Job Description P08395 Confidence 98.49% Date Thu Jan 5 11:01:27 GMT 2012 Rank 89 Aligned Residues 332 % Identity 19% Template c3u9rB_ PDB info PDB header:ligase Chain: B: PDB Molecule:methylcrotonyl-coa carboxylase, beta-subunit; PDBTitle: crystal structure of p. aeruginosa 3-methylcrotonyl-coa carboxylase2 (mcc), beta subunit Resolution 1.50 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.											.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	G	A	S	S	D	R	L	Q	E	N	S	L	F	D	I	V	N	T	I	R	Q	A	K	D	D	R	N	I	T	G	I	V	M	D	L	K	N	F	A	G	G	D	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	M	Q	Y	I	G	K	A	L	K	E	F	R	D	S	G	K	P	V	Y	A	V	G	E	N
Query Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																															.	.								.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.								.
Template Sequence		A	T	V	K	G	G	T	Y	Y	P	L	T	V	K	K	H	L	R	A	Q	A	I	A	L	E	N	R	L	P	.	.	C	I	Y	L	V	D	S	.	G	G	A	N	L	P	R	Q	D	E	V	F	P	D	R	E	H	F	G	R	I	F	F	N	Q	A	N	M	S	A	R	G	I	P	Q	I	A	V	V	M	G
Template Known Secondary structure		T	T	T	G	G	G		B																			T			.	.								.			B		G	G	G	G	G	G	T	S	S	S	T	T	S	T	T												T	T									S
Template Predicted Secondary structure																															.	.								.
Template SS confidence
		138	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.			.	.	.	170	.	.	.		.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
			155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.		.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
Predicted Secondary structure		.																		.
Query SS confidence		.																		.
Query Sequence		.	Y	S	Q	G	Q	Y	Y	L	A	S	F	A	N	K	I	W	L	.	S	P	Q	G	V	V	D	L	H	G	F	A	T	N	G	L	Y	Y	K	S	L	L	D	K	L	K	V	S	T	H	V	F	R	V	G	T	Y	K	S	A	V	E	P	F	I	R	D	D	M	S	P	A	A	R	E	A	D	S	R	W	I
Query Conservation		.																		.
Alig confidence		.																		.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	C	T	A	G	G	A	Y	V	P	A	M	S	D	E	T	V	M	V	R	E	Q	A	T	I	F	L	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				B	G	G	G	G					T	S	S						T	T	T		B		B	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.		.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	E	L	W	Q	N	Y	L	N	T	V	A	A	N	R	Q	I	P	A	E	Q	V	F	P	G	A	Q	G	L	L	E	G	L	T	K	T	G	G	D	T	A	K	Y	A	L	E	N	K	L	V	D	A	L	A	.	S	S	A	E	I	E	K	A	L	T	K	E	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																								.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	G	P	P	L	V	K	A	A	T	G	E	V	V	S	A	E	E	L	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	V	H	C	K	V	S	G	V	A	D	H	Y	A	E	D	D	D	H	A	L	A	I	A	R	R	C	V	A	N	L	N	W	R	K	Q	G	Q	L	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.																				B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	T		S		S				S	S														T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.																.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	W	S	K	T	D	K	N	Y	R	A	I	S	Y	Y	D	Y	A	L	K	T	P	A	D	T	G	D	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	V	V	F	A	N	G	A	I	M	D	G	E	E	T	Q
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		C	R	A	P	R	A	P	L	Y	P	A	E	E	L	Y	G	V	I	P	A	D	S	K	Q	P	Y	D	V	R	E	V	I	A	R	L	V	D	G	S	E	F	D	E	F	K	A	L	F	G	T	T	L	V	C	G	F	A	H	L	H	G	Y	P	I	A	I	L	A	N	N	G	I	L	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									S	S		G	G	G					S		S	S	T	T	S				T					T	T	T	S	G	G	G	B					S	T	T	S	S	T	T									T	T										S	S	B	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
		345	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.								.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.																																.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.	.																																.
Query Sequence		G	N	V	G	G	D	T	T	A	A	Q	I	R	D	A	R	L	D	P	K	V	K	A	I	V	L	R	V	N	S	P	G	G	S	V	T	A	S	E	V	I	.	.	.	.	.	.	.	R	A	E	L	A	A	A	R	A	A	G	K	P	V	V	V	S	M	G	G	M	A	A	S	G	G	Y	W	I	S	T	.
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.																																.
Alig confidence																							.	.																			.	.	.	.	.	.	.																																.
Template Conservation																							.	.
Template Sequence		F	A	E	A	A	Q	K	G	A	H	F	I	E	L	A	C	Q	R	G	I	P	.	.	L	L	F	L	Q	N	I	T	G	F	M	V	G	Q	K	Y	E	A	G	G	I	A	K	H	G	A	K	L	V	T	A	V	A	C	A	R	V	P	K	F	T	V	L	I	G	G	S	F	G	A	G	N	Y	G	M	C	G
Template Known Secondary structure																				T			.	.										B			S						T	T																	S												T	T					T	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.
Template SS confidence
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.			.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
					417	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.					.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																		.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.																		.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	P	A	N	Y	I	V	A	N	P	S	T	L	T	G	S	I	G	.	.	.	.	I	F	G	V	I	T	T	V	E	N	S	L	D	S	I	G	V	H	T	D	G	V	S	T	S	P	L	A	D	V	S	I	T	R	A	L	P	P	E	A	Q	L	M	M	Q	L	S	I	E	N	G	Y	K	R	F	I
Query Conservation		.	.	.																		.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																		.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	A	Y	D	P	R	F	L	W	M	W	P	N	A	R	I	G	V	M	G	G	E	Q	A	A	G	V	L	A	Q	V	K	R	E	Q	A	E	R	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Q	L	G	V	E	E	E	A	K	I	K	A	P	I	L	E	Q	Y	E	H	Q	G
Template Known Secondary structure		G	G	G			S						T	T					S	S																			T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		455	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.
		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	V	A	D	A	R	H	S	T	P	E	Q	I	D	K	I	A	Q	G	H	V	W	T	G	Q	D	A	K	A	N	G	L	V	D	S	L	G	D	F	D	D	A	V	A	K	A	A	E	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	P	Y	Y	S	S	A	R	L	W	D	D	G	V	I	D	P	A	Q	T	R	E	V	L	A	L	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S							T	T	S	S	S		B			G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									518	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.