Job Description P24555 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:41:42 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 552 % Identity 13% Template c1xfdD_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: D: PDB Molecule:dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6; PDBTitle: structure of a human a-type potassium channel accelerating factor2 dppx, a member of the dipeptidyl aminopeptidase family Resolution 3.00 Å

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		103	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.					.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.																													.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.																													.	.
Query Sequence		A	F	S	E	E	W	D	E	W	E	T	L	L	D	A	N	K	R	A	A	H	S	E	F	Y	S	M	G	G	M	A	I	T	P	D	N	T	I	M	A	L	A	E	D	F	L	.	.	.	.	S	R	R	Q	Y	G	I	R	F	R	N	L	E	T	G	N	W	Y	P	E	L	L	D	N	V	E	P	S	.	.
Query Conservation																																																.	.	.	.																													.	.
Alig confidence																								.	.	.	.																					.	.	.	.																													.	.
Template Conservation																								.	.	.	.
Template Sequence		L	W	N	V	E	T	N	T	S	T	V	L	I	E	G	K	K	I	E	S	L	R	.	.	.	.	A	I	R	Y	E	I	S	P	D	R	E	Y	A	L	F	S	Y	N	V	E	P	I	Y	Q	H	S	Y	T	G	Y	Y	V	L	S	K	I	P	H	G	D	P	Q	S	L	D	P	P	E	V	S	N	A	K	L
Template Known Secondary structure			B		G	G	G									T	T	T	T	T	T	T		.	.	.	.		S						T	T	S	S								S				S	S	S				B							S	S	S									T	T			S			B
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.
Template SS confidence
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.					.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
				177	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.																.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	F	V	W	A	N	D	S	W	I	F	Y	Y	V	R	K	H	P	V	T	L	L	P	Y	Q	V	W	R	H	A	I	G	T	P	A	S	Q	D	K	L	I	Y	E	E	K	D	D	T	Y	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	S	L	H	K	T	T	S	K	H	Y	V	V	I
Query Conservation		.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	Y	A	G	W	G	P	K	G	Q	Q	L	I	F	I	F	E	N	.	.	.	.	.	.	.	N	I	Y	Y	C	A	H	V	G	K	Q	A	I	R	V	V	S	T	G	K	E	G	V	I	Y	N	G	L	S	D	W	L	Y	E	E	E	I	L	K	T	H	I	A	H	W	W	S	P	D	G	T	R	L	A	Y
Template Known Secondary structure		S	B			B		S	S	T	T							T	T	.	.	.	.	.	.	.						S	S	S	S	S										B	T	T	T													T	T	S	S	S	S							T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260								.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
		240	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270							.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	L	A	S	A	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	V	R	L	L	D	A	E	M	A	D	A	E	P	F	V	F	L	P	R	R	K	D	.	.	.	.	.	.	H	E	Y	S	L	D	H	Y	Q	H	R	F
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	A	I	N	D	S	R	V	P	I	M	E	L	P	T	Y	T	G	S	I	Y	P	T	V	K	P	Y	H	Y	P	K	A	G	S	E	N	P	S	I	S	L	H	V	I	G	L	N	G	P	T	H	D	L	E	M	M	P	P	D	D	P	R	M	R	E	Y	Y	I	T	M	V	K	W	A	T	S	T	K	V	A
Template Known Secondary structure							T	T	S									S	S	S	S	S										B	T	T	S												S	S	S	S												G	G	G	S	S									S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
		283	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	L	R	S	N	R	H	G	K	N	F	G	L	Y	R	T	R	M	R	D	E	Q	Q	W	E	E	L	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	T	W	L	N	R	A	Q	N	V	S	I	L	T	L	C	D	A	T	T	G	V	C	T	K	K	H	E	D	E	S	E	A	W	L	H	R	Q	N	E	E	P	V	F	S	K	D	G	R	K	F	F	F	I	R	A	I	P	Q	G	G	R	G	K	F	Y	H	I	T	V	S	S	S	Q	P	N	S	S	N	D
Template Known Secondary structure							T	T	S										T	T	T												S	S													T	T	S		S										S	S	S	S										S	S			S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		396	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.
										312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.			.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360		.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.																										.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.																										.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	P	R	E	N	I	M	L	E	G	F	T	L	F	T	D	W	L	V	V	E	E	R	Q	R	.	.	G	L	T	S	L	R	Q	I	N	R	K	T	R	E	V	I	G	I	A	F	D	D	P	A	Y	.	V	T	W	I	A	Y	N	P	E	P	E	T	A	R	L	R	Y	G	Y	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.																										.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.																										.
Template Conservation
Template Sequence		N	I	Q	S	I	T	S	G	D	W	D	V	T	K	I	L	A	Y	D	E	K	G	N	K	I	Y	F	L	S	T	E	D	L	P	R	R	R	Q	L	Y	S	A	N	T	V	G	N	F	N	R	Q	C	L	S	C	D	L	V	E	N	C	T	Y	F	S	A	S	F	S	H	S	M	D	F	F	L	L	K	C	E
Template Known Secondary structure					B	S			S	S	S										T	T	T	T							S	S	S		T	T									S	S	T	T				B		S	S	T	T	S	S	S	S										T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		476	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.			.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.
Query SS confidence																																				.	.
Query Sequence		S	M	T	T	P	D	T	L	F	E	L	D	M	D	T	G	E	R	R	V	L	K	Q	T	E	V	P	G	F	Y	A	A	N	Y	.	.	R	S	E	H	L	W	I	V	A	R	D	G	V	E	V	P	V	S	L	V	Y	H	R	K	H	F	R	K	G	H	N	P	L	L	V	Y	G	Y	G	S	Y	G	A	S
Query Conservation																																				.	.
Alig confidence																																				.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	P	G	V	P	M	V	T	V	H	N	T	T	D	K	K	K	M	F	D	L	E	T	N	E	H	V	K	K	A	I	N	D	R	Q	M	P	K	V	E	Y	R	D	I	E	I	D	D	Y	N	L	P	M	Q	I	L	K	P	A	T	F	T	D	T	T	H	Y	P	L	L	L	V	V	D	G	T	P	G	S	Q
Template Known Secondary structure		S	S	S	S								T	T	T																			T	S				B			B						T	T						B			B		S	S			S	S	S												T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		556	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.
		459	460	.	.				.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.
Query SS confidence						.	.	.
Query Sequence		I	D	A	D	.	.	.	F	S	F	S	R	L	S	L	L	D	R	G	F	V	Y	A	I	V	H	V	R	G	G	G	E	L	G	Q	Q	W	Y	E	D	G	K	F	L	K	K	K	N	T	F	N	D	Y	L	D	A	C	D	A	L	L	K	L	G	Y	G	S	P	S	L	C	Y	A	M	G	G	S	A	G	G
Query Conservation						.	.	.
Alig confidence						.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	V	A	E	K	F	E	V	S	W	E	T	V	M	V	S	S	H	G	A	V	V	V	K	C	D	G	R	G	S	G	F	Q	G	T	K	L	L	H	E	V	R	R	R	L	G	L	L	E	E	K	D	Q	M	E	A	V	R	T	M	L	K	E	Q	Y	I	D	R	T	R	V	A	V	F	G	K	D	Y	G	G
Template Known Secondary structure										S								T	T										T	T		S	S	S							T	T	T	T		T	T	T															S	S	S	S												T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		636	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.
		536	.	.	.	540	.	.	.	.					.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.
Query Sequence		M	L	M	G	V	A	I	N	Q	.	.	.	.	R	P	E	L	F	H	G	V	I	A	Q	V	P	F	V	D	V	V	T	T	M	L	D	E	S	I	P	L	T	T	G	E	F	E	E	W	G	N	P	Q	D	P	Q	Y	Y	E	Y	M	K	S	Y	S	P	Y	D	N	V	T	A	Q	A	Y	P	H	L	L	V
Query Conservation											.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.														.	.
Template Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.														.	.
Template Sequence		Y	L	S	T	Y	I	L	P	A	K	G	E	N	Q	G	Q	T	F	T	C	G	S	A	L	S	P	I	T	D	F	K	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	A	S	A	F	S	E	R	Y	L	G	L	H	G	.	.	L	D	N	R	A	Y	E	M	T	K	V	A	H	R	V	S	A	L	E	E	Q	Q	F	L	I
Template Known Secondary structure											S	S	S	T	T					S						S					T	T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	B												S	.	.	S			S	S	T	T	T	S		T					T	S			S
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.														.	.
Template SS confidence
		716	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.								.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.			.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.
		612	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	T	G	L	H	D	S	Q	V	Q	Y	W	E	P	A	K	W	V	A	K	L	R	E	L	K	T	D	D	H	L	L	L	L	C	T	D	M	D	S	G	H	G	G	K	S	G	R	F	K	S	Y	E	G	V	A	M	E	Y	A	F	L	V	A	L	A	Q	G
Query Conservation
Alig confidence																													.	.	.																.
Template Conservation																													.	.	.																.
Template Sequence		I	H	P	T	A	D	E	K	I	H	F	Q	H	T	A	E	L	I	T	Q	L	I	R	G	K	A	N	.	.	.	Y	S	L	Q	I	Y	P	D	E	S	H	Y	F	T	S	.	S	S	L	K	Q	H	L	Y	R	S	I	I	N	F	F	V	E	C	F	R	I
Template Known Secondary structure					T	T		S	S	S															T	T			.	.	.							T	T			S	S				.																T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.																.
Template SS confidence
		787	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.				.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.		.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.