Job Description P42592 Confidence 99.94% Date Thu Jan 5 12:01:39 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 328 % Identity 18% Template c2okxB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:rhamnosidase b; PDBTitle: crystal structure of gh78 family rhamnosidase of bacillus sp. gl1 at2 1.9 a Resolution 1.90 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.			.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.	.
Query SS confidence																																																															.	.
Query Sequence		A	T	P	E	Q	T	R	V	A	V	K	A	I	E	T	L	N	G	N	W	R	S	P	G	G	A	V	K	F	N	T	V	T	P	S	V	T	G	R	W	F	S	G	N	Q	T	W	P	W	D	T	W	K	Q	A	F	A	M	A	H	F	.	.	N	P	D	I	A	K	E	N	I	R	A	V	F	S	W	Q	I
Query Conservation																																																															.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.				.																				.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.				.
Template Sequence		S	D	A	L	L	N	A	T	W	E	I	S	R	H	T	T	R	L	C	.	.	.	.	.	.	.	.	M	E	D	T	F	V	D	C	.	.	.	P	S	Y	.	E	Q	V	F	W	V	G	D	S	R	N	E	A	L	V	N	Y	Y	V	F	G	E	T	E	I	V	E	R	C	L	N	L	V	P	G	S	A	D
Template Known Secondary structure		S																		T	.	.	.	.	.	.	.	.	B	S	S	S	B		S		.	.	.	T	T	T	.	T				B															T													G	G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.				.
Template SS confidence
		542	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560									.	.	.	.	.	.	.	.				.	570	.		.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	P	G	D	S	V	R	P	Q	D	V	G	F	V	P	D	L	I	A	W	N	L	S	P	E	R	G	G	D	G	G	N	W	N	E	R	N	T	K	P	S	L	A	A	W	S	V	M	E	V	Y	N	V	T	Q	D	K	T	W	V	A	E	M	Y	P	K	L	V	A	Y	H	D	W	W	L	R	N	R	D	H
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.														.	.	.	.	.	.																																							.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.														.	.	.	.	.	.																																							.
Template Sequence		E	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	Y	L	D	Q	V	.	.	.	.	P	S	A	W	S	S	V	I	P	N	W	T	F	.	.	.	.	.	.	F	W	I	L	A	C	R	E	Y	A	A	H	T	G	N	E	A	F	A	A	R	I	W	P	A	V	K	H	T	L	T	H	Y	L	E	H	I	D	.
Template Known Secondary structure		T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T			S	B	S	.	.	.	.	S		S											.	.	.	.	.	.														T																					T	T	B		.
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.														.	.	.	.	.	.																																							.
Template SS confidence
		610	.										.	.	.	.	.	.	.					.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.							.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	G	N	G	V	P	E	Y	G	A	T	R	D	K	A	H	N	T	E	S	G	E	M	L	F	T	V	K	K	G	D	K	E	E	T	Q	S	G	L	N	N	Y	A	R	V	V	E	K	G	Q	Y	D	S	L	E	I	P	A	Q	V	A	A	S	W	E	S	G	R	D	D	A	A	V	F	G	F	I	D	K	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	G	L	L	N	M	A	G	W	N	L	L	D	W	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	S	B				S						S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																		670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.
		536	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	L	D	K	Y	V	A	N	G	G	K	R	S	D	W	T	V	K	F	A	E	N	R	S	Q	D	G	T	L	L	G	Y	S	L	L	Q	E	S	V	D	Q	A	S	Y	M	Y	S	D	N	H	Y	L	A	E	M	A	T	I	L	G	K	P	E	E	A	K	R	Y	R	Q	L	A	Q	Q	L	A	D	Y	I	N
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	I	D	Q	P	N	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	V	T	H	Q	N	L	F	L	V	K	A	L	R	D	S	R	A	L	A	A	A	A	G	A	T	E	E	A	D	A	F	A	A	R	A	D	L	L	A	E	T	I	N
Template Known Secondary structure		S					S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								T		G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		686	.	.	.	690	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.
		616	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	C	M	F	D	P	T	T	Q	F	Y	Y	D	V	R	I	E	D	K	P	L	A	N	G	C	A	G	K	P	I	V	E	R	G	K	G	P	E	G	W	S	P	L	F	N	G	A	A	T	Q	A	N	A	D	A	V	V	K	V	M	L	D	P	K	E	F	N	T	F	V	P	L	G	T	A	A	L	T	N	P
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	V	L	W	D	E	E	K	R	A	Y	I	D	C	I	H	A	D	G	R	R	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	Y	S	M	Q	T	Q	V	V	A	Y	L	C	G	V	A	Q	G	E	R	E	A	V	I	E	G	Y	L	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S			T	T	T	T				S				T	T	S		B			.	.	.	.	.	.	.	.	.			B										T	T		S		T												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		738	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760										.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		696	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.		.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.			.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.							760	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.													.	.														.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.													.	.														.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	F	G	A	D	I	Y	W	R	G	R	V	W	V	D	Q	F	W	F	G	L	K	G	M	E	R	Y	G	Y	R	D	D	A	L	K	L	A	D	T	.	F	F	R	H	A	K	G	L	T	A	D	G	.	.	P	I	Q	E	N	Y	N	P	L	T	G	A	Q	.	.	.	.	.	.	Q	G	A	P	N	F	S
Query Conservation																																									.													.	.														.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																																						.				.	.	.	.						.	.														.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																																										.	.	.	.
Template Sequence		.	.	S	P	P	P	A	F	V	Q	I	G	S	P	F	M	S	F	F	Y	Y	E	A	L	E	K	A	G	R	Q	T	L	M	L	D	D	I	R	R	N	Y	G	Q	.	.	.	.	M	L	R	Y	D	A	T	T	C	W	E	M	Y	P	N	F	A	E	N	R	S	N	P	D	M	L	T	R	S	H	C	H	A
Template Known Secondary structure		.	.	S			T	T	S	B				S														T	T													T			.	.	.	.				T	T		S	S			S	S		S	S			T	T	S	S	S	T	T	S	S		S		S			G
Template Predicted Secondary structure		.	.																																										.	.	.	.
Template SS confidence
				790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830					.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.
		767	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	S	A	A	H	L	Y	M	L	Y	N	D	F	F	R	K	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		W	S	A	A	P	G	Y	F	L	G	S	S	I	L	G	V	K
Template Known Secondary structure		G	G		T								T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		864	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880