Job Description P42592 Confidence 15.38% Date Thu Jan 5 12:01:39 GMT 2012 Rank 53 Aligned Residues 248 % Identity 14% Template c3k7xA_ PDB info PDB header:structural genomics, unknown function Chain: A: PDB Molecule:lin0763 protein; PDBTitle: crystal structure of the lin0763 protein from listeria2 innocua. northeast structural genomics consortium target3 lkr23. Resolution 1.89 Å

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		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.			.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.																																			.	.
Query SS confidence																					.																																			.	.
Query Sequence		E	Q	T	R	V	A	V	K	A	I	E	T	L	N	G	N	W	R	S	.	P	G	G	A	V	K	F	N	T	V	T	P	S	V	T	G	R	W	F	S	G	N	Q	T	W	P	W	D	T	W	K	Q	A	F	.	.	A	M	A	H	F	N	P	D	I	A	K	E	N	I	R	A	V	F	S	W	Q	I	Q	P
Query Conservation																					.																																			.	.
Alig confidence																					.																																			.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	W	S	E	Y	A	N	L	A	Q	Q	S	L	E	K	F	Y	L	A	D	T	K	E	Q	F	L	N	N	F	Y	P	T	E	N	P	E	E	D	N	K	V	F	N	Y	W	W	L	A	H	L	V	E	V	R	L	D	A	Y	L	R	T	K	K	Q	A	D	L	E	V	A	E	K	T	Y	L	H	N	K	N	R
Template Known Secondary structure																			B		S	S	T	T	T		B		S			S		S						T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																	.
Query SS confidence																																																																																	.
Query Sequence		G	D	S	V	R	P	Q	D	V	G	F	V	P	D	L	I	A	W	N	L	S	P	E	R	G	G	D	G	G	N	W	N	E	R	N	T	K	P	S	L	A	A	W	S	V	M	E	V	Y	N	V	T	Q	D	K	T	W	V	A	E	M	Y	P	K	L	V	A	Y	H	D	W	W	L	R	N	R	D	H	N	.
Query Conservation																																																																																	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.															.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Template Sequence		N	G	.	.	.	.	.	.	.	G	T	L	I	H	D	F	Y	D	D	X	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	N	A	L	A	A	Y	R	L	Y	K	A	T	G	K	S	I	Y	L	E	D	A	.	.	.	.	Q	L	V	W	Q	D	L	V	D	T	G	W	N	D	I
Template Known Secondary structure		T	T	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S			S	B						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.											T	B		S	G
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Template SS confidence
		82	.								.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.					.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.
			457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	G	N	G	V	P	E	Y	G	A	T	R	D	K	A	H	N	T	E	S	G	E	M	L	F	T	V	K	K	G	D	K	E	E	T	Q	S	G	L	N	N	Y	A	R	V	V	E	K	G	Q	Y	D	S	L	E	I	P	A	Q	V	A	A	S	W	E	S	G	R	D	D	A	A	V	F	G	F	I	D	K	E
Query Conservation		.
Alig confidence		.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		X	G	G	G	F	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	R	R	P	Q	X	Y	Y	K	N	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	G	S		B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T							.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		133	.	.	.	.	.																																																										.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
		536	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	L	D	K	Y	V	A	N	G	G	K	R	S	D	W	T	V	K	F	A	E	N	R	S	Q	D	G	T	L	L	G	Y	S	L	L	Q	E	S	V	D	Q	A	S	Y	M	Y	S	D	N	H	Y	L	A	E	M	A	T	I	L	G	K	P	E	E	A	K	R	Y	R	Q	L	A	Q	Q	L	A	D	Y	I	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	P	V	N	A	P	F	I	I	L	S	C	W	L	Y	N	E	L	N	E	T	K	.	.	.	.	Y	L	E	W	A	X	K	T	Y	E	W	Q	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Template SS confidence
																																											149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170					.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
		616	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	C	M	F	D	P	T	T	Q	F	Y	Y	D	V	R	I	E	D	K	P	L	A	N	G	C	A	G	K	P	I	V	E	R	G	K	G	P	E	G	W	S	P	L	F	N	G	A	A	T	Q	A	N	A	D	A	V	V	K	V	M	L	D	P	K	E	F	N	T	F	V	P	L
Query Conservation
Alig confidence								.
Template Conservation								.
Template Sequence		K	V	L	V	R	E	.	D	G	F	V	E	D	G	I	N	R	L	E	D	G	T	I	D	Y	E	W	K	F	T	Y	N	Q	G	V	Y	I	G	A	N	L	E	L	Y	R	I	T	K	E	A	I	Y	L	D	T	A	N	K	T	A	A	I	S	L	K	E	L	T	E	D	G	I
Template Known Secondary structure					B		T	.	T	S		B						T	T	S	S	S		B		T	T																																												T	T
Template Predicted Secondary structure								.
Template SS confidence
		184	.	.	.	.	.		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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