Job Description Q46820 Confidence 99.57% Date Thu Jan 5 12:34:45 GMT 2012 Rank 141 Aligned Residues 293 % Identity 19% Template c3nlcA_ PDB info PDB header:structural genomics, unknown function Chain: A: PDB Molecule:uncharacterized protein vp0956; PDBTitle: crystal structure of the vp0956 protein from vibrio parahaemolyticus.2 northeast structural genomics consortium target vpr147 Resolution 2.15 Å

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		296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	M	G	W	R	P	D	V	S	K	V	V	P	R	S	E	K	V	A	V	I	G	A	G	P	A	G	L	G	C	A	D	I	L	A	R	A	G	V	Q	V	D	V	F	D	R	H	P	E	I	G	G	M	L	T	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	X	E	Y	K	F	V	A	K	A	P	E	N	L	T	E	R	P	I	V	I	G	F	G	P	C	G	L	F	A	G	L	V	L	A	Q	X	G	F	N	P	I	I	V	E	R	G	K	E	V	R	E	R	T	K	D	T	F	G	F	W	R	K	R	T	L	N	P	E	S	N	V	Q	F	G	E	G	G	A	G
Template Known Secondary structure													T	T											S													T	T								S	S																					T	T	S	S	S	S	S	S	T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
																																									352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	P	P	F	K	L	D	K	T	V	L	S	Q	R	R	E	I	F	T	A	M	G	I	D	F	H	L	N	C	E	I	G	R	D	I	T	F	S	D	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.
Template Conservation																																																																										.	.	.
Template Sequence		T	F	S	D	G	K	L	Y	S	Q	V	K	D	P	N	F	Y	G	R	K	V	I	T	E	F	V	E	A	G	A	P	E	E	I	L	Y	V	S	K	P	H	I	G	T	F	K	L	V	T	X	I	E	K	X	R	A	T	I	I	E	L	G	G	E	I	R	F	S	T	R	V	D	.	.	.	D	L	H	X	E
Template Known Secondary structure		T	T	S								S			T	T													T	T			G	G	G	G	T	B	S	S																						T	T					S	S					.	.	.					S
Template Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.
Template SS confidence
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.				.	.	.	.	.
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	S	E	Y	D	A	V	F	I	G	V	G	T	Y	G	M	M	R	A	D	L	P	H	E	D	A	P	G	V	I	Q	A	L	P	F	L	T	A	H	T	R	Q	L	M	G	L	P	E	S	E	E	Y	P	L	T	D	V	E	G	K	R	V	V	V	L	G	G	G	D	T	T	M	D	C	L	R	T	S	I	R
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	G	Q	I	T	G	V	T	L	S	N	G	E	E	I	K	S	R	H	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	L	A	V	G	H	S	A	R	D	T	F	E	X	L	H	E
Template Known Secondary structure		S	S	B							T	T	S						S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
		473	.	.	.	.	.				.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.																																																																					.	.	.
Query SS confidence								.	.	.																																																																					.	.	.
Query Sequence		L	N	A	A	S	V	.	.	.	T	C	A	Y	R	R	D	E	V	S	M	P	G	S	R	K	E	V	V	N	A	R	E	E	G	V	E	F	Q	F	N	V	Q	P	Q	Y	I	A	C	D	E	D	G	R	L	T	A	V	G	L	I	R	T	A	M	G	E	P	G	P	D	G	R	R	R	P	R	P	.	.	.
Query Conservation								.	.	.																																																																					.	.	.
Alig confidence								.	.	.																																																																					.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	G	V	Y	X	E	A	K	P	F	S	V	G	F	R	I	E	H	K	Q	S	X	I	D	E	A	R	F	G	P	N	A	G	H	P	I	L	G	A	A	D	Y	K	L	V	H	H	C	K	N	G	R	T	V	Y	S	F	C	X	C	P	G	G	T	V	V	A	A	T	S	E	E	G	R	V	V	T	N	G	X
Template Known Secondary structure		T	T																										T	S	T	T	T	T		T	T	T		S										T	T	S																				S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.
																																																																					547	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	A	G	S	E	F	E	L	P	A	D	V	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	Q	Y	S	R	A	E	R	N	A	N	S	A	I	V	V	G	I	S	P	E	V	D	Y	P	G	D	P	L	A	G	I	R	F	Q	R	E	L	E	S	N	A	Y	K	L	G	G	E	N	Y	D	A	P	A	Q	K	I	G	D	F	L	K	G	R	D	P	S	Q	L	G	D	V	E	P	S	F	T	P	G	I
Template Known Secondary structure				T	T			S	S												B	T	T	T	B			S	T	T																	T	T	S	S	S													T		T	T					S	S					S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		357	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.
		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	M	A	F	G	F	Q	A	H	A	M	P	W	L	Q	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	K	L	D	K	W	G	L	I	Q	T	G	D	V	G	Y	L	P	T	Q	T	H	L	K	K	V	F	A	G	G	D	A	V	H	G	A	D	L	V	V
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Template Conservation																																																					.
Template Sequence		K	L	T	D	L	S	K	A	L	P	P	F	A	V	E	A	I	R	E	A	I	P	A	F	D	R	K	I	K	G	F	A	S	E	D	G	L	L	T	G	V	E	T	R	T	S	S	P	V	C	I	.	K	R	G	K	D	F	Q	S	V	N	L	K	G	F	Y	P	A	G	E	G	A	G	Y	A	G	G	I	L
Template Known Secondary structure						G	G	G	T	S																	T	T	S	T	T	T	T		T	T										S	S		S				.			T	T	T	T	S		T	T		B	T									T	S			S
Template Predicted Secondary structure																																																					.
Template SS confidence
		437	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.		.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.
		618	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	A	M	A	A	G	R	Q	A	A	R	D	M	L	T	L	F	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	A	G	I	D	G	I	K	V	A	E	A	V	A	R	D	I	V
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		516	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.