Job Description P24555 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:41:42 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 586 % Identity 16% Template c1z68A_ PDB info PDB header:lyase Chain: A: PDB Molecule:fibroblast activation protein, alpha subunit; PDBTitle: crystal structure of human fibroblast activation protein alpha Resolution 2.60 Å

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		62	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	K	E	I	I	D	R	I	P	Q	R	E	V	S	A	P	Y	I	K	N	G	Y	R	Y	R	H	I	Y	E	P	G	C	E	Y	A	I	Y	Q	R	Q	S	A	F	S	E	E	W	D	E	W	E	T	L	L	D	A	N	K	R	A	A	H	S	E	F	Y	S	M	G	G	M	A	I	T	P	D	N	T	I	M
Query Conservation
Alig confidence																																						.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Template Sequence		L	K	D	I	L	N	G	T	F	S	Y	K	T	F	F	P	N	W	I	S	G	Q	E	Y	L	H	Q	S	A	D	N	N	I	V	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	N	I	E	T	G	Q	S	Y	T	I	L	S	N	R	T	M	K	S	V	N	A	S	.	.	.	.	N	Y	G	L	S	P	D	R	Q	F	V
Template Known Secondary structure								T	T	T										S	S	S	S							T	T	S						.	.	.	.	.	.	.		S	S	S														T	T	T		S	.	.	.	.						T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Template SS confidence
		44	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.								80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.					.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.
		142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.					.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.		.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.																.																																																	.
Query SS confidence													.	.	.	.																.																																																	.
Query Sequence		A	L	A	E	D	F	L	S	R	R	Q	.	.	.	.	Y	G	I	R	F	R	N	L	E	T	G	N	W	Y	P	.	E	L	L	D	N	V	E	P	S	F	V	W	A	N	D	S	W	I	F	Y	Y	V	R	K	H	P	V	T	L	L	P	Y	Q	V	W	R	H	A	I	G	T	P	A	S	Q	D	K	L	.
Query Conservation													.	.	.	.																.																																																	.
Alig confidence													.	.	.	.																.																										.	.	.	.	.	.	.																	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	L	E	S	D	Y	S	K	L	W	R	Y	S	Y	T	A	T	Y	Y	I	Y	D	L	S	N	G	E	F	V	R	G	N	E	L	P	R	P	I	Q	Y	L	C	W	S	P	V	G	S	K	L	A	Y	V	Y	Q	N	.	.	.	.	.	.	.	N	I	Y	L	K	Q	R	P	G	D	P	P	F	Q	I	T	F
Template Known Secondary structure											S	S	S											T	T	T	T					S	S				S	S	B							S	S	T	T							T	T	.	.	.	.	.	.	.						S	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		113	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.								.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.
																216	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	250	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	Y	E	E	K	D	D	T	Y	Y	V	S	L	H	K	T	T	S	K	H	Y	V	V	I	H	L	A	S	A	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	E	V	R	L	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	G	R	E	N	K	I	F	N	G	I	P	D	W	V	Y	E	E	E	M	L	A	T	K	Y	A	L	W	W	S	P	N	G	K	F	L	A	Y	A	E	F	N	D	T	D	I	P	V	I	A	Y	S	Y	Y	G	D	E	Q	Y	P	R	T	I	N	I	P	Y	P	K	A	G	A	K	N	P	V	V	R	I	F
Template Known Secondary structure				B	T	T	T				S	S									T	T		S	S							T	T	S	S										T	T	S										S	S	S	S										B	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		186	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.
		253	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.											270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	A	E	M	A	D	A	E	P	F	V	F	L	P	R	R	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	H	E	Y	S	L	D	H	Y	Q	H	R	F	Y	L	R	S	N	R	H	G	K	N	F	G	L	Y	R	T	R	M	R	D	E	Q	Q	W	E	E	L	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	I	D	T	T	Y	P	A	Y	V	G	P	Q	E	V	P	V	P	A	M	I	A	S	S	D	Y	Y	F	S	W	L	T	W	V	T	D	E	R	V	C	L	Q	W	L	K	R	V	Q	N	V	S	V	L	S	I	C	D	F	R	E	D	W	Q	T	W	D	C	P	K	T	Q	E	H	I	E	E	S	R	T	G
Template Known Secondary structure					S	S																		T	S										S	S	S	S									S	S	T	T											S	S	S	S	S					G	G	G							S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
					312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	P	R	E	N	I	M	L	E	G	F	T	L	F	T	D	W	L	V	V	E	E	R	Q	R	G	L	T	S	L	R	Q	I	N	R	K	T	R	E	V	I	G	I	A	F	D	D	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	A	G	G	F	F	V	S	T	P	V	F	S	Y	D	A	I	S	Y	Y	K	I	F	S	D	K	D	G	Y	K	H	I	H	Y	I	K	D	T	V	E	N	A	I	Q	I	T	S	G	K	W	E	A	I	N	I	F	R	V	T	Q	D	S	L	F	Y	S	S	N	E	F	E	E	Y	P	G	R	R	N	I	Y
Template Known Secondary structure			S	S	S	S	S								T	T	S	S									T	T	S								S	S		S	T	T					S		S	S	S										S	S							S		G	G	G		T	T		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.
																						359	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.			.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	Y	V	T	W	I	A	Y	N	P	E	P	E	T	A	R	L	R	Y	G	Y	S	S	M	T	T	P	D	T	L	F	E	L	D	M	D	T	G	E	R	R	V	L	K	Q	T	E	V	P	G	F	Y	A	A	N	Y	R	.	.	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	I	S	I	G	S	Y	P	P	S	K	K	C	V	T	C	H	L	R	K	E	R	C	Q	Y	Y	T	A	S	F	S	D	Y	A	K	Y	Y	A	L	V	C	Y	G	P	G	I	P	I	S	T	L	H	D	G	R	T	D	Q	E	I	K	I	L	E	E	N	K	E	L	E	N	A	L	K	N	I	Q	L	P	K
Template Known Secondary structure						S	S	S	S						S	S	T	T	T	T	T	T	T	B		B							G	G	G	S	S								B	S	S								S	S	S																	T	T	S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		426	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.
		417	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.				.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.
Query Sequence		E	H	L	W	I	V	A	R	D	G	V	E	V	P	V	S	L	V	Y	H	R	K	H	F	R	K	G	H	N	P	L	L	V	Y	G	Y	G	S	Y	G	A	S	I	D	A	D	.	.	.	F	S	F	S	R	L	S	L	L	D	R	G	F	V	Y	A	I	V	H	V	R	G	G	G	E	L	G	Q	Q	W	Y
Query Conservation																																																.	.	.
Alig confidence																																																.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	E	I	K	K	L	E	V	D	E	I	T	L	W	Y	K	M	I	L	P	P	Q	F	D	R	S	K	K	Y	P	L	L	I	Q	V	Y	G	G	P	C	S	Q	S	V	R	S	V	F	A	V	N	W	I	S	Y	L	A	S	K	E	G	M	V	I	A	L	V	D	G	R	G	T	A	F	Q	G	D	K	L	L
Template Known Secondary structure										T	T											T	T			S	S	S												T	T	B																		T	T										T	T	B	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		506	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.
		494	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	D	G	K	F	L	K	K	K	N	T	F	N	D	Y	L	D	A	C	D	A	L	L	K	L	G	Y	G	S	P	S	L	C	Y	A	M	G	G	S	A	G	G	M	L	M	G	V	A	I	N	Q	R	P	E	L	F	H	G	V	I	A	Q	V	P	F	V	D	V	V	T	T	M	L	D	E	S	I	P	L	T
Query Conservation
Alig confidence																																																																									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																									.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	A	V	Y	R	K	L	G	V	Y	E	V	E	D	Q	I	T	A	V	R	K	F	I	E	M	G	F	I	D	E	K	R	I	A	I	W	G	W	S	Y	G	G	Y	V	S	S	L	A	L	A	S	G	T	G	L	F	K	C	G	I	A	V	A	P	V	S	S	W	E	Y	Y	.	.	.	.	.	.	.	A	S
Template Known Secondary structure		G	G	G	T	T		T	T																T	T	S													T											T	T	S	S	S			S						S					T	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	B
Template Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		586	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.								.	.
		574	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	G	E	F	E	E	W	G	N	P	Q	D	P	Q	Y	Y	E	Y	M	K	S	Y	S	P	Y	D	N	V	T	A	Q	A	Y	P	H	L	L	V	T	T	G	L	H	D	S	Q	V	Q	Y	W	E	P	A	K	W	V	A	K	L	R	E	L	K	T	D	D	H	L	L	L	L	C	T	D	M	D	S	G	H	G
Query Conservation
Alig confidence																																																																			.	.	.
Template Conservation																																																																			.	.	.
Template Sequence		V	Y	T	E	R	F	M	G	L	P	T	K	D	D	N	L	E	H	Y	K	N	S	T	V	M	A	R	A	E	Y	F	R	N	V	D	Y	L	L	I	H	G	T	A	D	D	N	V	H	F	Q	N	S	A	Q	I	A	K	A	L	V	N	A	Q	V	D	.	.	.	F	Q	A	M	W	Y	S	D	Q	N	H	G
Template Known Secondary structure											S	S	T	T	T	T							T		S	G	G	G	G	G	G	G	T	T	S								T	T		S	S	S		T													T	T			.	.	.							T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.
Template SS confidence
		659	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.				.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.
		654	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	K	S	G	R	F	K	S	Y	E	G	V	A	M	E	Y	A	F	L	V	A	L	A	Q
Query Conservation
Alig confidence					.	.
Template Conservation					.	.
Template Sequence		L	S	G	.	.	L	S	T	N	H	L	Y	T	H	M	T	H	F	L	K	Q	C	F	S
Template Known Secondary structure				T	.	.
Template Predicted Secondary structure					.	.
Template SS confidence
		736	.	.			.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.