Job Description P24555 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:41:42 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 661 % Identity 26% Template c2bklB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:prolyl endopeptidase; PDBTitle: structural and mechanistic analysis of two prolyl2 endopeptidases: role of inter-domain dynamics in3 catalysis and specificity Resolution 1.5 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	K	A	A	R	I	P	H	A	M	T	L	H	G	D	T	R	I	D	N	Y	Y	W	L	R	D	D	T	R	S	Q	P	E	V	L	D	Y	L	Q	Q	E	N	S	Y	G	H	R	V	M	A	S	Q	Q	A	L	Q	D	R	I	L	K	E	I	I	D	R	I	P	Q	R	E	V	S	A	P	Y	I	K	N	G
Query Conservation
Alig confidence																												.	.																										.
Template Conservation																												.	.																										.
Template Sequence		P	A	T	R	A	E	Q	V	V	D	T	L	H	G	V	Q	V	A	D	P	Y	R	W	L	E	D	.	.	E	K	A	P	E	V	Q	T	W	M	T	A	Q	N	A	H	A	R	E	A	L	A	K	F	P	.	G	R	E	A	L	A	A	R	F	K	E	L	F	Y	T	D	S	V	S	T	P	S	R	R	N	G
Template Known Secondary structure		S												T	T						T	T	G	G	G	G		.	.	T	T	S																				T	S	T	.	T													S											T	T
Template Predicted Secondary structure																												.	.																										.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.			30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.		.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	R	Y	R	H	I	Y	E	P	G	C	E	Y	A	I	Y	Q	R	Q	S	A	F	S	E	E	W	D	E	W	E	T	L	L	D	A	N	K	R	A	A	H	S	E	F	Y	S	M	G	G	M	A	I	T	P	D	N	T	I	M	A	L	A	E	D	F	L	S	R	R	Q	Y	G	I	R	F	R	N	L	E	T
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.																	.
Template Conservation																									.	.	.																	.
Template Sequence		R	F	F	Y	V	R	T	H	K	D	K	E	K	A	I	L	Y	W	R	Q	G	E	S	.	.	.	G	Q	E	K	V	L	L	D	P	N	G	W	S	K	D	G	.	T	V	S	L	G	T	W	A	V	S	W	D	G	K	K	V	A	F	A	Q	K	P	N	A	A	D	E	A	V	L	H	V	I	D	V	D	S
Template Known Secondary structure										T	T		S	S								T	T	T	.	.	.	S								G	G	G	S	S	S	S	S	.											T	T	S	S									T	T		S									T	T	T
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.																	.
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.				.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.		120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.			.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.								.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220		.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
Predicted Secondary structure														.	.																				.	.	.	.	.	.	.																												.
Query SS confidence														.	.																				.	.	.	.	.	.	.																												.
Query Sequence		G	N	W	Y	P	E	L	L	D	N	V	E	.	.	P	S	F	V	W	A	N	D	S	W	I	F	Y	Y	V	R	K	H	P	.	.	.	.	.	.	.	V	T	L	L	P	Y	Q	V	W	R	H	A	I	G	T	P	A	S	Q	D	K	L	I	Y	E	E	K	.	D	D	T	Y	Y	V	S	L	H	K	T	T
Query Conservation														.	.																				.	.	.	.	.	.	.																												.
Alig confidence														.	.																				.	.	.	.	.	.	.																												.
Template Conservation
Template Sequence		G	E	W	S	K	V	D	V	I	E	G	G	K	Y	A	T	P	K	W	T	P	D	S	K	G	F	Y	Y	E	W	L	P	T	D	P	S	I	K	V	D	E	R	P	G	Y	T	T	I	R	Y	H	T	L	G	T	E	P	S	K	D	T	V	V	H	E	R	T	G	D	P	T	T	F	L	Q	S	D	L	S	R
Template Known Secondary structure				B		S	S			B	S			T	T							T	T	S	S											T	T	S		T	T	T	G	G	G	G								T	T	S		G	G	G											T	T									T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.			.	.	.	.	.	.	310
Predicted Secondary structure																																																																									.	.
Query SS confidence																																																																									.	.
Query Sequence		S	K	H	Y	V	V	I	H	L	A	S	A	T	T	S	E	V	R	L	L	D	A	E	M	A	D	A	E	P	F	V	F	L	P	R	R	K	D	H	E	Y	S	L	D	H	Y	Q	H	R	F	Y	L	R	S	N	R	H	G	K	N	F	G	L	Y	R	T	R	M	R	D	E	.	.	Q	Q	W	E	E	L	I
Query Conservation																																																																									.	.
Alig confidence																						.	.																																																		.	.
Template Conservation																						.	.
Template Sequence		D	G	K	Y	L	F	V	Y	I	L	R	G	W	S	E	N	D	V	Y	W	.	.	K	R	P	G	E	K	D	F	R	L	L	V	K	G	V	G	A	K	Y	E	V	H	A	W	K	D	R	F	Y	V	L	T	D	E	G	A	P	R	Q	R	V	F	E	V	D	P	A	K	P	A	R	A	S	W	K	E	I	V
Template Known Secondary structure		T	S	S									T	T	T							.	.			T	T		S	S								S	S									T	T								T	T		T	T							B	T	T	B		S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																						.	.
Template SS confidence
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.			.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
		311	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	P	R	E	N	I	M	L	E	G	F	T	L	F	T	D	W	L	V	V	E	E	R	Q	R	G	L	T	S	L	R	Q	I	N	R	K	T	R	E	V	I	G	I	A	F	D	D	P	A	Y	V	T	W	I	A	Y	N	P	E	P	E	T	A	R	L	R	Y	G	Y	S	S	M	T	T	P	D	T	L	F	E
Query Conservation
Alig confidence																																																			.	.
Template Conservation																																																			.	.
Template Sequence		P	E	D	S	S	A	S	L	L	S	V	S	I	V	G	G	H	L	S	L	E	Y	L	K	D	A	T	S	E	V	R	V	A	T	L	K	G	K	P	V	R	T	V	Q	L	P	G	V	G	.	.	A	A	S	N	L	M	G	L	E	D	L	D	D	A	Y	Y	V	F	T	S	F	T	T	P	R	Q	I	Y	K
Template Known Secondary structure					S	S										T	T									T	T									T	T										S	S	S	S	.	.						B	S		T	T		S									T	T
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.
Template SS confidence
		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.			.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
		391	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	D	M	D	T	G	E	R	R	V	L	K	Q	T	E	V	P	G	F	Y	A	A	N	Y	R	S	E	H	L	W	I	V	A	R	D	G	V	E	V	P	V	S	L	V	Y	H	R	K	H	F	R	K	G	H	N	P	L	L	V	Y	G	Y	G	S	Y	G	A	S	I	D	A	D	F	S	F	S	R	L	S	L
Query Conservation
Alig confidence																		.
Template Conservation																		.
Template Sequence		T	S	V	S	T	G	K	S	E	L	W	A	K	V	D	V	.	P	M	N	P	E	Q	Y	Q	V	E	Q	V	F	Y	A	S	K	D	G	T	K	V	P	M	F	V	V	H	R	K	D	L	K	R	D	G	N	A	P	T	L	L	Y	G	Y	G	G	F	N	V	N	M	E	A	N	F	R	S	S	I	L	P	W
Template Known Secondary structure				T	T	T												.	S			G	G	G											T	T	S											T	T				S	S												T	T									G	G	G
Template Predicted Secondary structure																		.
Template SS confidence
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.		.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	D	R	G	F	V	Y	A	I	V	H	V	R	G	G	G	E	L	G	Q	Q	W	Y	E	D	G	K	F	L	K	K	K	N	T	F	N	D	Y	L	D	A	C	D	A	L	L	K	L	G	Y	G	S	P	S	L	C	Y	A	M	G	G	S	A	G	G	M	L	M	G	V	A	I	N	Q	R	P	E	L	F	H
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	D	A	G	G	V	Y	A	V	A	N	L	R	G	G	G	E	Y	G	K	A	W	H	D	A	G	R	L	D	K	K	Q	N	V	F	D	D	F	H	A	A	A	E	Y	L	V	Q	Q	K	Y	T	Q	P	K	R	L	A	I	Y	G	G	S	N	G	G	L	L	V	G	A	A	M	T	Q	R	P	E	L	Y	G
Template Known Secondary structure				T	T									T	T	S	S	T	T							T	T	S	G	G	G	T																	T	T	S			G	G	G							T														G	G	G		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.
		551	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.		.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.
Query SS confidence																																																									.
Query Sequence		G	V	I	A	Q	V	P	F	V	D	V	V	T	T	M	L	D	E	S	I	P	L	T	T	G	E	F	E	E	W	G	N	P	Q	D	P	Q	Y	Y	E	Y	M	K	S	Y	S	P	Y	D	N	V	T	A	Q	A	.	Y	P	H	L	L	V	T	T	G	L	H	D	S	Q	V	Q	Y	W	E	P	A	K	W	V
Query Conservation																																																									.
Alig confidence																								.	.	.																															.
Template Conservation																								.	.	.
Template Sequence		A	V	V	C	A	V	P	L	L	D	M	V	R	Y	H	L	F	G	S	G	R	T	.	.	.	W	I	P	E	Y	G	T	A	E	K	P	E	D	F	K	T	L	H	A	Y	S	P	Y	H	H	V	R	P	D	V	R	Y	P	A	L	L	M	M	A	A	D	H	D	D	R	V	D	P	M	H	A	R	K	F	V
Template Known Secondary structure							S					T	T	T	G	G	G	S	T	T	G	G	G	.	.	.	G							T	T	S												G	G	G				S	S												T	T		S	S	S		T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.
Template SS confidence
		552	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.				.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.
		630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	K	L	R	E	L	K	T	D	D	H	L	L	L	L	C	T	D	M	D	S	G	H	G	G	K	S	G	R	F	K	S	Y	E	G	V	A	M	E	Y	A	F	L	V	A	L	A	Q	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	A	V	Q	N	S	P	G	N	P	A	T	A	L	L	R	I	E	A	N	A	G	H	G	G	A	D	Q	V	A	K	A	I	E	S	S	V	D	L	Y	S	F	L	F	Q	V	L	D	V
Template Known Secondary structure						T	S	T	T			S								T	T		B	T	T	B		S																				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		629	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.