Job Description P24555 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:41:42 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 665 % Identity 24% Template c1qfmA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:protein (prolyl oligopeptidase); PDBTitle: prolyl oligopeptidase from porcine muscle Resolution 1.40 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	P	K	A	A	R	I	P	H	A	M	T	L	H	G	D	T	R	I	D	N	Y	Y	W	L	R	D	D	T	R	S	Q	P	E	V	L	D	Y	L	Q	Q	E	N	S	Y	G	H	R	V	M	A	S	Q	Q	A	L	Q	D	R	I	L	K	E	I	I	D	R	I	P	Q	R	E	V	S	A	P	Y	I	K	N
Query Conservation
Alig confidence																				.									.	.																								.	.
Template Conservation																				.									.	.																								.	.
Template Sequence		P	D	V	Y	R	D	E	T	A	I	Q	D	Y	H	G	H	K	V	.	D	P	Y	A	W	L	E	D	.	.	P	D	S	E	Q	T	K	A	F	V	E	A	Q	N	K	I	T	V	P	F	L	E	Q	.	.	P	I	R	G	L	Y	K	E	R	M	T	E	L	Y	D	Y	P	K	Y	S	C	H	F	K	K	G
Template Known Secondary structure								T	T						T	T				.		T	T	G	G	G	G		.	.	T	T	S																					.	.														T		S										T
Template Predicted Secondary structure																				.									.	.																								.	.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.		.	.	.	.	.	30	.	.			.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.			.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	Y	R	Y	R	H	I	Y	E	P	G	C	E	Y	A	I	Y	Q	R	Q	S	A	F	S	E	E	W	D	E	W	E	T	L	L	D	A	N	K	R	A	A	H	S	E	F	Y	S	M	G	G	M	A	I	T	P	D	N	T	I	M	A	L	A	E	D	F	L	S	R	R	Q	Y	G	I	R	F	R	N	L	E
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.																.
Template Conservation																										.	.	.																.
Template Sequence		K	R	Y	F	Y	F	Y	N	T	G	L	Q	N	Q	R	V	L	Y	V	Q	D	S	L	E	.	.	.	G	E	A	R	V	F	L	D	P	N	I	L	S	D	D	.	G	T	V	A	L	R	G	Y	A	F	S	E	D	G	E	Y	F	A	Y	G	L	S	A	S	G	S	D	W	V	T	I	K	F	M	K	V	D
Template Known Secondary structure		T									S	S		S	S							S	S	S	S	.	.	.	S								G	G	G	G		S	S	.	S											T	T	S	S									T	T		S									T	T
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.																.
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.				.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.		.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190											.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220		.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Query Sequence		T	G	N	W	Y	P	E	L	L	D	N	V	E	P	S	F	V	W	A	N	D	S	W	I	F	Y	Y	V	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	H	P	V	T	L	L	P	Y	Q	V	W	R	H	A	I	G	T	P	A	S	Q	D	K	L	I	Y	E	E	K	.	D	D	T	Y	Y	V	S	L	H	K
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Template Conservation
Template Sequence		G	A	K	E	L	P	D	V	L	E	R	V	K	F	S	M	A	W	T	H	D	G	K	G	M	F	Y	N	A	Y	P	Q	Q	D	G	K	S	D	G	T	E	T	S	T	N	L	H	Q	K	L	Y	Y	H	V	L	G	T	D	Q	S	E	D	I	L	C	A	E	F	P	D	E	P	K	W	M	G	G	A	E	L
Template Known Secondary structure		T	T																		T	T	S	S											S	S			S	S	S															T	T	S		G	G	G								T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		231	.	.	.	.	.	.	.	.	240		.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.							260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
Predicted Secondary structure												.																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	T	S	K	H	Y	V	V	I	H	.	L	A	S	A	T	T	S	E	V	R	L	L	D	A	E	M	A	D	A	.	.	.	.	.	.	E	P	F	V	F	L	P	R	R	K	D	H	E	Y	S	L	D	H	Y	Q	H	R	F	Y	L	R	S	N	R	H	G	K	N	F	G	L	Y	R	T	R	M	R	D	E
Query Conservation												.																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	D	D	G	R	Y	V	L	L	S	I	R	E	G	D	P	V	N	R	L	W	Y	C	D	L	Q	Q	E	S	N	G	I	T	G	I	L	K	W	V	K	L	I	D	N	F	E	G	E	Y	D	Y	V	T	N	E	G	T	V	F	T	F	K	T	N	R	H	S	P	N	Y	R	L	I	N	I	D	F	T	D	P
Template Known Secondary structure			T	T	S																					G	G	G	S	S	S	S	S		S	S									S	S	S	S									T	T								T	T		T	T								T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
				304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.		.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
Predicted Secondary structure		.	.																							.
Query SS confidence		.	.																							.
Query Sequence		.	.	Q	Q	W	E	E	L	I	P	P	R	E	N	I	M	L	E	G	F	T	L	F	T	.	D	W	L	V	V	E	E	R	Q	R	G	L	T	S	L	R	Q	I	N	R	K	T	R	E	V	I	G	I	A	F	D	D	P	A	Y	V	T	W	I	A	Y	N	P	E	P	E	T	A	R	L	R	Y	G	Y	S
Query Conservation		.	.																							.
Alig confidence		.	.																							.																																			.	.
Template Conservation																																																													.	.
Template Sequence		E	E	S	K	W	K	V	L	V	P	E	H	E	K	D	V	L	E	W	V	A	C	V	R	S	N	F	L	V	L	C	Y	L	H	D	V	K	N	T	L	Q	L	H	D	L	A	T	G	A	L	L	K	I	F	P	L	E	V	G	.	.	S	V	V	G	Y	S	G	Q	K	K	D	T	E	I	F	Y	Q	F	T
Template Known Secondary structure			G	G	G									S	S										T	T	T									T	T									T	T	T											S	S	.	.									T	T		S
Template Predicted Secondary structure																																																													.	.
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380			.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.			.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.
Query SS confidence																							.	.
Query Sequence		S	M	T	T	P	D	T	L	F	E	L	D	M	D	T	G	E	R	R	V	L	.	.	K	Q	T	E	V	P	G	F	Y	A	A	N	Y	R	S	E	H	L	W	I	V	A	R	D	G	V	E	V	P	V	S	L	V	Y	H	R	K	H	F	R	K	G	H	N	P	L	L	V	Y	G	Y	G	S	Y	G	A	S
Query Conservation																							.	.
Alig confidence																							.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	F	L	S	P	G	I	I	Y	H	C	D	L	T	K	E	E	L	E	P	R	V	F	R	E	V	T	V	K	G	I	D	A	S	D	Y	Q	T	V	Q	I	F	Y	P	S	K	D	G	T	K	I	P	M	F	I	V	H	K	K	G	I	K	L	D	G	S	H	P	A	F	L	Y	G	Y	G	G	F	N	I	S
Template Known Secondary structure			S	S										T	T	S	S	S												T	T			G	G	G											T	T	S											T	T				S	S		S										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		459	460	.	.	.	.	.	.		.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.
Query SS confidence										.
Query Sequence		I	D	A	D	F	S	F	S	.	R	L	S	L	L	D	R	G	F	V	Y	A	I	V	H	V	R	G	G	G	E	L	G	Q	Q	W	Y	E	D	G	K	F	L	K	K	K	N	T	F	N	D	Y	L	D	A	C	D	A	L	L	K	L	G	Y	G	S	P	S	L	C	Y	A	M	G	G	S	A	G	G	M	L
Query Conservation										.
Alig confidence										.
Template Conservation
Template Sequence		I	T	P	N	Y	S	V	S	R	L	I	F	V	R	H	M	G	G	V	L	A	V	A	N	I	R	G	G	G	E	Y	G	E	T	W	H	K	G	G	I	L	A	N	K	Q	N	C	F	D	D	F	Q	C	A	A	E	Y	L	I	K	E	G	Y	T	S	P	K	R	L	T	I	N	G	G	S	N	G	G	L	L
Template Known Secondary structure																											T	T	S	S	T	T							T	T	S	G	G	G	T																	T	T	S			G	G	G							T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		538	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.							.	.	.	610	.
Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																							.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	G	V	A	I	N	Q	R	P	E	L	F	H	G	V	I	A	Q	V	P	F	V	D	V	V	T	T	M	L	D	E	S	I	P	L	T	T	G	E	F	E	E	W	G	N	P	Q	D	P	Q	Y	Y	E	Y	M	K	S	Y	S	P	Y	D	N	V	T	A	Q	A	Y	.	.	.	.	.	.	P	H	L	L	V
Query Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.														.																							.	.	.	.	.	.		.
Template Conservation																																.	.	.														.																														.
Template Sequence		V	A	T	C	A	N	Q	R	P	D	L	F	G	C	V	I	A	Q	V	G	V	M	D	M	L	K	F	H	K	Y	.	.	.	T	I	G	H	A	W	T	T	D	Y	G	S	D	.	S	K	Q	H	F	E	W	L	I	K	Y	S	P	L	H	N	V	K	L	P	E	A	D	D	I	Q	Y	P	S	.	M	L	L
Template Known Secondary structure										G	G	G		S						S					T	T	T	G	G	G	S	.	.	.	T	T	G	G	G	G								.	S												G	G	G						S	S	T	T						.
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.														.																														.
Template SS confidence
		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.				590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.		.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.		.	.	.
		612	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.					.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.
Query Sequence		T	T	G	L	H	D	S	Q	V	Q	Y	W	E	P	A	K	W	V	A	K	L	R	E	L	.	.	.	.	K	T	D	D	H	L	L	L	L	C	T	D	M	D	S	G	H	G	G	K	S	G	R	F	K	S	Y	E	G	V	A	M	E	Y	A	F	L	V	A	L	A	Q	G	T	L	P	A
Query Conservation																										.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	T	A	D	H	D	D	R	V	V	P	L	H	S	L	K	F	I	A	T	L	Q	Y	I	V	G	R	S	R	K	Q	N	N	P	L	L	I	H	V	D	T	K	A	G	H	G	A	G	K	P	T	A	K	V	I	E	E	V	S	D	M	F	A	F	I	A	R	C	L	N	I	D	W	I	P
Template Known Secondary structure					T	T			S	S		T														T	T	T	S	T	T			S								S	S			S	S	T	T																						T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		636	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710