidence																																																																					.	.	.
Query Sequence		D	A	F	P	A	V	N	F	E	R	E	Q	S	D	L	P	E	F	C	E	L	W	P	I	H	R	D	L	Q	Q	T	R	L	K	N	T	V	L	P	S	G	L	L	F	V	A	H	K	Y	D	P	T	T	P	W	I	N	A	R	K	M	A	D	K	F	S	A	.	.	.	P	L	L	T	I	N	G	D	G	H
Query Conservation																																																																					.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.																																																													.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.
Template Sequence		K	R	.	.	.	.	.	L	A	E	M	T	A	A	L	D	R	K	S	G	D	Y	N	Q	F	W	H	D	R	N	Y	L	I	N	T	D	K	V	K	A	D	V	L	I	V	H	G	L	Q	D	W	N	V	T	P	E	Q	A	Y	N	F	W	K	A	L	P	E	G	H	A	K	H	A	F	L	H	R	G	A	H
Template Known Secondary structure				.	.	.	.	.										T	T	T									T	T	B	G	G	G	G	G	G	G			S								T	T			S	S		T										S		T	T									S		S	S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.
Template SS confidence
		424	.						.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.
		461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	A	L	A	G	T	N	L	C	V	D	E	A	V	V	R	H	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	Y	M	N	S	W	Q	S	I	D	F	S	E	T	I	N	A	Y	F
Template Known Secondary structure					T	T	B	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		499	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.