Job Description P24555 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:41:42 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 532 % Identity 15% Template c2qtbB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:dipeptidyl peptidase 4; PDBTitle: human dipeptidyl peptidase iv/cd26 in complex with a 4-aryl2 cyclohexylalanine inhibitor Resolution 2.25 Å

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		129	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	G	G	M	A	I	T	P	D	N	T	I	M	A	L	A	E	D	F	L	S	R	R	Q	Y	G	I	R	F	R	N	L	E	T	G	N	W	Y	P	E	L	L	D	N	V	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	F	V	W	A	N	D	S	W	I	F	Y	Y
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	Q	W	V	T	W	S	P	V	G	H	K	L	A	Y	V	W	N	N	D	.	.	.	.	.	.	I	Y	V	K	I	E	P	N	L	P	S	Y	R	I	T	W	T	G	K	E	D	I	I	Y	N	G	I	T	D	W	V	Y	E	E	E	V	F	S	A	Y	S	A	L	W	W	S	P	N	G	T	F	L	A	Y
Template Known Secondary structure		B							S	S	T	T							T	T		.	.	.	.	.	.					S	S	T	T	S							S			B	T	T	T				S	B									T	T	S	S	S	B						T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.							.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.									220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	R	K	H	P	V	T	L	L	P	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	V	W	R	H	A	I	G	T	P	A	S	Q	D	K	L	I	Y	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	D	T	Y	Y	V	S	L	H	K
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	Q	F	N	D	T	E	V	P	L	I	E	Y	S	F	Y	S	D	E	S	L	Q	Y	P	K	T	V	R	V	P	Y	P	K	A	G	A	V	N	P	T	V	K	F	F	V	V	N	T	D	S	L	S	S	V	T	N	A	T	S	I	Q	I	T	A	P	A	S	M	L	I	G	D	H	Y	L	C	D	V	T	W
Template Known Secondary structure							T	T											S	T	T		S	S										B	T	T	S												G	G	G	T	T	T	S	S	S														T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.
		231	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.		.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.														.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	T	S	K	H	Y	V	V	I	H	L	A	.	S	A	T	T	S	E	V	R	L	L	D	A	E	M	A	D	A	E	P	F	V	F	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	R	R	K	D	H	E	Y	S	L	D	H	Y	Q	H	R	F	Y	L	R	S	N	R	H	G	K	N	F	G	L	Y
Query Conservation														.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	T	Q	E	R	I	S	L	Q	W	L	R	R	I	Q	N	Y	S	V	M	D	I	C	D	Y	D	E	S	S	G	R	W	N	C	L	V	A	R	Q	H	I	E	M	S	T	T	G	W	V	G	R	F	R	P	S	E	P	H	F	T	L	D	G	N	S	F	Y	K	I	I	S	N	E	E	G	Y	R	H	I	C
Template Known Secondary structure				T	T									S	S	T	T											T	T	T	T						G	G	G							S	S	S		S	S	S	S	S								T	T	S	S									T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		306	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.					.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.			.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.																							.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.																							.	.
Query Sequence		R	T	R	M	R	D	E	Q	Q	W	E	E	L	I	P	P	R	E	N	I	M	L	E	G	F	T	L	F	T	D	W	L	V	V	E	E	R	Q	R	.	.	.	.	G	L	T	S	L	R	Q	I	N	R	K	T	R	E	V	I	G	I	A	F	D	D	.	.	P	A	Y	V	T	W	I	A	Y	N	P	E	P
Query Conservation																																									.	.	.	.																							.	.
Alig confidence													.	.																											.	.	.	.																							.	.
Template Conservation													.	.
Template Sequence		Y	F	Q	I	D	K	K	D	C	T	F	.	.	I	T	K	G	T	W	E	V	I	G	I	E	A	L	T	S	D	Y	L	Y	Y	I	S	N	E	Y	K	G	M	P	G	G	R	N	L	Y	K	I	Q	L	S	D	Y	T	K	V	T	C	L	S	C	E	L	N	P	E	R	C	Q	Y	Y	S	V	S	F	S	K
Template Known Secondary structure					T	T		S					.	.	S			S	S	S										S	S							S		G	G	G		T	T		B							T	T								S	S	T	T	T	S	T	T	T	B		B							T
Template Predicted Secondary structure													.	.
Template SS confidence
		386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.			.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.			.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.
Query SS confidence																																															.	.
Query Sequence		E	T	A	R	L	R	Y	G	Y	S	S	M	T	T	P	D	T	L	F	E	L	D	M	D	T	G	E	R	R	V	L	K	Q	T	E	V	P	G	F	Y	A	A	N	Y	R	.	.	S	E	H	L	W	I	V	A	R	D	G	V	E	V	P	V	S	L	V	Y	H	R	K	H	F	R	K	G	H	N	P	L	L
Query Conservation																																															.	.
Alig confidence																																															.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	A	K	Y	Y	Q	L	R	C	S	G	P	G	L	P	L	Y	T	L	H	S	S	V	N	D	K	G	L	R	V	L	E	D	N	S	A	L	D	K	M	L	Q	N	V	Q	M	P	S	K	K	L	D	F	I	I	L	N	E	T	K	F	W	Y	Q	M	I	L	P	P	H	F	D	K	S	K	K	Y	P	L	L
Template Known Secondary structure		T	S	S								S	B	S	S								T	T	T	T																	T	T														T	T											T	T			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		464	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.
		449	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.				.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.
Query SS confidence															.	.	.
Query Sequence		V	Y	G	Y	G	S	Y	G	A	S	I	D	A	.	.	.	D	F	S	F	S	R	L	S	L	L	D	R	G	F	V	Y	A	I	V	H	V	R	G	G	G	E	L	G	Q	Q	W	Y	E	D	G	K	F	L	K	K	K	N	T	F	N	D	Y	L	D	A	C	D	A	L	L	K	L	G	Y	G	S	P	S	L
Query Conservation															.	.	.
Alig confidence															.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	D	V	Y	A	G	P	C	S	Q	K	A	D	T	V	F	R	L	N	W	A	T	Y	L	A	S	T	E	N	I	I	V	A	S	F	D	G	R	G	S	G	Y	Q	G	D	K	I	M	H	A	I	N	R	R	L	G	T	F	E	V	E	D	Q	I	E	A	A	R	Q	F	S	K	M	G	F	V	D	N	K	R
Template Known Secondary structure								T	T											S								T	T										T	T		S	S	S						G	G	G	T	T		T	T	S															T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.
		526	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	Y	A	M	G	G	S	A	G	G	M	L	M	G	V	A	I	N	Q	R	P	E	L	F	H	G	V	I	A	Q	V	P	F	V	D	V	V	T	T	M	L	D	E	S	I	P	L	T	T	G	E	F	E	E	W	G	N	P	Q	D	P	Q	Y	Y	E	Y	M	K	S	Y	S	P	Y	D	N	V	T	A	Q	A
Query Conservation
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	A	I	W	G	W	S	Y	G	G	Y	V	T	S	M	V	L	G	S	G	S	G	V	F	K	C	G	I	A	V	A	P	V	S	R	W	E	Y	Y	.	.	.	.	.	.	.	D	S	V	Y	T	E	R	Y	M	G	L	P	T	P	E	D	N	L	D	H	Y	R	N	S	T	V	M	S	R	A	E	N	F	K
Template Known Secondary structure								T											T	T	T		S			S						S					G	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	B											S	S	T	T	T	T							S		S	G	G	G	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		624	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.								.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.
		606	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	P	H	L	L	V	T	T	G	L	H	D	S	Q	V	Q	Y	W	E	P	A	K	W	V	A	K	L	R	E	L	K	T	D	D	H	L	L	L	L	C	T	D	M	D	S	G	H	G	G	K	S	G	R	F	K	S	Y	E	G	V	A	M	E	Y	A	F	L	V	A	L	A	Q	G	T
Query Conservation
Alig confidence																																			.	.	.																.
Template Conservation																																			.	.	.																.
Template Sequence		Q	V	E	Y	L	L	I	H	G	T	A	D	D	N	V	H	F	Q	Q	S	A	Q	I	S	K	A	L	V	D	V	G	V	D	.	.	.	F	Q	A	M	W	Y	T	D	E	D	H	G	I	A	S	.	S	T	A	H	Q	H	I	Y	T	H	M	S	H	F	I	K	Q	C	F	S	L	P
Template Known Secondary structure		G	S								T	T		S	S	S		T													T	T			.	.	.							T	T			T	T			S	.																			T	T
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.																.
Template SS confidence
		697	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.				730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.		.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.