Job Description P24555 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:41:42 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 678 % Identity 37% Template c2xe4A_ PDB info PDB header:hydrolase/inhibitor Chain: A: PDB Molecule:oligopeptidase b; PDBTitle: structure of oligopeptidase b from leishmania major Resolution 1.65 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.															.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	P	K	A	A	R	I	P	H	A	M	T	L	H	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	R	I	D	N	Y	Y	W	L	R	D	D	T	R	S	Q	P	E	V	L	D	Y	L	Q	Q	E	N	S	Y	G	H	R	V	M	A	S	Q	Q	A	L	Q	D	R	I	L	K	E	I	I	D
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	P	I	A	A	K	K	P	H	R	V	T	L	G	Y	V	E	G	E	D	R	G	P	N	P	M	N	P	P	R	Y	R	E	D	P	Y	F	W	M	R	D	D	D	R	K	D	P	A	V	I	E	H	L	N	K	E	K	V	Y	F	Q	A	R	S	A	D	I	A	Q	L	R	D	D	I	Y	A	E	H	I	S
Template Known Secondary structure															S			T	T	S				S	S			S	S							T	T	G	G	G			T	T	S																					G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		13	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.
		68	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.			.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.		.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.																														.
Query SS confidence																																							.	.																														.
Query Sequence		R	I	P	Q	R	E	V	S	A	P	Y	I	K	N	G	Y	R	Y	R	H	I	Y	E	P	G	C	E	Y	A	I	Y	Q	R	Q	S	A	F	.	.	S	E	E	W	D	E	W	E	T	L	L	D	A	N	K	R	A	A	H	S	E	F	Y	S	M	G	G	M	A	.	I	T	P	D	N	T	I	M	A	L	A
Query Conservation																																							.	.																														.
Alig confidence																																							.	.																														.
Template Conservation
Template Sequence		H	I	N	E	D	D	M	S	A	P	Y	V	Y	G	K	Y	R	Y	Y	T	R	E	V	K	G	K	P	Y	K	I	Y	C	R	V	F	T	D	K	E	P	G	D	V	A	A	E	E	V	I	I	D	V	N	Q	V	A	E	G	K	A	F	C	D	V	M	E	V	K	P	A	P	P	E	H	D	L	V	A	F	S
Template Known Secondary structure		T	S		S	S									T	T									T	T			S								T	T	S		T	T		T	T	T											T	T	T		S											T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.		.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.
Query SS confidence																				.
Query Sequence		E	D	F	L	S	R	R	Q	Y	G	I	R	F	R	N	L	E	T	.	G	N	W	Y	P	E	L	L	D	N	V	E	P	S	F	V	W	A	N	D	S	W	I	F	Y	Y	V	R	K	H	P	V	T	L	L	P	Y	Q	V	W	R	H	A	I	G	T	P	A	S	Q	D	K	L	I	Y	E	E	K	D	D	T
Query Conservation																				.
Alig confidence																				.																																.
Template Conservation																																																				.
Template Sequence		V	D	M	S	G	N	E	V	Y	T	I	E	F	K	R	I	S	D	P	S	Q	T	I	A	D	K	V	S	G	T	N	G	E	I	V	W	G	P	D	H	T	S	L	F	Y	V	T	K	D	E	.	T	L	R	E	N	K	V	W	R	H	V	M	G	K	L	Q	S	E	D	V	C	L	Y	E	E	H	N	P	L
Template Known Secondary structure				S	S	S	S	S									T	T		T	T												S						S	S	T	T									T	.	T											T	T	S		G	G	G										T	T
Template Predicted Secondary structure																																																				.
Template SS confidence
		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.		.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260			.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.		.	280	.	.	.	.	.	.	.	.		.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.																			.											.
Query SS confidence																																							.	.																			.											.
Query Sequence		Y	Y	V	S	L	H	K	T	T	S	K	H	Y	V	V	I	H	L	A	S	A	T	T	S	E	V	R	L	L	D	A	E	M	A	D	A	E	.	.	P	F	V	F	L	P	R	R	K	D	H	E	Y	S	L	D	H	Y	.	Q	H	R	F	Y	L	R	S	N	R	.	H	G	K	N	F	G	L	Y	R	T	R
Query Conservation																																							.	.																			.											.
Alig confidence																																							.	.																			.											.
Template Conservation
Template Sequence		F	S	A	F	M	Y	K	A	A	D	T	N	T	L	C	I	G	S	Q	S	P	E	T	A	E	V	H	L	L	D	L	R	K	G	N	A	H	N	T	L	E	I	V	R	P	R	E	K	G	V	R	Y	D	V	Q	M	H	G	T	S	H	L	V	I	L	T	N	E	G	G	A	V	N	H	K	L	L	I	A	P
Template Known Secondary structure										T	T	S	S									S	S									S	S	S		T	T							S	S				T	T									T	T	T								T	T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
		300	.	.	.	.	.	.	.		.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.											.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	R	D	E	Q	Q	W	E	.	E	L	I	P	P	R	E	N	I	M	L	E	G	F	T	L	F	T	D	W	L	V	V	E	E	R	Q	R	G	L	T	S	L	R	Q	I	N	R	K	T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	V	I	G	I	A	F	D	D	P	A	Y	V	T	W	I	A	Y	N	P
Query Conservation										.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	G	Q	P	S	D	W	S	H	V	L	V	D	H	S	E	D	V	F	M	E	S	I	A	V	R	S	N	Y	L	V	V	A	G	R	R	A	G	L	T	R	I	W	T	M	M	A	D	S	Q	D	G	V	F	K	A	G	T	G	L	R	E	V	V	M	E	E	P	I	F	T	V	H	L	V	E	S	Q	M	L
Template Known Secondary structure		T	T	S	T	T											S	S										S	S									T	T											T	T	T	S				T	T	T										S	S							G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
		369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.		.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.
Query SS confidence																																							.
Query Sequence		E	P	E	T	A	R	L	R	Y	G	Y	S	S	M	T	T	P	D	T	L	F	E	L	D	M	D	T	G	E	R	R	V	L	K	Q	T	E	.	V	P	G	F	Y	A	A	N	Y	R	S	E	H	L	W	I	V	A	R	D	G	V	E	V	P	V	S	L	V	Y	H	R	K	H	F	R	K	G	H	N	P	L
Query Conservation																																							.
Alig confidence																																							.
Template Conservation
Template Sequence		E	Y	E	E	P	T	F	R	M	E	Y	S	S	L	A	T	P	N	T	W	F	D	V	S	P	Q	D	H	S	R	T	A	V	K	V	R	E	V	G	G	G	F	D	A	A	N	Y	K	V	E	R	R	F	A	T	A	P	D	Q	T	K	I	P	L	S	V	V	Y	H	K	D	L	D	M	S	Q	P	Q	P	C
Template Known Secondary structure			T	T		S									T	T										T	T	T													T	T			G	G	G											T	T												T	T	S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		412	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.
		448	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.		.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.
Query SS confidence																																																			.
Query Sequence		L	V	Y	G	Y	G	S	Y	G	A	S	I	D	A	D	F	S	F	S	R	L	S	L	L	D	R	G	F	V	Y	A	I	V	H	V	R	G	G	G	E	L	G	Q	Q	W	Y	E	D	G	.	K	F	L	K	K	K	N	T	F	N	D	Y	L	D	A	C	D	A	L	L	K	L	G	Y	G	S	P	S	L	C
Query Conservation																																																			.
Alig confidence																																																			.
Template Conservation
Template Sequence		M	L	Y	G	Y	G	S	Y	G	L	S	M	D	P	Q	F	S	I	Q	H	L	P	Y	C	D	R	G	M	I	F	A	I	A	H	I	R	G	G	S	E	L	G	R	A	W	Y	E	I	G	A	K	Y	L	T	K	R	N	T	F	S	D	F	I	A	A	A	E	F	L	V	N	A	K	L	T	T	P	S	Q	L
Template Known Secondary structure									T	T									G	G	G					T	T	T									T	T	S		T	T		T					T	T	S	S	G	G	G	T																	T	T	S			G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		492	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.
		527	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	A	M	G	G	S	A	G	G	M	L	M	G	V	A	I	N	Q	R	P	E	L	F	H	G	V	I	A	Q	V	P	F	V	D	V	V	T	T	M	L	D	E	S	I	P	L	T	T	G	E	F	E	E	W	G	N	P	Q	D	P	Q	Y	Y	E	Y	M	K	S	Y	S	P	Y	D	N	V	T	A	Q	A	Y
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	C	E	G	R	S	A	G	G	L	L	M	G	A	V	L	N	M	R	P	D	L	F	K	V	A	L	A	G	V	P	F	V	D	V	M	T	T	M	C	D	P	S	I	P	L	T	T	G	E	W	E	E	W	G	N	P	N	E	Y	K	Y	Y	D	Y	M	L	S	Y	S	P	M	D	N	V	R	A	Q	E	Y
Template Known Secondary structure							T														G	G	G		S						S										T		T	T	S	T	T					T	T	T	T			T	T	S												T	G	G	G			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		572	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.
		607	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	H	L	L	V	T	T	G	L	H	D	S	Q	V	Q	Y	W	E	P	A	K	W	V	A	K	L	R	E	L	K	T	D	D	H	L	L	L	L	C	T	D	M	D	S	G	H	G	G	K	S	G	R	F	K	S	Y	E	G	V	A	M	E	Y	A	F	L	V	A	L	A	Q	G	T	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		P	N	I	M	V	Q	C	G	L	H	D	P	R	V	A	Y	W	E	P	A	K	W	V	S	K	L	R	E	C	K	T	D	N	N	E	I	L	L	N	I	D	M	E	S	G	H	F	S	A	K	D	R	Y	K	F	W	K	E	S	A	I	Q	Q	A	F	V	C	K	H	L	K	S	T	V
Template Known Secondary structure										T	T		S	S	S		T																S										T	T			S	S			S	S																			T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		652	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.