Job Description P08395 Confidence 98.21% Date Thu Jan 5 11:01:27 GMT 2012 Rank 95 Aligned Residues 326 % Identity 21% Template c1vrgE_ PDB info PDB header:ligase Chain: E: PDB Molecule:propionyl-coa carboxylase, beta subunit; PDBTitle: crystal structure of propionyl-coa carboxylase, beta subunit (tm0716)2 from thermotoga maritima at 2.30 a resolution Resolution 2.30 Å

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		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.								.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.		.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.																													.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.	.	.																													.
Query Sequence		L	G	A	S	S	D	R	L	Q	E	N	S	L	F	D	I	V	N	T	I	R	Q	A	K	D	D	R	N	I	T	G	I	V	M	D	L	K	N	F	A	G	G	.	.	.	.	.	.	.	D	Q	P	S	M	Q	Y	I	G	K	A	L	K	E	F	R	D	S	G	K	P	V	Y	A	V	G	E	N	.	Y	S
Query Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.																													.
Alig confidence																															.	.								.				.	.	.	.	.	.	.																	.												.
Template Conservation																															.	.								.																											.
Template Sequence		F	T	V	X	G	G	S	L	G	E	X	H	A	K	K	I	V	K	L	L	D	L	A	L	K	X	G	I	P	.	.	V	I	G	I	N	D	S	.	G	G	A	R	I	Q	E	G	V	D	A	L	A	G	Y	G	E	I	F	L	R	N	T	L	A	S	.	G	V	V	P	Q	I	T	V	I	A	G	P	C	A
Template Known Secondary structure		T	T	T	G	G	G		B																			T			.	.								.		S	B		G	G	G	T																		T	.	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																															.	.								.																											.
Template SS confidence
		95	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.			.	.	.	.	.	.	130		.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.		.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.		.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.
Query SS confidence																				.
Query Sequence		Q	G	Q	Y	Y	L	A	S	F	A	N	K	I	W	L	S	P	Q	.	G	V	V	D	L	H	G	F	A	T	N	G	L	Y	Y	K	S	L	L	D	K	L	K	V	S	T	H	V	F	R	V	G	T	Y	K	S	A	V	E	P	F	I	R	D	D	M	S	P	A	A	R	E	A	D	S	R	W	I	G	E	L
Query Conservation																				.
Alig confidence																				.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	G	A	V	Y	S	P	A	L	T	D	F	I	V	X	V	D	Q	T	A	R	X	F	I	T	G	P	N	V	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	G	G	G						S	S						T	T	T					S	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.		.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.													.
Predicted Secondary structure																																																					.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																					.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	Q	N	Y	L	N	T	V	A	A	N	R	Q	I	P	A	E	Q	V	F	P	G	A	Q	G	L	L	E	G	L	T	K	T	G	G	D	T	A	K	Y	A	L	E	N	K	L	V	D	A	L	A	.	S	S	A	E	I	E	K	A	L	T	K	E	F	G	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Query Conservation																																																					.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	K	A	V	T	G	E	E	I	S	Q	E	D	L	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	X	V	H	N	Q	K	S	G	N	A	H	F	L	A	D	N	D	E	K	A	X	S	L	V	R	T	L	L	S	Y	L	P	S	N	N	A	E	E	P	P	V	E	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.				T											B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	S	S			S				S	S													T	T	S		S	S	T	T	S				B		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								201	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.																.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		303	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	330	.	.	.	.						.	.	.	.	.	340	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.
Query Sequence		K	T	D	K	N	Y	R	A	I	S	Y	Y	D	Y	A	L	K	T	P	A	D	T	G	D	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	V	V	F	A	N	.	.	.	.	.	G	A	I	M	D	G	E	E
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.				.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Template Sequence		P	D	T	S	L	E	T	P	E	D	I	L	D	I	L	P	D	N	P	N	K	G	Y	D	V	R	D	V	I	K	R	V	V	D	H	G	E	F	F	E	V	Q	P	Y	F	A	K	N	I	V	I	G	F	A	R	I	Q	G	K	T	V	G	I	V	A	N	Q	P	S	V	L	A	G	V	L	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										G	G	G	G	G	S	S		S	S	T	T					T					T	T	T	S	G	G	G						S	T	T	S	S	T	T									T	T										T	T	S	G	G	G		B	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.								.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	Q	G	N	V	G	G	D	T	T	A	A	Q	I	R	D	A	R	L	D	P	K	V	K	A	I	V	L	R	V	N	S	P	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	V	T	A	S	E	V	I	R	A	E	L	A	A	A	R	A	A	G	K	P	V	V	V	S	M	G	G	M	A	A	S	G	G	Y	W	I	S
Query Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																					.	.													.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																					.	.
Template Sequence		.	.	D	I	D	S	S	D	K	A	A	R	F	I	R	F	L	D	A	F	N	I	.	.	P	I	L	T	F	V	D	T	P	G	Y	L	P	G	V	A	Q	E	H	G	G	I	I	R	H	G	A	K	L	L	Y	A	Y	S	E	A	T	V	P	K	I	T	V	I	L	R	K	A	Y	G	G	A	Y	I	A	X
Template Known Secondary structure		.	.																		T	T		.	.											B									T	T																	S																		T
Template Predicted Secondary structure		.	.																					.	.
Template SS confidence
				335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.			.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
		416	.					.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.																	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	P	.	.	.	.	A	N	Y	I	V	A	N	P	S	T	L	T	G	S	I	G	I	F	G	V	I	T	T	V	E	N	S	L	D	S	I	G	V	H	T	D	G	V	S	T	S	P	L	A	D	V	S	I	T	R	A	L	P	P	E	A	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L
Query Conservation				.	.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	S	K	H	L	G	A	D	X	V	L	A	W	P	S	A	E	I	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	X	G	P	E	G	A	A	N	I	I	F	K	R	E	I	E	A	S	S	N	P	E	E
Template Known Secondary structure		T		G	G	G	T		S						T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S										T						S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.
		476	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	M	Q	L	S	I	E	N	G	Y	K	R	F	I	T	L	V	A	D	A	R	H	S	T	P	E	Q	I	D	K	I	A	Q	G	H	V	W	T	G	Q	D	A	K	A	N	G	L	V	D	S	L	G	D	F	D	D	A	V	A	K	A	A	E	L	A	K	V	K	Q	W	H	L	E	Y	Y	V	D	E	P
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	R	R	K	L	I	E	E	Y	K	Q	Q	F	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	P	Y	I	A	A	S	R	G	Y	V	D	X	V	I	D	P	R	E	T	R	K	Y	I	X	R	A	L	E	V	C	E	T	K	V	E	Y	R	P	K	K	K
Template Known Secondary structure															S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S							T	T	S	S	S					G	G	G													T	T									S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		454	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.